FCGR2A和TYROBP作为透明细胞性肾细胞癌患者预后生存标记物的回顾性研究

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第一部分透明细胞性肾细胞癌靶点的生物信息学分析与验证目的:通过生物信息学方法探索透明细胞性肾细胞癌(Clear Cell Renal Cell Carcinoma,ccRCC)的发病机制中差异表达基因的变化,筛选中心基因并分析其与临床患者病理特征及其预后的相关性。方法:从GEO数据库下载两个数据集(GSE68417,GSE71963),用GEO2R鉴定ccRCC与癌旁组织样品间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),进而通过The Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery(DAVID)工具进行功能富集分析,构建蛋白质相互作用(protein-protein interactions,PPI)网络,挖掘中心基因。利用UCSC(University of California Santa Cruz)Xena数据库对中心基因表达水平进行聚类分析。采用Kaplan-Meier Plotter对所筛选出的中心基因与ccRCC患者总生存率(Overall Survival,OS)的关系进行分析。最后,使用组织样本来验证中心基因。结果:1.两个数据集共筛选出1182个差异表达基因。Gene Ontology(GO)和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)分析结果显示,变异主要富集在细胞内信号级联、氧化还原、膜固有核苷结合、嘌呤核苷结合、癌症通路、局灶黏附、细胞黏附分子。2.鉴定了10个枢纽基因ITGAX、CD86、LY86、TLR2、TYROBP、FCGR2A、FCGR2B、PTPRC、ITGB2、ITGAM。FCGR2A、TYROBP与ccRCC患者总生存率呈负相关(P<0.05)。3.qRT-PCR分析显示,CD86、FCGR2A、FCGR2B、TYROBP、LY86、TLR2在ccRCC组织中的m RNA相对表达水平明显高于其邻近肾组织。第二部分FCGR2A异常表达可作为透明细胞性肾细胞癌预后不良的生物标志物目的:深入探索FCGR2A能否作为ccRCC诊断和治疗的潜在靶点。方法:共招募151例ccRCC患者。采用皮尔逊卡方检验和斯皮尔曼检验分析FCGR2A与相关参数的关联性。与此同时进行单因素和多因素Cox比例风险回归分析。使用HE染色观察透明细胞性肾细胞癌的病理形态学变化。使用qRT-PCR法检测FCGR2A m RNA相对表达水平,使用免疫组化和免疫荧光法检测FCGR2A蛋白表达。结果:1.卡方检验显示FCGR2A与TNM分期(P<0.001)、ccRCC家族史(P=0.01)和Fuhrman分级(P<0.001)显著相关。斯皮尔曼相关性分析显示FCGR2A与TNM分期(ρ=0.406,P<0.001)、ccRCC家族史(ρ=1.000,P<0.01)和Fuhrman分级(ρ=0.577,P<0.001)具有明显关联性。2.FCGR2A高水平组的OS明显低于FCGR2A低水平组,HR为66.901(95%CI,28.251-159.428,P<0.001)。Receiver Operating Characteristic(ROC)分析表明FCGR2A作为ccRCC的生物标志物更有优势。3.免疫组化及qRT-PCR检测表明ccRCC中FCGR2A蛋白及m RNA表达均高于其癌旁组织(P<0.05)。第三部分TYROBP异常表达可作为透明细胞性肾细胞癌预后不良的生物标志物目的:深入探索TYROBP能否作为ccRCC诊断和治疗的潜在靶点。方法:共招募151例透明细胞性肾细胞癌患者。采用皮尔逊卡方检验和斯皮尔曼检验分析TYROBP与相关参数的相关性。同时进行单因素和多因素Cox比例风险回归分析。利用HE染色观察透明细胞性肾细胞癌的病理结果。采用免疫组化和免疫荧光法检测TYROBP蛋白表达,通过qRT-PCR检测TYROBP m RNA的表达。结果:1.与Ⅰ分期相比,TYROBP在Ⅲ和Ⅳ分期中的表达较高(P<0.05)。在个体中,TYROBP与TNM分期(P<0.001)、和Fuhrman分级(P<0.001)显著相关。2.TYROBP(HR=7.838,95%CI:4.834-12.711,P<0.001)与总生存率显著相关。以TYROBP的曲线下面积(AUC)作为判断各因素的置信度:生存时间(AUC=0.85748,P=0.03116)。结论:1.生物信息学方法及qRT-PCR等实验验证提示FCGR2A、TYROBP深度参与ccRCC发生与发展过程。2.FCGR2A、TYROBP在ccRCC中高表达时,患者的生存预后较差。3.FCGR2A、TYROBP可能成为ccRCC早期诊断及预后生存评估标记物,提示FCGR2A和TYROBP可能是诊断和治疗ccRCC的潜在靶点。
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