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在供职于清华大学的二十四年期间，作为清华主要领导之一，冯友兰襄助校长竭诚尽力，贡献甚多。在历史的紧要关头，他临危受命，或代理校务、或管理学校，担当重任，不负众望，使清华大学度过难关。他第一次代理清华校务是在罗家伦辞职到梅贻琦就职这段时间。对此，笔者已有详文记述。第二次管理清华大学是在解放军解放北平前后，从校长梅贻琦离校到中共军代表吴晗接管清华校务这段时间。在炮声隆隆、兵临城下的岁月，在兵荒马乱、人心惶惶的年代，冯友兰领导清华校务会议，稳定清华局势，团结教师队伍，保护学校财产，把清华大学完好地保护下来并交给新政府。
1948年11月初，国共两党在东北的决战以国民党的失败而告终。11月底，共产党领导的解放军挥师入关，攻下天津，包围北平。在重兵重重包围之下，北平成为一座危城。蒋介石知道国民党在华北大势已去，他决心把留在北平学术界和文化界的主要人士接到南方。12月初，蒋介石亲自指示国民政府制定“平津学术教育界知名人士抢救计划”，并立即开始实行。具体负责人为蒋经国、陈雪屏和傅斯年，协助者为教育部部长朱家骅、国防部部长何应钦和“华北剿匪总司令”傅作义等。名列抢救名单的约五百人，他们主要包括：（1）北京大学、清华大学以及北平各大学之院、校、馆、所各行政负责人；（2）中央研究院所有院士；（3）在学术上有重要贡献者；（4）因政治关系必须离开者。自12月11日开始，朱家骅、陈雪屏、傅斯年等曾数十次函电催促上述人员乘搭国民政府专机南下。冯友兰无论以中央研究院院士的身份，还是清华大学文学院院长的身份，或者以研究中国哲学第一人的身份，他都绝对有资格乘专机离开北平。就在解放军进驻清华大学的几天前，直接负责抢救大知识分子的国民政府青年部长陈雪屏，在清华大学校长梅贻琦家的筵席上，亲自邀请冯友兰与他—道乘专机南下。
然而，出乎蒋介石和国民政府意料的是，和当时北平很多大知识分子一样，冯友兰没有乘机南下。这些知识分子选择留在北平而没有南下的原因很多。就冯友兰个人来说，还是在1948年的春天，冯友兰就辞退了美国一些院校的聘请，谢绝了亲友的挽留，依然决然地回到祖国。他后来回忆当时情况说：“在西方，研究古代文化的有‘希腊学’、‘埃及学’等等，研究中国文化的称为‘中国学’。这些‘学’都是把他们所研究的对象作为博物馆里的东西来研究。这也难怪，因为在解放以前，外国学者来中国的，中国也无非是让他们看看长城，逛逛故宫。除了这一类古的东西之外，再也没有什么新的东西可看。当时我有一种感觉，我在国外讲些中国的旧东西，自己也成了博物馆里面的陈列品了，心里很不是滋味。当时我想，还是得把自己的国家搞好。我常想王粲《登楼赋》里的两句话：‘虽信美而非吾土兮，夫胡可以久留？’”“到1947年，人民解放军节节胜利，南京政权摇摇欲坠，眼看全国就快解放了，有些朋友劝我在美国长期住下去。我说：‘俄国革命以后，有些俄国人跑到中国居留，称为‘白俄’。我决不当‘白华’。解放军越是胜利，我越是要赶快回去，怕的是全中国解放了，中美交通断绝。’于是我辞谢了当时有些地方的邀请，只在回国途中在夏威夷大学呆了一学期。”后来，“圣诞节过后，第一学期结束了。我就启程回国。在上船以前过海关的时候，查护照的人看见上边打的是一个‘永久居留’的签证，就说：‘你可以保存这个签证，什么时候再到美国来都可以用。’我说：‘不用了。’把签证交给他就上船了”。国外优越的生活条件吸引不了他、打动不了他，他不愿飘零海外做侨民，他要回到自己祖国，根扎在自己祖国，为自己国家的富强和繁荣而努力。虽然后来历经坎坷和磨难，但他对此无怨无悔，至死不渝。
这次国民政府派专机接他南下，他也拒绝了。所以没有跟着国民党走，是因为在他心里，“无论什么党派当权，只要它能把中国治理好，我都拥护”。冯友兰觉得共产党当政以后，也还要建设国家、知识分子还有用处，他还能为建设国家做贡献，这才留下，而不是别的原因。
在当时南下的少数人中间，梅贻琦是其中一位。除了政治方面的原因之外，梅贻琦离开北平南下的主要原因是为了保护清华庚款基金。当时按照规定，那笔基金只有梅贻琦亲自签字才能支付。12月14日，梅贻琦与冯友兰见最后一面。“到了中旬，有一天晚上，校务会议在梅家开例会。散会后，别人都走了，只剩梅贻琦和我两个人。梅贻琦说：‘我是属牛的，有一点牛性，就是不能改。以后我们就各奔前程了。’他已经知道我是坚决不走的，所以说了这一番告别的话。”梅贻琦和冯友兰共事多年，对冯友兰知之甚深，十分信任。他临走前和冯友兰单独谈话，是托冯友兰以大任。在冯友兰谈话之后，梅贻琦就离开清华园进城。梅贻琦秘书赵赓飏回忆，15日，大批解放军正式宣布围城，梅不能返校，以电话通知，请校务会议代理校务，冯友兰先生为主席，暂主持校内事务，设法维护校产及师生安全。12月21日，他乘机离开北平到南京，从此再也没有回到他经营多年的清华园了。
在梅贻琦走后的第二天，清华大学就召开校务会议，冯友兰出席会议。鉴于1931年罗家伦辞职后，冯友兰代理校务出色地完成任务的经验，按照梅贻琦的电话通知，会议决定，因梅校长离校未回，推举冯友兰为校务会议临时主席；并决定，自本月20日起照常上课，并成立学校保卫委员会，率领校卫队维持治安，以周培源为主任。冯友兰回忆说：“14日早晨，听见西北方面，大约是在南口一带，炮声大作，连续不断地打起来。大家一听，都知道解放军已经到南口了。到了中午，解放军已经进到清华北边的清河镇一带。学生们都上到宿舍楼顶平台上观战。到了下午，梅贻琦就坐车进城了。次日，校务会议成员自动集合，商量善后事宜。因为我在罗家伦离开清华的时候，曾经担任过校务会议主席，就推我再当一次校务会议主席，我也只好再做冯妇了。在会上成立了保卫委员会，率领校卫队维持治安，以周培源为主任。”
就在冯友兰担任校务会议主席的当天晚上，清华大学就遭到兵火蹂躏。国民党军队进驻清华大学校园，在生物馆前面操场上布置了炮兵阵地，情形十分危机。冯友兰临危不惊，指挥若定，化险为夷：“我原来定于那天晚上在家里请客，主客是一位新来的美国社会学教授，社会学系的教授作陪，意思是为那位美国教授接风，并介绍他同社会学系教授见面。厨房的人来问：‘晚上的酒席是不是还开？’我说：‘照常开。’到了晚上，那位主客没有来，他大概是刚来北京，就看见北京要解放，所以就赶紧打退堂鼓，转回美国去了。可是陪客全到了，校园墙外边枪炮声连续不断，我们仍然吃饭谈笑，一如平日。吃饭以后，有人来报告，说傅作义的军队退到校园以内了，并且在生物馆前面操场里布置了炮兵阵地。我看事情紧张了，清华可能成为战场。我一面通知保卫委员会，请他们同傅作义的军官们商量，请他们退出校园；一面通知各家眷属，如果有需要可以到图书馆楼下躲避。后来听说，傅作义的军官们己经答应不在校园内布置阵地。”次日早晨，傅作义军队全部撤走，退守白石桥、动物园防线。
与上次代理校务不同，那次只是清华大学出现一时的人事纠纷，而大局尚好，这次是面临着重大的历史变故，江山易手，人心惶惶。冯友兰首先要做的是稳定清华大学。12月16日，国民党部队已经撤走，共产党也没有进驻清华大学。早上，冯友兰召集校务会议，会议决定召开全校职工大会，对愿意留下工作的人员进行登记：“在大会上我代表校务会议宣布说：‘现在傅作义军队已经全部撤走了，清华已经先北京城而解放了。我们校务会议的人都决定不走，继续负责。诸位先生去留各听其便，愿留的当场签名登记。眼前的任务是维持校内秩序，保护学校财产，听候接管。’当时到会的人都签名登记，表示愿意留下。这就是大家都同时参加革命工作了。”
要做好学校稳定工作，首先要解决的是经费问题。十八年前，冯友兰代理校务时，虽然学校人事不定，但资金充裕，冯友兰主持校务游刃有余。如今，他接管的清华大学却是囊中如洗，捉襟见肘。清华大学的经费主要来自美国庚子赔款。这笔美金特款存纽约华美协进社及银行，由校长梅贻琦亲自经管签字支付。可梅贻琦临走时并没有将基金支配权移交给冯友兰。梅贻琦离校时，他的助理秘书李天朴已于战事发生前就已经辞职。后来经过查询，收支账目和余款数目都不清楚，款项亦在美国，无法支用。这样，清华大学经费没有着落，陷入困境；加上物价飞涨，教师们的生活出现问题。校务会议遭到多方责难。浦江清《清华园日记》记述当时的情况说：“清华大学被解放后，梅校长既已南行，校务由校务会议诸公维持。各方颇多责难，一度在教授会中提出总辞职，教授会不讨论辞职案。共方尚未正式接收，经济来源无着，同人均窘。有些人家已经没有买蔬菜的钱，天天吃白菜而已。”为维持学校的治安秩序，21日，冯友兰主持清华大学第九十六次校务会议，审议通过由燕京大学和清华大学两校各出面粉、煤炭慰劳海淀警察及侦缉队人员以维持学校及周边安定的方案，以鼓励警察和侦缉队维护学校治安。在东北战事结束后，清华大学就做了应变准备，主要是积储粮食。俗话说，手中有粮，心里不慌。战乱岁月尤其如此。当时，北京郊区局势不定，学校经费来源断绝，存粮仅能维持教职员工最低生活一二个月。“而学校附近来校避难的民众，以及工警眷属不下数百人，均由学校供给食物”。这样，教职员工的生计成为问题。面对这种情况，冯友兰接连主持校务会议，解决这些问题：22日，他主持清华大学第九十七次校务会议，决定成立存粮支配委员会，据最低需要原则，参考设计委员会以前拟定的计划，积极筹措存粮并妥善分配。23日，他主持第九十八次校务会议，决定聘戴世光、陈新民、褚士荃、孙毓棠、何学纶等人组成存粮支配委员会。为了有效地维持学校秩序和教职员工生活，25日，他主持九十九次校务会议，决定由教授会、职员公会、工警团体、学生自治会推代表组成应变时期生活委员会，取代原来的存粮支配委员会。这个应变时期生活委员会与保卫委员会的巡逻委员会成为维持清华的两大柱石。1949年1月4日，冯友兰主持第一〇二次校务会议，讨论清华园邮局、粮食问题及生活委员会所拟配供粮食暂行办法。６日，他主持第一〇三次校务会议并报告：收中共北平市委工作团函，嘱将清华员生工警及眷属人数、本月份所需维持费用编具临时预算三份送团，以便转发军管会核发临时维持费。８日，他主持第一〇四次校务会议并报告，由校派员会同生活委员会前往中共北京市委工作团送交清华员生工警及眷属本月所需之副食概算及洽询情况；已补送员工11月份薪津实物待遇数额表籍及该月发给学生会费标准，备中共工作团转军管会参酌。2月2日，冯友兰主持校务会议并报告：军管会文化接管委员会钱俊瑞来函称，清华经费业经军管会决定，自1月起按去年11月标准发给，望即按此标准编造预算具报军管会核发，并再发人民币一百万元及粮食十五万斤，先作维持之用。会议并确定二月、三月份学生救济费标准，每人每月按小米一百零六斤编制。
经冯友兰等校务会议的努力和军管会的支持，清华大学的经费总算有了着落，生活问题得到妥善解决，“清华的师生员工表现了充分合作团结与镇定的精神”，局势稳定下来，“社会秩序很好，人民安居乐业，清华校内，也很平静，师生们生活正常”。
尽管如此，冯友兰领导的校务委员会的工作还遭到一些批评与指责。内容主要涉及清华基金。1949年1月17日，冯友兰主持教授会，会议决定成立教授联谊会，商讨校委员会所拟的商讨大纲。会上，“钱伟长提出责询学校美金帐目。此美金帐目原由职员李天朴君经管，李君于战事发生前数星期离校南去，战事发动时学校及会计室帐目请示梅校长运进城中，今竟无人知道清楚。校务会议主席冯先生答应请接替李君经管之职员及出纳组主任姚君出席报告，并未实行。至是钱氏又起责询，词锋犀利”。这种情况延续了很长时间，在北平军管会接收清华大学后，情况依然如此。1月31日下午，冯友兰主持教授会。会上有人对于城乡交通隔绝时留在城中清华同人联络会之处理分发城中同人维持费及一月份薪水有所责询。《清华园日记》记此云，联络会“本应发给留城同人及眷属经费，然而南京政府所给平津学校教员薪水一月份数目相当的大，尚有可以透支二月、三月份薪水的办法。我们以前在教授会里所了解，留校同人既然被解放，由人民政府给维持费，定出发薪办法，城中的一份，便不能去拿了。至少须得请示人民政府以后再看”。“解放军北平军委会文化接管会答应我们在一月份底前要发薪一次，可是没有发下，因而有人认为校务会议不够努力。在阴历过年前，却发下南京政府所欠两个半月的面粉两袋半代金圆券每人六百五十元……事实上城中物价大涨，金圆券六百五十元只能买两包纸烟。所以教授们因过年过得太穷，大发牢骚。说话不客气，主席冯公多方辩护，也很失态……清华各团体自解放后，盛行检讨之风，而检讨之习惯并未养成，所以多意气和裂痕。冯公说了一旧话，说清华原有一句成语：‘教授是神仙，学生是老虎，办事人是狗。’校务会议在此刻无论怎样总是错，希望不久新政府即派校长来也！”实际情况正如冯友兰在2月16日校务会议报告财务情况所说，美金特款（庚款基金）存纽约华美协进社及银行，收支账未获确切，余款数目不详，款亦均在美国，无从查考支用。
在维持学校稳定的同时，冯友兰尽力尽快恢复学校教学和科研工作。1948年12月27日下午，冯友兰主持教授会，根据钱伟长和费孝通等人的提议，组织校制商讨委员会，由教授会发起，联合教联会、研究生会、学生会、职工会代表组织，征询各方对于学校行政的制度以及教务课程的改进，收集商讨材料及具体改革方案。根据教授联合会催促早日复课的来信，会议议决，29日后起全校复课。29日下午，冯友兰主持教授会议，决定仍按原来校历上课至1月8日，大考取消，成绩移到下学期开始计算。30日，冯友兰主持第十九次教务会议，决定本学期授课仍于１月８日结束，各项成绩以小考及平时成绩计算，下学期开学再进行补考。1949年1月5日下午，冯友兰在科学馆主持文学院教授会，商讨各系课程设置问题。中国文学系浦江清提出修正闻一多、朱自清方案，主张在文学院设一普通文学系以造就通才，使中外名著合读并鼓励创作翻译，中、外文系仍存在，中文系提高向学术性方面发展，外文系造就外国语言及专门研究外国文学之专才。冯友兰极力赞同这一设想。历史系拟设许多研究室，请文学院各系共同合作。1月21日，冯友兰致函浦江清，谈文学院分系问题。浦江清日记记载：“照冯芝生来信，归纳各方意见，文学院于语言文学方面可设文学系、语言学系、中国古典文学系、英美文学系、苏联文学系、法德文学系、东方文学系七系。”这段时间，教学仪器设备也有增加。这期间收到美国麻省理工大学赠送的一批机器，其中直流机十三部，并开始安装调试。化工系设计一套流体输送的实验器械，两套传热实验器械，一套喷雾干燥设备，一具间隔干燥器，安装五架碎压机，两架混合机，等等。工业化学方面增加一套制造香皂设备，一套制造甘油的器械，一具化学反应器，安装自动开关调节的锅炉，等等。这些设备的增添，使清华大学化学系这个在众多学科中的后起之秀实力陡增，后来居上。
在冯友兰主持清华校务一段时间之后，1949年1月10日，中国共产党北平区军管会文化接管委员会主任钱俊瑞、教育委员张宗麟来接收清华大学。军管会发布命令：设立清华大学校务委员会，以原来校务会议的成员为委员，冯友兰为主任委员。清华大学校务由校务会议会同军管会代表主持进行。下午二时，钱俊瑞、张宗麟在大礼堂召集全体教职员、学生、工警讲话。冯友兰主持大会。他宣布，“清华从今天起正式成为人民政府的大学，并且是人民解放军第一个解放的大学”。这是冯友兰第一次和中国共产党人接触。如前所述，冯友兰之所以在解放时没有走，主要是由于对于国民党的失望。在此之前，他对共产党人没有什么接触。尽管他的妻姐任锐和妻妹任均都在延安，可据任均回忆，他和她们没有什么联系。1943年冯友兰在重庆讲学，中共学者赵纪彬曾多次到访，《新华日报》社拟请他去谈“新理学”，可他认为彼此间缺少共同语言，也就没有去。1948年春天，冯友兰的妻姐任锐到北京时曾请他去延安，可他也没有去。他后来回忆说：“我回到北京以后，叔明告诉我，她的二姐任锐曾经随着延安的军调代表来到北京，也到过我们家。二姐说：‘你们可以到延安去，现在延安、北京之间，常有飞机来往，如果你们决定去，全家都可以坐飞机去。’叔明说，二姐已经走了，走的时候交代说：‘你们什么时候决定了，可以去找叶剑英同志。’当时我们商量，做出了一个决定，反正我们是不走的，解放军也快要打到北京了，我们就在这里等着他们吧。”冯友兰早年就读于北京大学、留学于美国哥伦比亚大学，后来长期执教于清华大学。这些教育和经历，使他对政治和政党产生一种疏离感。1949年12月18日，国民党部队在清华园投掷炸弹，所幸都落在空地上，没有造成人员伤亡和财产损失。为此，中共中央给清华打电报表示慰问。身为校务委员会主席，冯友兰既没有大张旗鼓地宣传，也没有回电表示感谢，只是沿用民国时期的旧例，把来电贴布告栏里就完事了。1949年1月31日，解放军进驻北平，各界代表举行盛大欢迎仪式。冯友兰身为清华大学校务委员会主席，也没有组织师生去欢迎解放军入城。
那时清华大学校务虽然是由校务会议会同军管会代表主持进行，但实际运作是由军管会掌控。1949年2月16日下午，冯友兰出席第二十次教务会议。会议决定：（一）补考、注册、开课仍按原校历所订时间进行。（二）寒假前请假离校学生因交通梗阻未能于注册日期如期来校注册者其学籍暂行保留。（三）在本校解放前参加解放区工作逾期未注册或离校时未经申请而受退学处理的学生经北平市文管会教育部证明者得准其恢复学籍。（四）各系必修课程三民主义及伦理学二门课程自本年度起予以取消。２５日，冯友兰奉命向中共军管会文化接管委员会报送清华基本资料：（一）行政部门分设情况。（二）维持校务机构及校务会议人员姓名职务：主席冯友兰（文学院院长），委员霍秉权（教务长）、沈履（秘书长）、叶企孙（理学院院长）、陈岱孙（法学院院长）、施嘉炀（工学院院长）、汤佩松（农学院院长）。（三）本学年各院系课程情况。（四）依据校历于３月３日开学。３月１日，冯友兰主持校务会议并报告：（一）文管会拟将2月份薪津部分先行核准，可于短期内将ｌ月、２月份薪津一律发清。自１月起，教职员、工警每人每月发小米九十斤，其余款发人民币。（二）军管会西北郊分会来函称，奉军管会令已将达园拨交劳动大学使用，清华大学教职员在那里居住的，拟设法分迁至喇嘛庙（清华西门外）等地。3日，在大礼堂主持本学期始业仪式，北平市军管会文化接管委员会主任钱俊瑞、教育部长张宗麟及吴晗、白坚到会讲话。11日，冯友兰主持校务会议并报告，文管会函告清华，因华北大学迁移北平，校舍不敷应用，拟暂借用清华校舍一部分，供一千人住宿及学习之用，请清华与华北大学商洽办理。文管会又通知，各院校学生考入南下工作团者，应保留其学籍。13日，校务委员会接文管会通知，各机关学校因人事调动发布公文均须经军管会代表批准同意，方可发布。到了3月18日，驻清华军管会代表吴晗到校办公，实际上主持校务。冯友兰只是挂了个校务会议主席的虚衔。
4月29日，冯友兰主持清华校庆三十八周年纪念活动。当天，周恩来派人来问冯友兰有什么意见。可是，可以研究哲学为终生志业的冯友兰，搞不明白来人所说的意见是指什么，他只得说没有意见：“清华举行校庆的时候，周总理派人找我，问我有什么意见。照我当时的了解，周总理所要问的‘意见’，是对于国家大事有所‘拾遗补阙’的那种意见，那时候的国家大事我看不出有什么‘遗’‘阙’，实在是不知道有什么该‘拾’该‘补’的地方，只好说没有意见。后来才知道，所谓‘意见’比我所了解的广泛得多，大至对国家大事有什么看法，小至对个人工作、生活有什么希望和要求，都可以作为‘意见’提。”
到了5月4日，文管会就任命周培源为清华教务长，陈新民为秘书长，冯友兰只作文学院院长。接着第二天，文管会又通知：奉军管会决定，成立清华大学校务委员会，叶企孙为主席兼常委，常委中还有一个助教和一个学生，冯友兰只是一般委员，不在常委之列。这就免去了冯友兰原来由校务会议推举的主席职位，只担任文学院院长。9月23日，华北高教委批准冯友兰辞职请求。冯友兰回忆说：“在南京解放以后……我写了一封信，辞去校务委员会委员和文学院院长，理由是能力不胜。”
自1928年起，冯友兰在清华大学（含国立西南联合大学）前后担任秘书长、文学院院长等职，襄助梅贻琦，办好了清华大学和西南联合大学。于时局危难之际，他还两次被推举为校务会议主席，以他学术的资历与声望，办事的能力与经验，完成历史赋予他的使命。
1948年11月初，国共两党在东北的决战以国民党的失败而告终。11月底，共产党领导的解放军挥师入关，攻下天津，包围北平。在重兵重重包围之下，北平成为一座危城。蒋介石知道国民党在华北大势已去，他决心把留在北平学术界和文化界的主要人士接到南方。12月初，蒋介石亲自指示国民政府制定“平津学术教育界知名人士抢救计划”，并立即开始实行。具体负责人为蒋经国、陈雪屏和傅斯年，协助者为教育部部长朱家骅、国防部部长何应钦和“华北剿匪总司令”傅作义等。名列抢救名单的约五百人，他们主要包括：（1）北京大学、清华大学以及北平各大学之院、校、馆、所各行政负责人；（2）中央研究院所有院士；（3）在学术上有重要贡献者；（4）因政治关系必须离开者。自12月11日开始，朱家骅、陈雪屏、傅斯年等曾数十次函电催促上述人员乘搭国民政府专机南下。冯友兰无论以中央研究院院士的身份，还是清华大学文学院院长的身份，或者以研究中国哲学第一人的身份，他都绝对有资格乘专机离开北平。就在解放军进驻清华大学的几天前，直接负责抢救大知识分子的国民政府青年部长陈雪屏，在清华大学校长梅贻琦家的筵席上，亲自邀请冯友兰与他—道乘专机南下。
然而，出乎蒋介石和国民政府意料的是，和当时北平很多大知识分子一样，冯友兰没有乘机南下。这些知识分子选择留在北平而没有南下的原因很多。就冯友兰个人来说，还是在1948年的春天，冯友兰就辞退了美国一些院校的聘请，谢绝了亲友的挽留，依然决然地回到祖国。他后来回忆当时情况说：“在西方，研究古代文化的有‘希腊学’、‘埃及学’等等，研究中国文化的称为‘中国学’。这些‘学’都是把他们所研究的对象作为博物馆里的东西来研究。这也难怪，因为在解放以前，外国学者来中国的，中国也无非是让他们看看长城，逛逛故宫。除了这一类古的东西之外，再也没有什么新的东西可看。当时我有一种感觉，我在国外讲些中国的旧东西，自己也成了博物馆里面的陈列品了，心里很不是滋味。当时我想，还是得把自己的国家搞好。我常想王粲《登楼赋》里的两句话：‘虽信美而非吾土兮，夫胡可以久留？’”“到1947年，人民解放军节节胜利，南京政权摇摇欲坠，眼看全国就快解放了，有些朋友劝我在美国长期住下去。我说：‘俄国革命以后，有些俄国人跑到中国居留，称为‘白俄’。我决不当‘白华’。解放军越是胜利，我越是要赶快回去，怕的是全中国解放了，中美交通断绝。’于是我辞谢了当时有些地方的邀请，只在回国途中在夏威夷大学呆了一学期。”后来，“圣诞节过后，第一学期结束了。我就启程回国。在上船以前过海关的时候，查护照的人看见上边打的是一个‘永久居留’的签证，就说：‘你可以保存这个签证，什么时候再到美国来都可以用。’我说：‘不用了。’把签证交给他就上船了”。国外优越的生活条件吸引不了他、打动不了他，他不愿飘零海外做侨民，他要回到自己祖国，根扎在自己祖国，为自己国家的富强和繁荣而努力。虽然后来历经坎坷和磨难，但他对此无怨无悔，至死不渝。
这次国民政府派专机接他南下，他也拒绝了。所以没有跟着国民党走，是因为在他心里，“无论什么党派当权，只要它能把中国治理好，我都拥护”。冯友兰觉得共产党当政以后，也还要建设国家、知识分子还有用处，他还能为建设国家做贡献，这才留下，而不是别的原因。
在当时南下的少数人中间，梅贻琦是其中一位。除了政治方面的原因之外，梅贻琦离开北平南下的主要原因是为了保护清华庚款基金。当时按照规定，那笔基金只有梅贻琦亲自签字才能支付。12月14日，梅贻琦与冯友兰见最后一面。“到了中旬，有一天晚上，校务会议在梅家开例会。散会后，别人都走了，只剩梅贻琦和我两个人。梅贻琦说：‘我是属牛的，有一点牛性，就是不能改。以后我们就各奔前程了。’他已经知道我是坚决不走的，所以说了这一番告别的话。”梅贻琦和冯友兰共事多年，对冯友兰知之甚深，十分信任。他临走前和冯友兰单独谈话，是托冯友兰以大任。在冯友兰谈话之后，梅贻琦就离开清华园进城。梅贻琦秘书赵赓飏回忆，15日，大批解放军正式宣布围城，梅不能返校，以电话通知，请校务会议代理校务，冯友兰先生为主席，暂主持校内事务，设法维护校产及师生安全。12月21日，他乘机离开北平到南京，从此再也没有回到他经营多年的清华园了。
在梅贻琦走后的第二天，清华大学就召开校务会议，冯友兰出席会议。鉴于1931年罗家伦辞职后，冯友兰代理校务出色地完成任务的经验，按照梅贻琦的电话通知，会议决定，因梅校长离校未回，推举冯友兰为校务会议临时主席；并决定，自本月20日起照常上课，并成立学校保卫委员会，率领校卫队维持治安，以周培源为主任。冯友兰回忆说：“14日早晨，听见西北方面，大约是在南口一带，炮声大作，连续不断地打起来。大家一听，都知道解放军已经到南口了。到了中午，解放军已经进到清华北边的清河镇一带。学生们都上到宿舍楼顶平台上观战。到了下午，梅贻琦就坐车进城了。次日，校务会议成员自动集合，商量善后事宜。因为我在罗家伦离开清华的时候，曾经担任过校务会议主席，就推我再当一次校务会议主席，我也只好再做冯妇了。在会上成立了保卫委员会，率领校卫队维持治安，以周培源为主任。”
就在冯友兰担任校务会议主席的当天晚上，清华大学就遭到兵火蹂躏。国民党军队进驻清华大学校园，在生物馆前面操场上布置了炮兵阵地，情形十分危机。冯友兰临危不惊，指挥若定，化险为夷：“我原来定于那天晚上在家里请客，主客是一位新来的美国社会学教授，社会学系的教授作陪，意思是为那位美国教授接风，并介绍他同社会学系教授见面。厨房的人来问：‘晚上的酒席是不是还开？’我说：‘照常开。’到了晚上，那位主客没有来，他大概是刚来北京，就看见北京要解放，所以就赶紧打退堂鼓，转回美国去了。可是陪客全到了，校园墙外边枪炮声连续不断，我们仍然吃饭谈笑，一如平日。吃饭以后，有人来报告，说傅作义的军队退到校园以内了，并且在生物馆前面操场里布置了炮兵阵地。我看事情紧张了，清华可能成为战场。我一面通知保卫委员会，请他们同傅作义的军官们商量，请他们退出校园；一面通知各家眷属，如果有需要可以到图书馆楼下躲避。后来听说，傅作义的军官们己经答应不在校园内布置阵地。”次日早晨，傅作义军队全部撤走，退守白石桥、动物园防线。
与上次代理校务不同，那次只是清华大学出现一时的人事纠纷，而大局尚好，这次是面临着重大的历史变故，江山易手，人心惶惶。冯友兰首先要做的是稳定清华大学。12月16日，国民党部队已经撤走，共产党也没有进驻清华大学。早上，冯友兰召集校务会议，会议决定召开全校职工大会，对愿意留下工作的人员进行登记：“在大会上我代表校务会议宣布说：‘现在傅作义军队已经全部撤走了，清华已经先北京城而解放了。我们校务会议的人都决定不走，继续负责。诸位先生去留各听其便，愿留的当场签名登记。眼前的任务是维持校内秩序，保护学校财产，听候接管。’当时到会的人都签名登记，表示愿意留下。这就是大家都同时参加革命工作了。”
要做好学校稳定工作，首先要解决的是经费问题。十八年前，冯友兰代理校务时，虽然学校人事不定，但资金充裕，冯友兰主持校务游刃有余。如今，他接管的清华大学却是囊中如洗，捉襟见肘。清华大学的经费主要来自美国庚子赔款。这笔美金特款存纽约华美协进社及银行，由校长梅贻琦亲自经管签字支付。可梅贻琦临走时并没有将基金支配权移交给冯友兰。梅贻琦离校时，他的助理秘书李天朴已于战事发生前就已经辞职。后来经过查询，收支账目和余款数目都不清楚，款项亦在美国，无法支用。这样，清华大学经费没有着落，陷入困境；加上物价飞涨，教师们的生活出现问题。校务会议遭到多方责难。浦江清《清华园日记》记述当时的情况说：“清华大学被解放后，梅校长既已南行，校务由校务会议诸公维持。各方颇多责难，一度在教授会中提出总辞职，教授会不讨论辞职案。共方尚未正式接收，经济来源无着，同人均窘。有些人家已经没有买蔬菜的钱，天天吃白菜而已。”为维持学校的治安秩序，21日，冯友兰主持清华大学第九十六次校务会议，审议通过由燕京大学和清华大学两校各出面粉、煤炭慰劳海淀警察及侦缉队人员以维持学校及周边安定的方案，以鼓励警察和侦缉队维护学校治安。在东北战事结束后，清华大学就做了应变准备，主要是积储粮食。俗话说，手中有粮，心里不慌。战乱岁月尤其如此。当时，北京郊区局势不定，学校经费来源断绝，存粮仅能维持教职员工最低生活一二个月。“而学校附近来校避难的民众，以及工警眷属不下数百人，均由学校供给食物”。这样，教职员工的生计成为问题。面对这种情况，冯友兰接连主持校务会议，解决这些问题：22日，他主持清华大学第九十七次校务会议，决定成立存粮支配委员会，据最低需要原则，参考设计委员会以前拟定的计划，积极筹措存粮并妥善分配。23日，他主持第九十八次校务会议，决定聘戴世光、陈新民、褚士荃、孙毓棠、何学纶等人组成存粮支配委员会。为了有效地维持学校秩序和教职员工生活，25日，他主持九十九次校务会议，决定由教授会、职员公会、工警团体、学生自治会推代表组成应变时期生活委员会，取代原来的存粮支配委员会。这个应变时期生活委员会与保卫委员会的巡逻委员会成为维持清华的两大柱石。1949年1月4日，冯友兰主持第一〇二次校务会议，讨论清华园邮局、粮食问题及生活委员会所拟配供粮食暂行办法。６日，他主持第一〇三次校务会议并报告：收中共北平市委工作团函，嘱将清华员生工警及眷属人数、本月份所需维持费用编具临时预算三份送团，以便转发军管会核发临时维持费。８日，他主持第一〇四次校务会议并报告，由校派员会同生活委员会前往中共北京市委工作团送交清华员生工警及眷属本月所需之副食概算及洽询情况；已补送员工11月份薪津实物待遇数额表籍及该月发给学生会费标准，备中共工作团转军管会参酌。2月2日，冯友兰主持校务会议并报告：军管会文化接管委员会钱俊瑞来函称，清华经费业经军管会决定，自1月起按去年11月标准发给，望即按此标准编造预算具报军管会核发，并再发人民币一百万元及粮食十五万斤，先作维持之用。会议并确定二月、三月份学生救济费标准，每人每月按小米一百零六斤编制。
经冯友兰等校务会议的努力和军管会的支持，清华大学的经费总算有了着落，生活问题得到妥善解决，“清华的师生员工表现了充分合作团结与镇定的精神”，局势稳定下来，“社会秩序很好，人民安居乐业，清华校内，也很平静，师生们生活正常”。
尽管如此，冯友兰领导的校务委员会的工作还遭到一些批评与指责。内容主要涉及清华基金。1949年1月17日，冯友兰主持教授会，会议决定成立教授联谊会，商讨校委员会所拟的商讨大纲。会上，“钱伟长提出责询学校美金帐目。此美金帐目原由职员李天朴君经管，李君于战事发生前数星期离校南去，战事发动时学校及会计室帐目请示梅校长运进城中，今竟无人知道清楚。校务会议主席冯先生答应请接替李君经管之职员及出纳组主任姚君出席报告，并未实行。至是钱氏又起责询，词锋犀利”。这种情况延续了很长时间，在北平军管会接收清华大学后，情况依然如此。1月31日下午，冯友兰主持教授会。会上有人对于城乡交通隔绝时留在城中清华同人联络会之处理分发城中同人维持费及一月份薪水有所责询。《清华园日记》记此云，联络会“本应发给留城同人及眷属经费，然而南京政府所给平津学校教员薪水一月份数目相当的大，尚有可以透支二月、三月份薪水的办法。我们以前在教授会里所了解，留校同人既然被解放，由人民政府给维持费，定出发薪办法，城中的一份，便不能去拿了。至少须得请示人民政府以后再看”。“解放军北平军委会文化接管会答应我们在一月份底前要发薪一次，可是没有发下，因而有人认为校务会议不够努力。在阴历过年前，却发下南京政府所欠两个半月的面粉两袋半代金圆券每人六百五十元……事实上城中物价大涨，金圆券六百五十元只能买两包纸烟。所以教授们因过年过得太穷，大发牢骚。说话不客气，主席冯公多方辩护，也很失态……清华各团体自解放后，盛行检讨之风，而检讨之习惯并未养成，所以多意气和裂痕。冯公说了一旧话，说清华原有一句成语：‘教授是神仙，学生是老虎，办事人是狗。’校务会议在此刻无论怎样总是错，希望不久新政府即派校长来也！”实际情况正如冯友兰在2月16日校务会议报告财务情况所说，美金特款（庚款基金）存纽约华美协进社及银行，收支账未获确切，余款数目不详，款亦均在美国，无从查考支用。
在维持学校稳定的同时，冯友兰尽力尽快恢复学校教学和科研工作。1948年12月27日下午，冯友兰主持教授会，根据钱伟长和费孝通等人的提议，组织校制商讨委员会，由教授会发起，联合教联会、研究生会、学生会、职工会代表组织，征询各方对于学校行政的制度以及教务课程的改进，收集商讨材料及具体改革方案。根据教授联合会催促早日复课的来信，会议议决，29日后起全校复课。29日下午，冯友兰主持教授会议，决定仍按原来校历上课至1月8日，大考取消，成绩移到下学期开始计算。30日，冯友兰主持第十九次教务会议，决定本学期授课仍于１月８日结束，各项成绩以小考及平时成绩计算，下学期开学再进行补考。1949年1月5日下午，冯友兰在科学馆主持文学院教授会，商讨各系课程设置问题。中国文学系浦江清提出修正闻一多、朱自清方案，主张在文学院设一普通文学系以造就通才，使中外名著合读并鼓励创作翻译，中、外文系仍存在，中文系提高向学术性方面发展，外文系造就外国语言及专门研究外国文学之专才。冯友兰极力赞同这一设想。历史系拟设许多研究室，请文学院各系共同合作。1月21日，冯友兰致函浦江清，谈文学院分系问题。浦江清日记记载：“照冯芝生来信，归纳各方意见，文学院于语言文学方面可设文学系、语言学系、中国古典文学系、英美文学系、苏联文学系、法德文学系、东方文学系七系。”这段时间，教学仪器设备也有增加。这期间收到美国麻省理工大学赠送的一批机器，其中直流机十三部，并开始安装调试。化工系设计一套流体输送的实验器械，两套传热实验器械，一套喷雾干燥设备，一具间隔干燥器，安装五架碎压机，两架混合机，等等。工业化学方面增加一套制造香皂设备，一套制造甘油的器械，一具化学反应器，安装自动开关调节的锅炉，等等。这些设备的增添，使清华大学化学系这个在众多学科中的后起之秀实力陡增，后来居上。
在冯友兰主持清华校务一段时间之后，1949年1月10日，中国共产党北平区军管会文化接管委员会主任钱俊瑞、教育委员张宗麟来接收清华大学。军管会发布命令：设立清华大学校务委员会，以原来校务会议的成员为委员，冯友兰为主任委员。清华大学校务由校务会议会同军管会代表主持进行。下午二时，钱俊瑞、张宗麟在大礼堂召集全体教职员、学生、工警讲话。冯友兰主持大会。他宣布，“清华从今天起正式成为人民政府的大学，并且是人民解放军第一个解放的大学”。这是冯友兰第一次和中国共产党人接触。如前所述，冯友兰之所以在解放时没有走，主要是由于对于国民党的失望。在此之前，他对共产党人没有什么接触。尽管他的妻姐任锐和妻妹任均都在延安，可据任均回忆，他和她们没有什么联系。1943年冯友兰在重庆讲学，中共学者赵纪彬曾多次到访，《新华日报》社拟请他去谈“新理学”，可他认为彼此间缺少共同语言，也就没有去。1948年春天，冯友兰的妻姐任锐到北京时曾请他去延安，可他也没有去。他后来回忆说：“我回到北京以后，叔明告诉我，她的二姐任锐曾经随着延安的军调代表来到北京，也到过我们家。二姐说：‘你们可以到延安去，现在延安、北京之间，常有飞机来往，如果你们决定去，全家都可以坐飞机去。’叔明说，二姐已经走了，走的时候交代说：‘你们什么时候决定了，可以去找叶剑英同志。’当时我们商量，做出了一个决定，反正我们是不走的，解放军也快要打到北京了，我们就在这里等着他们吧。”冯友兰早年就读于北京大学、留学于美国哥伦比亚大学，后来长期执教于清华大学。这些教育和经历，使他对政治和政党产生一种疏离感。1949年12月18日，国民党部队在清华园投掷炸弹，所幸都落在空地上，没有造成人员伤亡和财产损失。为此，中共中央给清华打电报表示慰问。身为校务委员会主席，冯友兰既没有大张旗鼓地宣传，也没有回电表示感谢，只是沿用民国时期的旧例，把来电贴布告栏里就完事了。1949年1月31日，解放军进驻北平，各界代表举行盛大欢迎仪式。冯友兰身为清华大学校务委员会主席，也没有组织师生去欢迎解放军入城。
那时清华大学校务虽然是由校务会议会同军管会代表主持进行，但实际运作是由军管会掌控。1949年2月16日下午，冯友兰出席第二十次教务会议。会议决定：（一）补考、注册、开课仍按原校历所订时间进行。（二）寒假前请假离校学生因交通梗阻未能于注册日期如期来校注册者其学籍暂行保留。（三）在本校解放前参加解放区工作逾期未注册或离校时未经申请而受退学处理的学生经北平市文管会教育部证明者得准其恢复学籍。（四）各系必修课程三民主义及伦理学二门课程自本年度起予以取消。２５日，冯友兰奉命向中共军管会文化接管委员会报送清华基本资料：（一）行政部门分设情况。（二）维持校务机构及校务会议人员姓名职务：主席冯友兰（文学院院长），委员霍秉权（教务长）、沈履（秘书长）、叶企孙（理学院院长）、陈岱孙（法学院院长）、施嘉炀（工学院院长）、汤佩松（农学院院长）。（三）本学年各院系课程情况。（四）依据校历于３月３日开学。３月１日，冯友兰主持校务会议并报告：（一）文管会拟将2月份薪津部分先行核准，可于短期内将ｌ月、２月份薪津一律发清。自１月起，教职员、工警每人每月发小米九十斤，其余款发人民币。（二）军管会西北郊分会来函称，奉军管会令已将达园拨交劳动大学使用，清华大学教职员在那里居住的，拟设法分迁至喇嘛庙（清华西门外）等地。3日，在大礼堂主持本学期始业仪式，北平市军管会文化接管委员会主任钱俊瑞、教育部长张宗麟及吴晗、白坚到会讲话。11日，冯友兰主持校务会议并报告，文管会函告清华，因华北大学迁移北平，校舍不敷应用，拟暂借用清华校舍一部分，供一千人住宿及学习之用，请清华与华北大学商洽办理。文管会又通知，各院校学生考入南下工作团者，应保留其学籍。13日，校务委员会接文管会通知，各机关学校因人事调动发布公文均须经军管会代表批准同意，方可发布。到了3月18日，驻清华军管会代表吴晗到校办公，实际上主持校务。冯友兰只是挂了个校务会议主席的虚衔。
4月29日，冯友兰主持清华校庆三十八周年纪念活动。当天，周恩来派人来问冯友兰有什么意见。可是，可以研究哲学为终生志业的冯友兰，搞不明白来人所说的意见是指什么，他只得说没有意见：“清华举行校庆的时候，周总理派人找我，问我有什么意见。照我当时的了解，周总理所要问的‘意见’，是对于国家大事有所‘拾遗补阙’的那种意见，那时候的国家大事我看不出有什么‘遗’‘阙’，实在是不知道有什么该‘拾’该‘补’的地方，只好说没有意见。后来才知道，所谓‘意见’比我所了解的广泛得多，大至对国家大事有什么看法，小至对个人工作、生活有什么希望和要求，都可以作为‘意见’提。”
到了5月4日，文管会就任命周培源为清华教务长，陈新民为秘书长，冯友兰只作文学院院长。接着第二天，文管会又通知：奉军管会决定，成立清华大学校务委员会，叶企孙为主席兼常委，常委中还有一个助教和一个学生，冯友兰只是一般委员，不在常委之列。这就免去了冯友兰原来由校务会议推举的主席职位，只担任文学院院长。9月23日，华北高教委批准冯友兰辞职请求。冯友兰回忆说：“在南京解放以后……我写了一封信，辞去校务委员会委员和文学院院长，理由是能力不胜。”
自1928年起，冯友兰在清华大学（含国立西南联合大学）前后担任秘书长、文学院院长等职，襄助梅贻琦，办好了清华大学和西南联合大学。于时局危难之际，他还两次被推举为校务会议主席，以他学术的资历与声望，办事的能力与经验，完成历史赋予他的使命。