20世纪以来，理论界对内部控制的研究及内部控制在企业中的应用都表明:内部控制在提升组织效率、降低组织风险、保护资产安全以及确保遵循法律法规等方面能够起到十分重要的作用。但是内部控制在公立医院中的应用却远落后于企业，我国的医疗改革已经进行了二十多年，但是“看病难、看病贵”的现象仍然存在，构建完善的内部控制体系，可以有效提高公立医院的管理水平，控制成本、提升服务质量。此外，国务院2009年4月6日发布的《关于深化医药卫生体制改革的意见》推动了的公立医院改革，促使公立医院更加面向市场，而实施内部控制降低市场风险就显得更加迫在眉睫。　　 本文首先对国内外公立医院内部控制相关文献进行梳理和综述，为进一步研究我国公立医院内部控制提供支持，并界定公立医院及其内部控制的内涵、分析两者特殊性，阐述研究的理论基础——内部控制理论、博弈理论和复杂适应系统理论;然后通过调研分析我国公立医院内部控制存在的问题，运用博弈理论分析其成因，为论文的研究提供方向;接着从构成主体、特征及核心思想的角度得出公立医院是一个复杂适应系统，构建公立医院复杂适应系统模型，并从风险角度分析内部控制的必要性;随后构建了以复杂适应系统为理论指导，以兼顾社会效益和经济效益为目标，以利益相关者的协同利益为基础，以风险控制为核心，以流程控制为重要控制方法的我国公立医院内部控制结构体系并选取公立医院的预算控制、收入控制、固定资产控制和工程项目控制四项复杂业务进行风险识别、风险应对和流程重构。在此基础上，针对我国公立医院内部控制现存问题，提出发挥政府监管职能、明确职能部门定位、鼓励外部信息使用者监督的对策和建议。本论文最终得出结论:首先，运用博弈理论分析我国公立医院内部控制现存问题得出，政府监管部门无法实现最佳监管效果源于奖惩力度不强和监督成本过高，公立医院内部控制执行力不强并非源自于各个职能部门的不合作，而是源于职能部门倾向于保持较高的合作意向，公立医院与外部信息使用者信息不对称，这种不对称的现状纵容了公立医院将内部控制保持在较低的水平，更降低了公立医院披露内部控制信息的意愿;其次，从构成主体、特征及核心思想的角度分析，公立医院是一个复杂适应系统，内部控制可以有效应对系统内复杂的风险;第三，公立医院利益相关者的协同利益是提升公立医院的服务质量、促进公立医院健康发展，只有以该协同利益为基础所构建的内部控制体系，才能够真正推动公立医院的发展。