儿童呼吸道疾病病毒谱的研究是一个新兴的研究领域。越来越多的研究人员认识到儿童健康和患病气道内细菌、真菌和病毒的多样性,以及这种多样性在急性和慢性炎症中可能发挥的作用。反复和慢性肺部感染与儿童呼吸道疾病的发病率和死亡率有关。有研究报道肺炎和细支气管炎是导致儿童高发病率和死亡率的主要原因。超过90%的5岁以下住院儿童患有严重或非常严重的下呼吸道感染。细菌和病毒之间的感染差异导致经验性抗菌治疗,使得患儿可能产生抗菌药物耐药性,加大临床呼吸道疾病治疗难度加大。因此虽然大多数病毒性呼吸道感染可以临床诊断和相应治疗,但临床医生一般会建议进行呼吸道病毒检测,进而降低误诊率。相对于人体体表与外界相通腔道的数量巨大的病毒群落来说,我们已知的呼吸道病毒只是其中一小部分,因此,提前探索潜在的致病性新型病毒对人类预防并控制新型病毒致病是一个不错的选择。呼吸道疾病病毒谱还可以帮助我们了解早产儿在出生后可能面临的问题。早产儿因支气管肺发育不良发展为慢性肺疾病的风险更高。文献报道了鉴定病毒的传统方法主要有常规PCR法、免疫电镜法、细胞培养法和特异抗体检测等。但是在后来的科研以及临床中发现他们都有各自致命的缺点。随着科研的不断深入以及分子生物学技术的迅猛发展,出现了众多检测新病毒和未知病毒的新方法。病毒宏基因组法（Viral Metagenomics）开始成为大众的研究热点。病毒宏基因组学直接以临床样本中所有的病毒核酸为研究对象,避免了传统方法需要的基于病毒已知序列进行PCR扩增、血清病毒抗原/抗体检测或病毒细胞培养,很好地打破了传统方法的局限性。因此病毒宏基因组学已经应用于农业、环境、医学、公共卫生等方面。在宏基因组学中病毒检测的方法有许多,如基于特异性核酸杂交和抗原交叉反应的方法,消减杂交,序列独立核酸扩增,序列无关单引物扩增（SISPA）,随机PCR扩增,Shotgun扩增,随机引物PCR（AP-PCR）等。目前,国内外多数研究针对的都是呼吸道内微生物群落的组成、分布及其与儿童相关疾病的联系,而对呼吸道微环境内病毒群落的研究较少。为了探讨呼吸道内复杂的病毒群落的组成及其与儿童的健康和疾病的关系,本研究利用病毒宏基因组学和高通量测序方法来分析我国镇江地区儿童呼吸道感染疾病鼻粘膜分泌物微环境内病毒群落的组成,从而为呼吸道疾病儿童病毒性感染的预防及临床治疗等提供理论基础和技术支持,以及为相关疾病的诊断、治疗奠定理论基础。本研究的主要内容和结果:（一）镇江地区儿童鼻粘膜分泌物微环境内病毒群落组成本研究运用病毒宏基因组学技术对来自江苏大学附属医院的100个患有呼吸道感染的儿童鼻粘膜样本进行初步分析,结果显示:文库中至少有14个病毒科,种类丰富;10个文库的病毒组成基本相似;文库KYD09病毒序列总数为79条,而KYD04文库没有,文库之间相差悬殊;文库病毒主要为腺病毒科（Adenoviridae）和微小RNA病毒科（Picornaviridae）。（二）镇江地区儿童呼吸道疾病病毒谱的病毒宏基因组学分析经过病毒宏基因组学分析,镇江地区儿童鼻粘膜分泌物微环境内病毒群落主要由以下病毒科组成:腺病毒科（Adenoviridae）30.13%,小RNA病毒科（Picornaviridae）24.04%,冠状病毒科（Coronaviridae）11.22%,指环病毒科（Anelloviridae）10.58%,多脱氧核糖核酸病毒科（Polyomaviridae）10.58%,副黏液病毒科（Paramyxoviridae）7.37%,茎毒科（Caulimoviridae）1.28%,短尾病毒科（Podoviridae）0.96%,肝炎病毒科（Hepeviridae）0.64%,正粘病毒科（Orthomyxoviridae）0.64%,星状病毒科（Astroviridae）0.32%,杆状病毒科（Baculoviridae）0.32%,痘病毒科（Poxviridae）0.32%以及未分类病毒科1.60%。腺病毒科和微小RNA病毒科占据病毒谱的主导地位。基于冠状病毒基因序列的系统发育分析显示,镇江地区儿童呼吸道内发现的Coronavirus属于人呼吸道常见的冠状病毒类型Human coronavirus HKU1,与SARS-Co V-2遗传关系较远。病毒群落内还发现了1株新亚型腺病毒（Adenovirus）和1株新型指环病毒（Anellovirus）,该2株病毒的部分基因组序列被拼接并且进行系统进化分析。