定型内胚层(Definitive endoderm,DE)向肝脏的命运决定是肝脏发育的首要事件。目前认为,GATA4和Foxa2这两个转录因子在这一发育过程中发挥了重要的起始作用,是调控DE发育和后续的肝向分化的重要转录因子。但是,目前对其下游基因及其调控机制的研究尚少。本文利用ChIP-Seq技术,在ESCs体外分化得到的DE细胞中定位了GATA4和Foxa2在全基因组范围的靶基因。我们发现GATA4和Foxa2的靶基因中有很大一部分是和发育过程相关的基因。进一步分析后,发现GATA4和Foxa2的ChIP-Seq数据有很大的重合,这说明在ESC衍生的DE细胞中两者共有很多的靶基因,重合的这部分基因有很大一部分是和发育过程相关的,其中包括与DE发育相关的基因,如.Sox17 Eomes.GATA4,Foxa2,Gsc,Hhex,以及与早期肝脏发育相关的基因,如Afp,Ttr,Timd2。随后的SequentialChip实验证明,在此DE细胞中,GATA4和Foxa2确实共同结合上述几个共有靶基因的调控区。GATA4和Foxa2的共结合在Afp和Ttr上还表现出了进一步的共调控关系,两者的正常表达对于DE细胞向肝细胞分化时Afp和Ttr的表达是必需的。由此推测,在DE细胞中GATA4和Foxa2共调控一些DE发育及肝脏发生相关的靶基因。最后,我们根据ChIP-Seq数据分析和ChIP等实验发现,Tcf12,一个E-box家族的转录因子,作为一个新的结合伙伴,在DE细胞中广泛参与GATA4和Faxa2对靶基因的结合,并由此推测GATA4,Foxa2和Tcf12可能相互协作,共同调控DE的肝向分化。综上所述,GATA4和Foxa2对靶基因的共调控在DE发育及其向肝细胞分化的过程中起了重要作用。