中外猪种在生长速度和肉质性状方面存在很大差异,国外猪种如大约克猪具有生长速度快、饲料利用率高、瘦肉率高的优点,缺点是肉质差,适应性差;中国地方品种猪如皖南花猪具有适应性强、耐粗饲、肉质好的优点,缺点是生长速度慢、瘦肉率低。本试验以皖南花猪和大约克猪的背最长肌为研究对象,探索不同品种猪肉质性状产生差异的分子机制。采用高通量转录组测序(RNA-seq)技术筛选出皖南花猪和大约克猪背最长肌组织差异表达基因;利用DAVID数据库对差异基因进行GO功能注释和pathway通路分析;利用荧光定量PCR方法对筛选到的12个差异基因进行验证。本研究的主要结果如下:(1)RNA-seq测序结果显示,皖南花猪3个样本得到的总Reads数分别为65 584126,64 327 738和59 244 502,其中Clean reads达到94.4%、94.3%和94.2%。大约克猪3个样本得到的总reads数分别为57 969 134,68 254 168和72 298 142,其中Clean reads达到93.8%、93.7%和93.8%。表明测序饱和度良好,测序数据真实可靠。(2)对测序数据进行分析,筛选到347个差异基因,其中94个为上调基因,253个为下调基因。(3)GO功能富集得到分类条目有487个。其中细胞组分相关的差异基因数量为62个,所占比例为12.7%;分子功能相关的差异基因数量为116个,所占比例为23.9%;生物过程相关的差异基因数量为309个,所占比例为63.4%。GO分析表明在皖南花猪和大约克猪背最长肌中上调表达的差异基因主要显著性富集在葡萄糖代谢过程、糖酵解、肌肉收缩过程以及肌肉器官发育过程等;在皖南花猪和大约克猪背最长肌中下调表达的差异基因主要显著性富集在肌肉收缩、肌原纤维蛋白、细胞骨架蛋白结合、脂肪酸代谢过程、脂质代谢过程、线粒体基质、ATP代谢过程等。(4)KEGG数据库注释的差异表达基因有6620个,Pathway显著性富集分析发现这些基因参与了146条生物学代谢通路,其中有22条存在显著性富集(P<0.01)。参与脂肪代谢途径的差异基因数目最多(37个),主要包括脂肪酸代谢、PPAR信号通路、丙酸代谢、脂肪酸生物合成、脂肪细胞因子信号转导通路、脂肪酸伸长率和不饱和脂肪酸生物合成等信号通路。(5)从筛选出的与肉质性状有关的差异基因中随机挑选12个差异表达基因,其中上调基因为SLC37A4、GPI、AK1;下调基因为FABP3、CAST、AMPD3、CSRP3、PDK4、PFKL、PRKG1、CPT1B、以及ACTN2。通过qRT-PCR试验进行验证,结果表明qRT-PCR试验验证的差异基因其表达水平与RNA-seq测序得到的差异基因的表达水平相一致,表明RNA-seq测序的结果准确,可靠有效。综上,本研究获得了猪背最长肌组织基因表达谱,筛选出了一些与肉质性状和生长性状有关的候选基因,为后续进一步研究中外猪种肉质性状差异的分子机理和挖掘与肉质性状相关的候选基因等提供了理论依据。