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落叶松-杨栅锈菌（Melampsora larici-populina，简称MLP）是一种在世界范围内广泛传播并产生严重危害的转主寄生真菌，主要分布在我国西北、东北、华北等地区，危害青杨派、黑杨派及其杂交种等多种杨树。该菌繁殖速度快，群体数量大，致病性变异频率高，遗传现象复杂。为深入了解该菌群体分化现状，本研究利用微卫星（SSR）分子标记对63个落叶松-杨栅锈菌菌系进行遗传多样性分析，主要研究结果如下： （1）从27对引物中筛选出了10对多态性较好的引物，共检测到98个等位基因，其中MLP4、MLP12、MLP43引物分别检测到13个等位基因，MLP57检测到6个等位基因。平均观察等位基因数（Na）9.8000，平均有效等位基因（Ne）5.9878。菌系总体遗传多样性较高，基因型丰富，平均观测杂合度0.4109，平均期望杂合度0.8267，10个位点中有7个近交系数为正值，亲代群体的杂合体数目偏少，整体纯合体偏多。 （2）11个MLP菌群间平均遗传分化系数（Fst）为0.3505，遗传分化的水平总体较高，群体间的基因型多样。菌系群体间平均基因流0.4634，有8个位点基因流Nm<1，表明基因流受到部分阻碍。不同地区菌群遗传多样性存在差异，Shannon’s多样性指数（I）最低的是江苏菌群（Pop11）为0.2971，最高是秦岭火地塘菌群（Pop3）为1.7332。 （3）基于Neis遗传距离构建的UPGMA聚类树将11个地理群划分为6个类群，秦岭火地塘菌群为其他地理群的基部群。63个菌系的UPGMA聚类显示，落叶松-杨栅锈菌群体分化和菌系地理来源相关。关中菌群可能来源于秦岭天台山菌系，四川菌群来源于秦岭厚畛子，其他复合菌群可能源自杨树种苗调运，但都和秦岭菌系有关系。 （4）筛选并克隆了陕西关中菌群所在类群（Group5）和秦岭火地塘菌群所在类群（Group6）的特异性DNA片段，将其开发为共显性标记，并对灵敏性进行测定，检测的DNA最低浓度为5ng/μL，该研究为区别两地菌群、并监测该地区菌系的分布、变异、流行特征奠定了基础。