哈萨克马属于古老地方马品种,仅分布在哈萨克斯坦和中国新疆境内。哈萨克斯坦的哈萨克马产肉产奶性能大大高于新疆地区哈萨克马。本研究目的为探讨长期的地域分割和不同的育种方式,对两国哈萨克马遗传结构的影响,揭示哈萨克斯坦和中国新疆地区哈萨克马的母系遗传关系。研究方法:分别将线粒体DNA(mtDNA)D-loop区和功能基因ATP6-Arg(nps 7 974-9 963)区序列进行序列测定和分子遗传学分析。结果显示,哈萨克马分布于13个单倍体型组(笔者称为世系,字母排序A到Q),其中分布频率大于5%的世系有7个,哈萨克马世系种类占世界家马世系种类的72%,表明哈萨克马丰富的母系遗传背景。比较两国哈萨克马群体,世系组成基本吻合,世系L、O、J和Q分布频率有显著差异。哈萨克马与欧洲马(Fell,Highland,Shetland)、俄罗斯马(Mesenskaya,Vayatskaya,Orlov)、雅库特马、蒙古马和藏马等群体的间遗传距离NJ树显示哈萨克斯坦哈萨克马与中国哈萨克马的母系遗传关系最接近。在欧洲马中分布频率较高的世系L,在哈萨克斯坦哈萨克马中频率显著高于中国哈萨克马(13%vs 3%),而有亚洲特征的世系Q在中国哈萨克马中频率显著高于哈萨克斯坦哈萨克马(32%vs 6%)。这一结果提示了哈萨克斯坦在对哈萨克马进行选育时世系L对产肉产奶性能的可能贡献;而处于自然繁育环境下的中国哈萨克马仍保留着亚洲马的世系特征。