smith-waterman算法相关论文
基因测序是生物信息学领域中重要的基础性问题,主要是获取基因序列中的信息,进行基因测序的根本方法是基因序列比对。目前,基因序......
高通量测序技术的不断发展为生物学研究提供了丰富的生物数据信息的同时，生物数据信息爆炸式增长所带来的海量数据也给科学研究带来......
人类基因组测序工作完成后，对基因数据的处理和分析能力提出了更高的要求。计算是生物信息学的基本研究方法之一，其算法的特点是数据......
近年来,生物信息学在不断地发展并成为一门重要的学科,国内许多高校和科研院所都在大力发展这一方面的技术,使其有了突飞猛进的发......
在基因的表达关系分析中,DNA甲基化和miRNA在基因的特异性表达以及癌症的发生方面发挥着独特的作用。本文分析了当前基因表达关系......
蛋白质三维结构比较是生物信息学一个重要的研究内容,通过蛋白质三维结构比较可将相似的结构归类,从而发现蛋白质间的远距离同源关......
为提高生物序列比对算法的性能和效率,提出一种异构处理平台下可移植的大规模生物序列比对算法及其优化方法.通过改变原有Smith-Wa......
1引言生物信息学中,对各种生物大分子序列进行分析是一件非常基本的工作,Paul A.Rota[1]通过测定SARS(又名非典型性肺炎)病毒的基......
针对现有变电站仿真培训系统缺乏完整且客观的评价体系，提出一种基于序列比对的变电站仿真操作智能评价方法。该方法将变电站仿真操......
对Smith-Waterman算法的计算公式进行了改进以适应GPU并行的特点,并提出新的基于BLOCK分块的并行前缀扫描法;通过UP-DOWN步骤、BLO......
Smith-Waterman算法是一种经典的序列比对算法,在双序列比对的情况下具有比较好的性能,但是在大规模的序列比对时,其性能并不能令......
为了精确高效地进行生物序列比对,提出一种GPU加速的Smith-Waterman算法.该算法使用菱形数据布局以更充分地利用GPU的并行处理能力......
按照序列的数量,先对双序列比对中Smith-Waterman算法、FASTA算法、BLAST算法、MUMmer算法和遗传算法等进行了详细分析和比较,然后......
提出了一种从非确定结构的论坛页面自动获取信息区域的方法。该方法在对K-中心点聚类算法的研究基础上克服了算法中固定簇数的缺陷......
Smith-waterman算法广泛用于生物序列比对中,但是生物序列比对的数据量极大,为了缩短比对时间,减少成本,本文提出了一种高度并行化......
研究了动态时间规划(DP)在基因芯片数据识别中的应用,提出了基因芯片数据的全局最大自相似度的定义以及基于最大自相似度和高维局......
基因突变检测在癌症疾病的研究、发展和化疗抵抗的过程中可以起到重大的作用。基因测序数据分析流程中最关键的步骤是基因突变检测......
为了提高Smith-Waterman算法处理速度,同时不改变原算法的准确性,本文利用前缀计算方法修改Smith-Waterman算法,并进行OpenMP并行......
基因比对可以实现对诲量生物信息的分析和处理，其中Smith—Waterman算法实现的比对信息精确度较高，但是处理速度慢。本文利用共享存......
针对序列联配应用于攻击特征提取时的碎片和噪声干扰问题,采用SVM分类器将多攻击样本转换成单一攻击样本,以减少联配过程中的噪声......
在CPU-GPU异构平台下,提出一种高效的生物序列比对方案。该方案利用GPU的并行处理能力,通过对读延迟、写延迟、重组函数及数据传输......
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针对传统的Smith-Waterman硬件算法加速器未保存回溯路径而无法回溯的问题，通过将计算路径存人外存，在FPGA平台上基于脉动阵列实现了......
