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临床医学专业学位研究生教育改革促进了培养模式的转变，这一转变超越了原有教育管理所覆盖的内涵。学生的个性化培养，加大了导师和其他人员参与教育管理工作的难度；行业对良好医德医风的迫切需要，促使更加注重教育管理工作的实效；信息技术的发展也在呼唤教育管理工作方法的革新和学生主体地位的彰显。对临床医学专业学位研究生现行教育管理中存在的问题进行综述，试分析并构建以三级体系和专家化队伍为基础的管理体制，以形成补偿与约束、考核与激励、服务与保障为核心的运行机制，推动应用型医学专门人才培养。