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地方政府承担了多数财政农业支出,而地方财政支出又高度依赖政府间转移支付,但转移支付对地方农业支出的影响仍不明确,本文使用2003-2009年地级面板数据研究了这一问题。理论分析表明,地方政府存在忽视农业支出的激励,且转移支付制度存在缺陷。实证部分表明,无论是使用比重还是人均额,转移支付对农业支出的积极作用均较为微弱,一般性转移支付效果很低,专项转移支付的效果较大,但也低于合理水平;转移支付的效果存在显著的时间与地区差异,即在2003-2006年与财力净流入地区效果更好;转移支付对农业支出中的林业支出影响最大,对其他农业支出的影响较小。政策性建议是转移支付结构调整应当慎重,注意地方政府对一般性转移支付的挪用,且应强化地方政府问责制。