世通、安然事件爆发之后,随着sOx法案的颁布,人们逐渐意识到内部控制在减少舞弊、加强管理、提升业绩等方面具有重大意义。为此,企业更加重视内部控制的建立与健全；利益相关者则要求不仅要进行财务报表审计,还要进行内部控制审计,以期获取更高质量的财务信息来增加他们的投资信心。至此,内部控制审计与财务报表审计处于同等重要地位,即也是一项独立对外报告的鉴证业务。而在进行财务报表审计与内部控制审计的过程中人们发现二者有许多共性,又提出了整合审计。整合审计的出现对于解决上市公司高昂的审计费用与保证会计师事务所的审计质量无疑是一种全新的理念,但由于整合审计在我国引入时间不久,有关它的研究还主要集中在制度基础的建立与完善、实施意义及两审计的关系等方面,对于实务操作层面如何指导注册会计师开展审计工作的研究几乎没有。因此,本文在学者们研究成果的基础上,围绕整合审计的目标,在实务操作层面对整合审计流程的设计与应用进行了研究：首先,从整合审计的目标、两审计的终极目标及技术操作层面等简要阐述了整合审计的必要性和可行性,得出进行整合审计能够降低成本、提高效率和效果、保证审计质量,将财务报表市计与内部控制市计整合进行对会计师事务所和被市计单位来说是一种双赢的选择；其次,通过对财务报表审计流程与内部控制审计流程的对比分析,得出风险评估程序和控制测试是整合审计的关键内容,并据此也设计出整合审计流程,为注册会计师整合审计的实务操作提供思路和借鉴；最后,基于成本、效率和效果的角度从审计主体的选择、责任风险的划分、审计收费的管理、审计沟通的应用及风险评估程序和控制测试的执行等整合审计流程应用中应注意的五个方面搭建应用平台、选择最佳审计策略或加强关键事项控制来保障整合审计的顺利实施,进而从实务指导层面帮助注册会计师日后开展整合审计工作。