地理阻隔是限制物种扩散和影响遗传多样性的一个重要因素,岛屿作为天然屏障的隔离作用对有翅昆虫遗传多样性的影响具有重要意义。本研究利用采自广州、珠海、湛江、台山、云浮,广西北海、南宁、钟山,云南蒙自、福建漳州、河南郑州、四川宁南12个大陆桔小实蝇种群和外伶仃岛、东澳岛、荷包岛、硇洲岛、涠洲岛、上川岛6个离岛种群,通过形态遗传标记、线粒体DNA细胞色素氧化酶第Ⅰ亚基基因(mt DNA COⅠ)序列及8个微卫星DNA位点分子遗传标记分析,研究了桔小实蝇岛屿种群与大陆种群的遗传结构及遗传分化,以探索岛屿隔离对桔小实蝇遗传结构、遗传差异的影响。主要研究结果如下:1)形态标记种群间遗传差异结果显示:桔小实蝇岛屿种群的翅面积、横脉长度明显小于大陆种群,翅脉角没有显著差异。三个横脉长度与翅面积的大小成显著正相关,纬度对桔小实蝇种群个体大小无显著影响。2)线粒体COⅠ分子标记结果表明:从所测的337条桔小实蝇COⅠ序列中共观测到163个单倍型,其中共享单倍型38个,单倍型网络图总体呈现星状分布,表明桔小实蝇经历过种群扩张过程。18个桔小实蝇种群总体表现出较高水平的核苷酸多样性(0.00706)和高水平的单倍型多样性(0.9674±0.0055)。F-统计法度量种群间遗传分化程度结果显示岛屿种群与内陆种群遗传分化较弱,引起种群总体变异的主要因素是种群内的个体间变异。3)微卫星分子标记研究显示:应用8对微卫星引物共检测到122个等位基因4个大陆种群、6个岛屿种群的平均表观杂合度HO、预期杂合度HE、Nei’s预期杂合度、多态位点百分率相同,分别为0.3321、0.7008、0.6833和100%。大陆种群的平均观测等位基因数NA、有效等位基因数NE、Shannon’s为6.344、3.6838、1.4271,6个岛屿种群的平均观测等位基因数NA、有效等位基因数NE、Shannon’s为3.8755、1.4587、0.3321,且经过T检验均无显著差异。6个岛屿桔小实蝇种群和4个大陆桔小实蝇种群具有比较丰富的遗传多样性。经过AMOVA分子方差分析显示,变异主要来自个体间,而种群间的遗传变异很低。各种群间的地理距离与遗传距离无显著相关性。