本文采用AFLP和SSR两种分子标记技术,研究了跨越不同地理区域的太平洋七鳃鳗种群的遗传差异,揭示了太平洋七鳃鳗的种群结构关系,为太平洋七鳃鳗的种群鉴定和渔业管理提供基础资料。本研究共收集218个太平洋七鳃鳗成体样品,分别来自美国John Day River（JD）,Klamath River（KLA）,Moose River Weir（MRW）, Willamette River（WR）,North Fork Toutle River（NFT）, Rogue River（RR）,Deschutes River（DR）等七个河流和日本的Naka River（NR）河流。 在AFLP技术研究中采用7对选择性引物对太平洋七鳃鳗8个种群进行分析,共检出556个位点,平均每个引物扩增出79.4个的位点,其中多态性位点达到180个（32.4 %）,多态位点比例分布在12.7%-40.5%之间。在SSR技术研究中,5对SSR引物共扩增出17个等位基因,平均的有效等位基因数（Ne）为3.4。各位点的多态信息含量范围0.291-0.763,平均多态信息含量为0.451。在种群杂合度检测中,SSR的检测结果为0.429-0.565,明显高于AFLP的检测结果0.066-0.111,说明SSR技术检测到的变异性明显高于AFLP技术。两种方法的AMOVA分析和成对的遗传分化系数Fst的比较都显示出来自不同地理区域的七鳃鳗种群的遗传变异主要源于群体内的个体间,个体间的遗传分化较大,而群体间的遗传多样性小,存在较大的基因流动。同时,运用Structure软件将8个种群分为6个类群,结果每个群体在不同的组里所占比例明显不同,说明群体间有频繁的杂交与基因渗透。利用AFLP和SSR两种分子标记获得太平洋七鳃鳗8个不同地理群体之间的Nei’s遗传距离,并根据遗传距离构建NJ聚类树。两种方法的聚类结果基本一致:日本（NR）、阿拉斯加（MRW）两个种群与其它太平洋东北部种群的分歧最为明显;而位于哥伦比亚河流域附近的太平洋东北部六个群体中,除WR和NFT两个群体有明显聚类外,RR、KLA和JD三个种群的聚类也比较稳定。通过AFLP和SSR两种技术所获得遗传多样性的相关数据显示,太平洋七鳃鳗种群结构很难用单一的群体结构模式来描述,这就需要我们收集更多更好的数据来了解太平洋七鳃鳗种群状况、遗传变异、以及其迁移习性。