2006年我国将自主创新正式确定为国家发展战略,自主创新作为全新的命题成为社会各界关注的焦点。演化经济学认为制度和国家对创新有非常重要的作用,强调发展中国家拥有制度后发优势,指出“赶超”不仅仅是技术范畴的概念,而且更应该与意识形态、制度相联系。因此,本文提出将自主创新置于国家发展战略层面进行研究。在分别比较研究了新古典范式和演化范式下截然不同的意识形态和制度的基础上,本文指出我国公共科技管理制度需要范式转换,即由新古典转向演化范式,提出自主创新导向型公共科技管理制度是创新和发展战略实现的必要条件,并基于演化视角对制度框架思路进行了研究。全文的主体分为五个部分：文献综述、意识形态理论比较、制度比较、自主创新导向型公共科技管理制度分析和框架思路研究。第一部分在回顾、梳理国内外学者对自主创新研究成果的基础上,提出了自主创新作为一种国家发展战略的必要性和重要性,并探讨了制度和国家作用与自主创新的内在联系；第二部分从意识形态的概念和内容、意识形态对经济系统的影响两个方面对演化范式与新古典范式下的意识形态理论进行比较分析；第三部分从制度内涵、制度观以及促进创新的制度三个方面对演化范式与新古典范式下的制度理论比较分析；第四部分在分析新古典框架下的公共科技管理制度的基础上,提出了我国公共科技管理制度新范式,并探讨了改革开放30年我国公共科技管理制度的演变历程；第五部分提出了自主创新导向型公共科技管理制度框架思路。