皮肤基底细胞癌NTRK3基因的多数据集生信分析及其免疫组化研究

来源 :大连医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:aiwo2516
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:探索在皮肤基底细胞癌(basal cell caricinoma,BCC)发生、发展过程中起关键作用的基因及相关信号通路,为BCC寻找新的治疗方案及靶点;通过对BCC中差异基因表达(differential expression genes,DEGs)的筛选,选出关键靶基因NTRK3,并通过免疫组化的方法验证NTRK3在BCC中高表达。方法:利用R软件3.6.3整合分析数据集GSE103439、GSE125285、GSE53462、GSE7553;使用Limma包分析芯片,利用edger对测序数据分析,进行差异表达基因分析;从中筛选差异表达基因,结合文献检索等方法,选取NTRK3作为单基因进行分析。以GSE125285数据集进行数据分析;根据NTRK3表达量,进行排序、分组,分为高表达组与低表达组,选取DEGs利用STRING做PPI蛋白质互作网络;同时利用R软件分析NTRK3的表达水平与临床肿瘤关系;基京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)和基因富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)对BCC中的DEGs进行功能注释和通路富集分析;最后,利用R软件的GSVA包分析NTRK3与肿瘤免疫细胞浸润的关系;选择关键基因NTRK3,通过免疫组化验证其在BCC及毛发上皮瘤、癌旁组织中的表达情况。结果:在GSE103439、GSE53462、GSE7553数据集中共筛选出39个共同DEGs,筛选的关键基因NTRK3在GSE125285、GSE53462、GSE7553数据集中的肿瘤组织高表达。在临床肿瘤中,NTRK3在甲状腺癌(Thyroid carcinoma,THCA)组织中表达上调,而在乳腺浸润癌(Breast invasive carcinoma,BRCA)、结肠癌(Colon adenocarcinoma,COAD)和肺腺癌(Lung adenocarcinoma,LUAD)中表达下调。本研究发现NTRK3在BCC中不仅参与硫酸皮肤素生物合成、配子生成的DNA甲基化等生物过程,还与UV应答、BCC和刺猬信号等通路相关。本研究还发现NTRK3的表达与BCC中的肥大细胞浸润相关。免疫组化结果显示NTRK3蛋白在BCC肿瘤细胞胞膜表达明显高于癌旁组织。结论:1.通过生物信息学分析,我们推测NTRK3在BCC中可能通过参与UV应答、基底细胞癌和刺猬信号等通路间接导致BCC的发生、发展;2.从免疫细胞浸润的角度分析,NTRK3可能促进肥大细胞间接促进BCC肿瘤的发生;3.免疫组化结果显示NTRK3在BCC中明显表达,这为我们寻找新的生物标志物及治疗靶点提供了新的方向。
其他文献
目的:通过对急性重症脑血管患者死亡危险因素分析,以期找出急性重症脑血管病患者死亡的危险因素,进一步指导临床医师采取积极措施进行相应干预,使得患者临床预后得到明显改善。方法:回顾性分析2017年9月到2021年9月在大连医科大学附属第一医院神经内重症监护病房(NICU)收治的140例急性重症脑血管病患者临床资料,分为84例急性重症缺血性脑血管病及56例急性重症出血性脑血管病。分析不同类型、性别、住院
学位
目的:脑小血管病(cerebral small vessel disease,CSVD)发病初期,其引起的神经功能缺损表现较轻微,很少得到重视,随着病情不断发展,会逐渐出现认知功能障碍,在老年人认知功能下降的病因中占很大比例。本研究旨在探索CSVD患者发生认知功能障碍的危险因素,构建脑小血管病患者发生认知功能障碍的预测模型及风险评分,为患者提供个体化的诊治策略。方法:本研究为单中心回顾性研究,选取
学位
目的:通过比较是否患缺血性脑血管病的两组患者的血清脂蛋白a(Lipoprotein(a),Lp(a))浓度,以及Lp(a)与缺血性脑血管病不同类型及急性脑梗死梗死部位和体积不同的差异性进行比较,探讨脂蛋白a与缺血性脑血管病的相关性。方法:1.入组对象及分组:选取2019年9月至2021年2月于本院神经内科住院治疗的符合纳入标准的缺血性脑血管病患者总共711例为观察组,选取同期于本院住院的符合纳入标
学位
背景:白癜风(vitiligo)是一种在临床上较为常见的,局限性或泛发性的色素脱失性皮肤病。流行病学调查显示,其发病率为1%~2%,10~30岁为该病的发病高峰期,约占总患者数的62.65%。国内外研究表明,其发病机制与自身免疫息息相关。治疗白癜风的方法众多,从2001年开始应用308 nm准分子激光治疗白癜风,这种治疗与最重要的病理因素T细胞之间的关联仍有待探索。以往有研究表明白癜风病灶微环境、
学位
背景与目的:糖尿病视网膜病变(Diabetic retinopathy,DR)是糖尿病患者常见的微血管并发症之一。脑小血管病(cerebral small vessel disease,CSVD)在糖尿病患者中发病率较高。CSVD总MRI负荷可反应脑微血管病变的严重程度。然而,糖尿病相关的视网膜微血管系统变化与CSVD相关的脑微血管系统之间的联系尚不清楚。本研究旨在探讨2型糖尿病患者视网膜微血管病
学位
背景:脑白质疏松(Leukoaraiosis,LA)在广大人群中普遍存在,特别在老年人群中检出率更高。在颅内外大血管闭塞导致急性缺血性脑卒中(acute ischemic stroke,AIS)的患者中,LA与进行机械取栓(mechanical thrombectomy,MT)治疗后的临床预后相关性仍然存在较多的争议。目的:旨在探究急性大血管闭塞性脑卒中(AIS with large vessel
学位
背景及目的抑郁症(Major Depressive Disorder,MDD)具有患病率高、致残率高、复发率高和治疗困难的特点。电休克疗法(Electroconvulsive Therapy,ECT)是一种技术成熟、疗效确切的治疗抑郁症的方法,但其在病例选择上仍然存在盲区,目前尚没有明确的预判疗效的生物标志物。本研究通过对治疗前血清C1q水平与ECT治疗抑郁的症疗效,以及基线特征[年龄、性别、婚姻
学位
背景:重度抑郁症(MDD)是一种多维度的疾病,并且具有高自杀风险,严重影响患者生活质量,大大增加了疾病负担。但是,由于诊断的主观性及疾病的复杂性,抑郁症很难被准确诊断并治疗。目前一线治疗推荐仍然是抗抑郁药物治疗或心理治疗,但约50%的患者没有充分的治疗反应。因此,识别重度抑郁症的生物标志物对于改善这种常见神经精神疾病的诊断和治疗具有非常重要的意义,因为该领域正在寻求个性化和更有效的治疗方法。脑电图
学位
目的:基于倾向性匹配分析(propensity score matching,PSM)探讨阿加曲班对进展性脑梗死患者的安全性及临床预后的影响。方法:本研究依据纳入及排除标准回顾性收集2018年11月至2021年11月在大连医科大学附属第二医院神经内科住院的716例进展性脑梗死患者及出院3个月随访信息,依据出院3个月m RS评分分为预后良好组(m RS≤2分)与预后不良组(m RS>2分),单因素分
学位
目的:探求游离甲状腺激素与脑梗死严重程度及预后的可能性联系,以及其对脑梗死诊断、预后的临床意义。方法:从2018年1月-2021年3月,我们从泰州市人民医院病历系统中选取273名脑梗死患者,根据入选标准和排除标准筛选出150例,所有脑卒中患者入院后24小时内,均在禁食8小时以上进行静脉采血常规实验室检查,收集患者基本信息(年龄、性别);既往情况(高血压、糖尿病、冠状动脉疾病、心房颤动史、高脂血症史
学位