移植相关感染病原体多联检qPCR方法学的建立与初步应用

来源 :北京协和医学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xstyx
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研究背景及目的:目前,移植手术作为一种有效的治疗方法,已经越来越普遍的应用于临床。移植手术包括造血干细胞移植(Hematopoietic stem cell transplantation,HSCT)和实体器官移植(Solid organ transplantation,SOT)。由于免疫抑制剂的使用移植后病人易感染细菌、病毒、真菌等病原体。细菌主要为条件致病菌,病毒以疱疹病毒(Herpes virus)为主,真菌感染率最高的为白色念珠菌(Candida albicans),曲霉菌(Aspergillus spp)、耶式肺孢子菌(Pneumocystis jirovecii)和新生隐球菌(Cryptococcus neoformans)也较常见。据报道,中国每年造血干细胞移植数和实体器官移植数总和已经超过了两万例,目前移植后感染率部分可高达80%,部分死亡率可高达70%。移植术后因感染而死亡的比例为20%左右,其中来源于供体的感染率大概为1%-1 0%。并且研究表明,来源于供体的感染相对于没有来源于供体的感染会加剧移植受体术后病情的发展。目前医院主要的检测方法为培养法和高通量测序法,培养法假阴性率高,耗时长,而高通量测序技术价格昂贵,所以对于病原体的准确快速检测对降低移植后感染率和病死率有重要意义。本实验旨在建立一种基于荧光定量PCR技术对移植后病原体感染的联合检测方法,并评估此方法的灵敏度、特异性、重复性等。检测移植前后供受体的感染情况,探讨供体来源的感染率,并将本实验中所建立的多联检qPCR方法与培养法和NGS方法进行比较。研究内容:(1)移植相关感染病原体的多联检qPCR方法的建立与评估(2)培养法、多联检qPCR方法和高通量测序方法结果的比较(3)移植术后供体来源的感染情况研究方法:(1)通过文献与临床经验确定24种移植后常见感染病原体,包括细菌、真菌、病毒。在NCBI上查找24种病原体的保守序列,合成含有每种病原体保守序列的标准质粒,通过荧光定量PCR方法建立每种病原体的标准曲线并进行评估。(2)提取四川省人民医院移植ICU科室肾移植供体和受体样本118例核酸,将已经验证好的24种病原体的引物探针进行多联检qPCR反应,并且对每个样本同时进行培养检测和高通量测序。评估来自供体的感染率并对比本研究建立的多联检qPCR方法和高通量测序方法以及培养法检测之间的一致性。结果:(1)24种病原体的标准曲线成功构建,每种病原体的检测下限均为101 copies/μL,相关系数(R2)均在0.99以上,特异性达到94.1%,组内重复性(CV)较好,扩增效率均在正常范围内。(2)在检出率方面,培养法仅检出6例阳性标本,检出率为8.5%。本实验建立的多联检qPCR方法一共检出56个阳性标本,检出率为47.5%。高通量测序方法一共检出42个阳性标本,检出率为36.8%。三种方法一致率为40.6%,培养法和多联检qPCR方法的一致率为56.33%,培养法和高通量测序方法的一致率为69.56%,多联检qPCR方法和高通量测序方法的一致率为64.03%。培养法供体来源感染率(DDI)为9.5%,多联检qPCR方法供体来源感染率为33.3%,高通量测序方法供体来源感染率为28.57%。结论:本实验建立的多联检qPCR方法学灵敏度高、特异性强、耗时短、能较高效的检出移植后常见病原体的感染,可以作为辅助手段同金标准培养法和高通量测序方法一起为临床医生做出感染判断。
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