【目的】应用细菌的16S rRNA序列设计双歧杆菌属(Bifidobacterium)、乳杆菌属(Lactobacillus)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)和肠球菌属(Enterococcus)的引物并对肉鸡肠道的这4类细菌菌属进行定量测定,检测免疫应激对肉鸡不同肠段微生物区系的影响。【方法】将180只AA肉公鸡随机分4个处理,每处理设5个重复,每个重复有9只。试验分为NV、CV、LPS和CYP处理组。免疫应激组分别于18、19、20、32、33和34 d肌肉注射相应剂量的LPS和CYP,NV组和CV组于同日龄注射等体积生理盐水。分别于21、28、35和42 d,每处理组各取6只鸡,无菌操作,宰杀后取十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物。将待测样品中提取的DNA分别进行4类菌属进行Real-time PCR反应。【结果】与NV相比,4类细菌的基因拷贝数发生显著变化。集中在回肠和盲肠,肠杆菌属:5.03—7.88 copies/mg;乳酸杆菌属:5.48—10.34 copies/mg;双歧杆菌属:4.11—7.98 copies/mg;肠球菌属:5.61—8.79 copies/mg。双歧杆菌属含量为4种菌属中细菌含量最低,乳酸杆菌含量高,盲肠含菌最多,十二指肠含量最少,后期各菌群趋于稳定。【结论】免疫应激可引起肠道菌群失调,乳杆菌属和双歧杆菌属的数量在无免疫情况下的含量相对高,LPS和CYP对肉鸡后期的肠道菌群的无显著影响。