HIV-1 C亚型的起源和传播与埃塞俄比亚耐药特征分析

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过去二十多年里,HIV-1 C亚型是全球艾滋病病毒1型中流行最广泛的毒株。C亚型毒株传入我国后虽然没有引起广泛的流行,但B/C重组毒株在中国的流行趋势呈逐步扩大化,流行形式趋于复杂化,感染人群呈多样化。抗逆转录病毒治疗作为一种有效的艾滋病预防干预手段,可以显著降低HIV患者死亡率,减少HIV的传播。埃塞俄比亚是非洲第三大国,其国内HIV病毒亚型以C亚型为主,随着抗病毒治疗的范围逐步扩大,抗病毒治疗病毒抑制失败患者的耐药比例增高,公共卫生领域面领着严峻的挑战。同时,埃塞俄比亚作为“一带一路”倡议中的重要合作伙伴,和我国之间的政治、经济、文化和贸易往来日益频繁,艾滋病耐药毒株相互传播的风险也有可能加大。目的:1.通过收集HIV-1 C亚型基因序列数据利用贝叶斯遗传系统动力学分析重建该亚型的起源和流行史,了解其传入我国后的流行特征。2.同时收集埃塞俄比亚抗病毒治疗失败患者感染样本和现场流行病学数据整合分析,了解该国抗病毒治疗失败患者耐药特征和影响因素,为优化调整埃塞俄比亚国内抗病毒治疗方案提供参考依据,也为我国制定防控艾滋病病毒跨境传播公共卫生措施提供科学参考。方法:从洛斯阿拉莫斯HIV序列数据库(HIV Databases)中检索并下载了2020年12月31日之前来自世界各地的HIV-1 C亚型序列,以及A亚型、B亚型、D亚型、CRFs_BC和URFs_BC的序列。同时,收集中国艾滋病性病预防控制中心历年全国HIV监测项目中的CRF07_BC、CRF08_BC和URFs_BC序列。通过质量评估筛选出可用序列,并进行贝叶斯遗传系统进化分析,构建Maximum clade credibility(MCC)进化树,以分析判断HIV-1 C亚型的起源和传播。采用横断面调查,对埃塞俄比亚2017年抗病毒治疗病毒抑制失败(病毒载量≥1000拷贝/毫升)患者进行调查和采集血样,并进行核酸提取和pol基因区扩增和测序。通过斯坦福大学耐药数据库(HIV DRUGRESISTANCEDATABASE)判定基因型耐药情况,包括耐药药物种类、耐药突变类型和耐药程度等,使用SPSS 23.0统计软件进行多因素logistic回归分析对其耐药的影响因素进行统计分析。结果:1.HIV-1 C亚型在1952年左右(95%CI,1939-1961)起源于非洲中部地区,在1969年(95%CI,1960-1970)和1973年(95%CI,1968-1976)分别传入非洲南部和非洲东部,于1977年(95%CI,1975-1985)传入亚洲南部,随后在1986年(95%CI,1985-1989)左右由印度传入中国,C亚型传入巴西的时间在1987年(95%CI,1983-1989)。CRF07_BC和CRF08_BC分别于1988年(95%CI,1986-1991)和1990年(95%CI,1988-1992)起源于中国云南,CRF64_BC起源时间大约在1993年(95%CI,1990-1998),CRF61_BC 2002年(95%CI,1996-2003)和CRF62_BC起源时间则分别为2002年(95%CI,1996-2003)和2000年(95%CI,1997-2004)。2.埃塞俄比亚2017年抗病毒治疗病毒抑制失败患者的耐药率为84.3%(425/504),耐药率处于高流行水平(>15%),NRTIs类药物和NNRTIs类药物耐药程度均以高度耐药为主。耐药率最高的药物为NVP,耐药突变位点出现频率最多的是M184V。多因素logistic回归模型分析结果显示,与耐药存在显著性关联的因素有年龄为18~29岁(AOR=5.34,95%CI:1.75~16.29,P=0.003)、地区为南方民族州(AOR=2.67,95%CI:1.07~6.63,P=0.035)、甘贝拉州(AOR=3.86,95%CI:1.47~10.17,P=0.006)、亚的斯亚贝巴(AOR=2.78,95%CI:1.10~6.98,P=0.030)、治疗前CD4计数200~500个/微升(AOR=7.29,95%CI:1.77~29.96,P=0.006)和治疗前CD4计数<200个/微升(AOR=7.67,95%CI:1.88~31.21,P=0.004),调查时CD4计数200~500个/微升(AOR=2.60,95%CI:1.30~5.22,P=0.007)和调查时CD4计数<200个/微升(AOR=3.08,95%CI:1.40~6.80,P=0.005)。结论:1.我们的结果重建了HIV-1 C亚型的起源和传播历史,它进一步佐证了HIV-1 C亚型的全球大流行。鉴于HIV-1 C亚型对我国B/C重组毒株形成至关重要,我国应针对HIV-1 C亚型的特定流行地理区域和基因特异性制定HIV流行预防控制措施,同时积极防范与我国边境地区接壤的亚洲国家HIV-1 C亚型病毒传入。2.埃塞俄比亚地区抗病毒治疗病毒抑制失败患者耐药率较高。我们的研究显示应加强对18~29岁感染者的干预和监测措施,保证其治疗的依从性,从而提高抗病毒治疗的效果。同时,应重点对CD4细胞计数较低的患者开展耐药监测,减少HIV耐药毒株的产生和传播。
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