【摘 要】
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黄条鰤（Seriola aureovittata）作为一种优质的适宜发展深远海养殖的良种,绘制其高精度基因组图谱,对今后开展深远海规模化养殖和遗传育种研究具有重要意义。本研究结合Pacbio、Illumina和Hi-C技术,组装出Hi-C挂载率99.79%的染色体水平参考基因组,大小为647.04Mb（N50:28.52Mb）。序列一致性和BUSCO评估结果显示基因组具有较高准确性和完整性。同已发
【基金项目】
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国家重点研发计划项目（2018YFD0900301,2019YFD0900900,2018YFD0901204）； 山东省支持青岛海洋科学与技术试点国家实验室重大科技专项（2018SDKJ0303-1）； 中国水产科学研究院创新团队（2020TD19,2020TD47）；
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黄条鰤（Seriola aureovittata）作为一种优质的适宜发展深远海养殖的良种,绘制其高精度基因组图谱,对今后开展深远海规模化养殖和遗传育种研究具有重要意义。本研究结合Pacbio、Illumina和Hi-C技术,组装出Hi-C挂载率99.79%的染色体水平参考基因组,大小为647.04Mb（N50:28.52Mb）。序列一致性和BUSCO评估结果显示基因组具有较高准确性和完整性。同已发表的美国海域黄条鰤基因组相比,Contig和Scaffold片段的连续性有较大提升。结合de novo、同源注释,普通转录组和全长转录组多种注释方法,从基因组中注释到22674个基因,共20568（90.71%）个基因至少比对到一个蛋白数据库。共线性分析发现黄条鰤多条染色体与鲫鱼2号染色体存在较大共线性区块,其祖先种出现染色体断裂重组事件,为鲹形目鱼类染色体进化提供新的见解。黄条鰤同10个近源鱼类比较后,在13个显著扩张（p＜0.05）基因家族中发现了可能发挥其他功能的毒素有关的基因natterin-3-like,在39个显著收缩（p＜0.05）基因家族中发现了与免疫性状相关的nlrc3-like和trim16基因。选择压力分析共得到28个受到正选择压力的基因,其中iyd和sqle基因与生长性状相关。8 ind/m3、10 ind/m3和12 ind/m3养殖密度试验结果表明10 ind/m3组黄条鰤生长状况最为良好。养殖密度转录组数据表明10 ind/m3组基因表达差异明显,同时10 ind/m3组中促进生长的基因gdf10表达上调,抑制生长有关基因grb10、igfbp3和sstr2下调。最后筛选到11个可能对鱼类生长相关基因起潜在调控作用的转录调控因子,为后续研究黄条鰤生长性状相关功能提供参考。
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