SAMD14基因在胶质瘤中的表达及其启动子甲基化的研究

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目的:了解胶质瘤中SAMD14的表达及其启动子区甲基化情况,分析SAMD14表达的临床意义,从表观遗传学角度探讨SAMD14表达调控机制。方法:(1)利用在线数据库分析正常组织和胶质瘤中SAMD14 mRNA和蛋白质的表达;(2)利用RT-PCR和qRT-PCR,检测10例人正常脑组织和52例胶质瘤组织SAMD14mRNA,统计学分析SAMD14mRNA与临床参数的关系,与患者生存时间关系,评估SAMD14mRNA表达是否可作为患者独立预后因子;(3)常规培养3株胶质瘤细胞,并向其培养液中加入表观遗传学药物地西他滨(Decitabine,DAC)、曲古柳菌素(Trychostatin A,TSA)和丙戊酸钠(Valproic Acid,VPA)。分别设立空白组、DAC-VPA组、DAC-TSA组和DAC-VPA-TSA组;细胞经上述药物干预后,用q RT-PCR检测SAMD14mRNA,分析表观遗传学药物对胶质瘤细胞株表达SAMD14 mRNA的影响;(4)用生物信息学预测SAMD14基因的启动子区域;根据预测启动子区域设计两个区域进行焦磷酸测序,检测胶质瘤组织和细胞株中SAMD14启动子区甲基化水平,同时用表观遗传学药物处理胶质瘤细胞株,检测SAMD14启动子区甲基化水平,分析SAMD14动子甲基化与其表达的关系。结果:(1)Oncomine数据库查询结果显示人正常脑组织呈SAMD14mRNA高表达,胶质瘤组织呈SAMD14mRNA明显下调;Human Protein Atlas查询结果显示胶质瘤组织表达SAMD14蛋白质,其蛋白主要定位于肿瘤细胞的胞核;(2)胶质瘤组织的SAMD14 mRNA明显低于正常脑组织(P<0.05),其中低级别胶质瘤和高级别胶质瘤的SAMD14 mRNA表达量也分别低于正常脑组织(P<0.05);低级别胶质瘤和高级别胶质瘤进行比较,高级别胶质瘤中的SAMD14 mRNA表达量明显比低级别胶质瘤低(P<0.05);对SAMD14 mRNA的表达与胶质瘤患者临床参数的相关性进行统计学分析,结果显示除SAMD14 mRNA表达与WHO分级和KPS评分具有相关性(P<0.05)外,与其他临床参数均统计学意义(P>0.05);利用K-M法进行生存分析结果显示SAMD14 mRNA高表达胶质瘤患者生存时间明显长于SAMD14 mRNA低表达胶质瘤患者生存时间,使用Cox比例风险回归模型分析表明,肿瘤分级和SAMD14mRNA表达为胶质瘤患者预后的独立影响因素(P<0.05)。(3)胶质瘤细胞经上述表观遗传学药物诱导后,SAMD14mRNA表达量均呈现不同程度的升高,与空白对照组比较均具有统计学意义(P<0.05);(4)生物信息学预测出的SAMD14启动子位于-1400bp~+219bp区域,该区域存在CpG岛,并有SP1等多个潜在的转录因子结合位点;焦磷酸测序结果显示上述表观遗传学药物处理胶质瘤细胞后,SAMD14启动子甲基化频率变化各异;在U251细胞中,DAC-VPA-TSA组的SA MD14启动子甲基化频率升高(P<0.05),而其他组的SAMD14启动子甲基化频率变化无统计学意义;在U87细胞中,DAC组的SAMD14启动子甲基化频率降低,与空白对照组比较具有统计学差异(P<0.05);在A172细胞中,仅DAC-TSA组的SAMD14启动子甲基化频率降低具有统计学意义(P<0.05)。结论:人正常脑组织中呈SAMD14 mRNA高表达,而在胶质瘤组织和细胞株呈SAMD14 mRNA低表达;表观遗传学药物DAC、TSA和VPA的分别使用或联合使用,能不同程度的上调胶质瘤细胞的SAMD14 mRNA,SAMD14 mRNA的表达与检测的启动子区甲基化程度无明显关联。
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