目的:通过对7株PCV2福建流行毒株进行全基因克隆及测序,并与国内外17株Genbank登录的PCV2流行毒株基因组进行比较,分析各PCV2毒株之间的遗传相关性和分子差异,为探索PCV2基因的结构功能以及变异规律,了解我省PCV2流行毒株的基因型和变异情况,进一步补充和丰富我国PCV2分子流行病学资料,为今后深入研究该病毒的分子生物学特性,以及开发有效的免疫制剂提供参考依据。方法:根据已发表的猪圆环病毒2型基因序列,分段设计2对PCV2特异性引物,用PCR方法扩增近年分离鉴定的7株PCV2福建流行株全序列,将扩增片段克隆于pMD18-T载体进行测序。借助DNAstar软件将所测的7株PCV2全序列与GenBank中已发表的国内外17株PCV2和2株PCV1全基因序列进行同源性比较,并绘制发育进化树;同时对各PCV2毒株的ORF1和ORF2基因组核苷酸和所推导的氨基酸进行同源性比较,并对氨基酸序列变异位点进行比对分析;进一步对ORF2基因组进行亲水性和抗原表位分析。结果:(1)扩增出7株PCV2全基因序列,测序获得基因全序列长为1767bp。(2)同源性比较结果表明本研究7个分离株之间核苷酸同源性为98.4%～99.5%;7个分离株之间ORF1核苷酸和氨基酸同源性均为98.1%～99.7%,ORF2核苷酸与氨基酸同源性分别为98.9%～99.7%和97.9%～99.6%。(3)7个分离株与GenBank上已发表的PCV2分离株之间全基因序列同源性为94.7%～99.5%;ORF1的核苷酸和推导氨基酸同源性分别为95.9%～99.7%和95.9%～99.7%;ORF2的核苷酸及其推导的氨基酸同源性分别为91.1%～99.7%和85%～100%,存在较大的变异。结论:本研究发现7株PCV2福建流行株之间全基因组同源性很高,在基因水平上差异不显著,在地域分布上也没有明显差异。ORF1基因之间相对保守,同源性很高,变异很小;而ORF2基因则存在较大的变异,并具有很强的亲水性和抗原性。