水牛瘤胃未培养微生物宏基因组文库的构建及纤维素酶基因的克隆和鉴定

来源 :广西大学 | 被引量 : 4次 | 上传用户:wenlingqiang6268047
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本工作分6次从30个水牛瘤胃内容物中提取了未培养微生物的总DNA,用含2%酸洗PVPP的Sephadex G200凝胶层析纯化DNA后,再用电洗脱法纯化并回收30~50kb的。DNA片段。把回收片段末端修复后,以柯斯质粒pWEB∷TNC为载体构建了6个宏基因组文库,获得1.26×10~5个克隆,随机提取其中15克隆的质粒并用BamHI进行酶切分析,结果显示所有质粒都含有酶切带型不相同的外源片段,说明文库克隆的外源DNA片段随机性比较大。提取的质粒外源片段最大的为48.0kb,最小的20.5kb,平均大小为38.2kb,推测文库含外源DNA的总长度约为4.8×10~6kb。利用活性筛选法从中共筛选获得6个仅表达4-MUCase活性的克隆、22个表达内切葡聚糖酶活性的克隆及118个表达β-葡萄糖苷酶活性的克隆。本工作对2个只表达4-MUCase活性的克隆pCGE04和pCGE06进行了亚克隆和测序分析,发现2个纤维素酶基因umce/5P和umce/5Q,它们编码的产物均属于糖苷水解酶家族5的成员。umce/5P的ORF长999bp,可编码一个含332个氨基酸残基的内切葡聚糖酶,该酶与一个来自于未培养细菌(uncultured bacterium)的内切葡聚糖酶(GenBank索引号:ABA02176.1)的同源性最高,具有53%的一致性和68%的相似性。umce/5Q的ORF长1,331bp,可编码一个含386个氨基酸残基的内切葡聚糖酶,该酶与来自于反刍瘤胃亚菌(Prevotella ruminicola)的一个糖基水解酶家族5的纤维素酶(GenBank索引号:BAA74515.1)的同源性最高,具有75%的一致性和84%的相似性。将118个表达β-葡萄糖苷酶活性的独立克隆在pH5.0、37℃条件下培养,发现其中8个克隆表达的β-葡萄糖苷酶活性较强。对其中一个克隆进行了亚克隆,序列分析发现一个2223bp的潜在的编码β-葡萄糖苷酶基因(umce/3G)的开放阅读框(ORF),其编码产物的氨基酸序列与来自于芽孢杆菌(Bacillus sp.)的一个β-葡萄糖苷酶(GenBank索引号:BAA36161)同源性最高,具有60%的一致性和73%的相似性。该ORF在E.coli中的表达产物Umcel 3G的分子量与预测大小相似,酶谱分析表明该表达产物具有β-葡萄糖苷酶活性,证实该基因为一个β-葡萄糖苷酶基因。测定了用Ni-NTA纯化的Umcel 3G的酶学特性,其最适pH和最适温度分别为6.0~6.5和45℃。以pNPG为底物,在最适条件下,测得该酶的比活力为35.4 lU/mg。一些金属离子对Umcel 3G的活性影响非常大,例如Ca2+可以显著提高其酶活,而Fe3+、Cu2+、Fe2+则几乎完全抑制该酶的活性。
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