PBC家系筛查及其低频突变的全外显子组测序研究

来源 :空军军医大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:mydearsun
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【研究背景】  原发性胆汁性胆管炎(primary biliary cholangitis, PBC)是一种慢性进行性肝内胆汁淤积性疾病,发病机制尚不清楚。研究显示PBC患者一级亲属发病率较普通人升高近100倍,且其同卵双胞胎共患病率达77%,远高于其他自身免疫性疾病,提示遗传因素在PBC的发生发展中发挥重要作用。  近年来,围绕PBC的遗传研究出现了很多新的突破和进展。包括先前发现的与PBC发病密切相关的人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)基因,以及新近通过全基因组关联分析(genome-wide association studies,GWAS)发现的40余个非 HLA易感位点。然而这些位点尚不能充分解释 PBC 的发病机理。并且上述研究主要针对大样本的散发人群,极少涵盖家系病人的遗传分析。  本研究将依据PBC的家族聚集特点,筛查PBC家系患者,比较分析家系患者与散发患者各类临床指标及疗效的差异,并采用全外显子组测序技术筛选高度聚集家系患者的共同低频突变,初步探讨PBC家系患者的发病机制。  【研究目的】  1. 筛查PBC家系患者,分析家系患者与散发患者各类临床指标及疗效的差异。  2. 利用全外显子组测序技术寻找 PBC 家系患者共同的低频突变位点,并在散发人群中进行验证。  【研究方法】  本研究纳入自2005年至2016年我院确诊的PBC患者435例(分属435个不同的家系),根据其一级亲属自身抗体等检查结果明确诊断,筛选出 PBC 家系患者。收集 PBC 家系患者及散发患者治疗前及治疗后 12 个月的临床相关检查资料,比较两组患者在血清生化指标、治疗后的生化应答及预后评分等方面的差异。为了进一步证实PBC家系的特殊遗传背景,采用全外显子测序技术对两个高发家系进行测序,筛选家系患者共同低频突变,并于散发人群中验证,初步探讨家系患者的遗传致病机理。  【研究结果】  1. 共计筛查435例PBC患者(家系)及其946例一级亲属,其中18例一级亲属被诊断为PBC,共分布在16个家系中,则PBC一级亲属患病率为1.90%(18/946), PBC家系患病率为3.68%(16/435);  2. PBC家系患者组与散发患者组在治疗前RBC、HGB、PLT、ALT、AST、ALB、GLB、TBIL、ALP、GGT、CHO、TG、BUN、CRE、AMA、AMA-M2、抗SP100、抗GP210等方面均无明显差异,UDCA治疗一年后同样无明显差异。但PBC家系患者组的组织学分期显著低于 PBC 散发患者组,且发病年龄更为年轻。分别依据巴黎I、巴黎II及巴塞罗那标准对两组PBC患者进行疗效判定,结果显示:PBC家系患者组的生化应答率分别为69.6%、65.2%及73.9%,高于PBC散发患者组的54.5%、45.8%及65.6%;依据UK-PBC risk score对两组患者进行预后评估,发现家系患者组的风险评分低于散发患者组。  3. 根据家系内 PBC 患者数量和代数尽量多的原则,从 16 个 PBC 家系中筛选出 2个既有同代又有隔代患者的高发家系(6名PBC患者及2名正常对照)进行全外显子组测序。测序发现两个家系的患者均存在位点 rs79267778(HELZ2),该位点为以往报道的PBC易感位点。同时,测序筛查到家系1患者共同低频突变319个,家系2患者共同低频突变355个,两家系患者共同低频突变18个,包括16个SNPs和2个Indels,分别位于ANO2、LILRA6、HMGB1、CIB1、SAMD4A、DNASE1L1、FPR1、PDZK1IP1等14个基因上。  4. 经功能分析锁定1个(LILRA6)与自身免疫性疾病发病高度相关及2个(ANO2, CYP3A43)与胆汁排泄、代谢高度相关的候选基因。针对上述3个候选基因SNP位点设计 MassARRAY 芯片:位点 rs17788563 ( ANO2 ),位点 rs147270307 (CYP3A43)、rs183707190(LILRA6),再从PBC生物样本库中挑选的249名散发PBC患者中进行验证。结果发现,位点rs147270307(CYP3A43)测序结果与1000GENOME 中汉族人群基因频率相比,差异具有统计学差异,即 rs17788563可能与PBC的发病相关。  【研究结论】  1. PBC具有家族聚集现象,且一级亲属发病风险明显高于普通人群;  2. PBC家系患者较散发患者组织学分期较轻,生化应答率及预后较好,其原因是家系患者接受早期筛查,因此对PBC家系进行早期筛查具有非常重要的临床意义;  3. PBC 家系患者具有共同的易感位点 rs79267778 ( HELZ2 )、rs147270307 (CYP3A43),可能与PBC的发病密切有关。
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