急性心肌梗死患者环状RNA生物信息学相关研究

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目的:急性心肌梗死(Acute myocardial infarction,AMI)是造成心血管疾病(Cardiovascular diseases,CVD)中死亡的主要原因之一。尽管在AMI的诊断和治疗中已经取得了显着进展,但检测和治疗早期的心脏损伤仍然无法获得良好的临床结果,急需在分子水平上理解AMI的发病机制。环状RNA(circular RNA,circRNA)在心血管疾病中发挥的功能越来越受到重视,本研究通过基因芯片开展检测,分析急性心肌梗死患者特征性circRNA表达谱,寻找与急性心肌梗死相关的circRNA,探讨其与AMI的关系及可能的机制。方法:选取3例AMI患者和3例对照人群纳为研究对象,研究对象在入院3h内抽取EDTA抗凝外周血2 ml,通过微阵列基因芯片技术对研究对象外周血中circRNA表达谱进行分析,筛选出AMI患者外周血中表达差异的circRNA。并利用starbase软件,对AMI患者外周血中表达差异的circRNA可结合的目标miRNA进行预测,获得miRNA列表。利用miRanda软件构建circRNA-miRNA网络。寻找circRNA-miRNA潜在的结合路径以及相关性,为AMI有效诊断奠定理论基础。此外,应用KEGG DISEASE、NHGRI GWAS Catalog、OMIM等数据库进行探索,对AMI患者血浆样本中差异表达的circRNA进行disease富集分析,以P<0.05为差异有统计学意义;再利用Reactome、KEGGPATHWAY、Bio Cyc、PANTHER等数据库对差异表达的circRNA进行pathway富集分析,以P<0.05为差异有统计学意义;同样的,对AMI患者外周血中差异表达的circRNA对应的m RNA进行Gene Ontology分析。涉及的富集分析包含Cellular Component、Biological Process和Molecular Function三个对象。寻找与AMI发生发展相关的潜在信号通路,为AMI靶向治疗奠定理论基础。结果:1、相比于对照组,AMI患者外周血中发现了650个表达差异的circRNAs(P<0.05,fc≥2),包括536个上调表达的circRNA(如hsa_circ_0050908,hsa-circRNA4010-22,hsa_circ_0081241,hsa_circ_0010551,hsa-circRNA4010-20)和114个下调表达的circRNA(如hsa_circ_0066439,hsa_circ_0054211,hsa_circ_0095920,hsa_circ_0122984,hsa_circ_0113067)。差异表达的650个circRNA中有475个能够结合≥2个数量的miRNA。circRNA-miRNA网络显示circRNA与miRNA呈网络相关性,表达差异最大的前10个circRNA当中,有6个circRNA能结合的miRNA数量大于2个;其中RNA hsa_circ_0066439、hsa_circ_0081241、hsa_circ_0122984可通过与hsa-miR-1254、has-miR-3187-5p等连接进行多条通路调控。2、通过对NHGRI GWAS Catalog、KEGG DISEASE、OMIM等生物信息库进行disease富集分析结果显示:与心血管疾病密切相关的有心肌梗死(Myocardial infarction)、冠状动脉心脏疾病(Coronary heart disease)和高血压(Hypertension)(P<0.05),从结果中可以确定,目标基因与冠心病是有着密切关系的。通过Reactome、KEGGPATHWAY、Bio Cyc、PANTHER等数据库对AMI患者外周血中表达差异的circRNA进行pathway富集分析。结果显示:在KEGG PATHWAY数据库中提示局部粘着(Focal adhesion)、赖氨酸降解(Lysine degradation)和MAPK信号通路(MAPK signaling pathway)等3条通路参与了AMI疾病的发展过程(P<0.05)。Reactome数据库提示信号转导(Signal Transduction)、染色质组织(Chromatin organization)和染色质修饰酶(Chromatin modifying enzymes)等3条通路参与AMI的发生发展过程。3、以P<0.05为差异有统计学意义,Gene Ontology分析结果显示:分子功能主要涉及结合(binding)和分子结构活性(structural molecule activity)。生物过程主要为单生物过程(single-organism process)、细胞成分的组织过程(cellular component organization)以及细胞过程(cellular Process);细胞组成(Cellular Component)主要涉及蛋白质复合物(protein complex)、细胞外基质(extracellular matrix)、膜(membrane)以及细胞外基质成分(extracellular matrix component)。提示它们在AMI发病及疾病进展过程中的作用的关键。结论:Circ RNA与miRNA相互作用可能参与AMI的发生发展过程。结合disease富集分析、pathway富集分析和Gene Ontology分析结果表明,在AMI的疾病进展过程很可能存在circRNA-miRNA相互作用的途径,且该途径可能参与AMI的发生发展过程调控。其中hsa_circ_0066439、hsa_circ_0081241、hsa_circ_0122984可能通过结合miRNA hsa-miR-1254、has-miR-3187-5p来调节多条信号通路,进而参与AMI的发病机制。
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