黄芪具有多种生物活性成分，尤其是黄芪多糖对免疫、心血管及内分泌系统等有多种药理学活性作用。微生物发酵是中药生物转化的主要方法之一，也是中药新药研制和开发的新途径。实验室前期建立了益生菌体外发酵黄芪和转化多糖的新技术，具有显著改善黄芪发酵产物中多糖水平的效果，但其发酵机理尚不清楚。本研究利用PCR技术，分析了菌种的种属分类，筛选发酵中药菌种的相关酶，并利用荧光定量PCR进行酶表达评估，旨在为阐述发酵黄芪、转化有效成分多糖的机理提供科学依据。（1）利用16S rDNA序列分析方法对发酵黄芪、高效转化有效成分多糖的株菌在分子水平上进行了分类学鉴定，并结合细菌形态学观察和生化特性进行了综合分析，结果表明，发酵黄芪的有效菌株具有链球菌属的特性。（2）采用iCODEHOP简并引物设计法，结合Touchdown PCR扩增技术，从发酵菌株中成功克隆出了具有内切葡聚糖酶和通透酶基因的同源片段，这为发酵菌种功能酶的分析奠定了基础。（3）通过发酵罐放大试验，分析了中和剂、接种量、pH值等因素对菌种发酵性能的影响，结果显示，在厌氧条件下，以碳酸钠为中和剂，pH值保持7.4，接种量4％，37℃恒温发酵，不通气，产物中多糖水平更为稳定。（4）以16S rRNA为内参基因，采用实时定量PCR技术，分析了发酵过程中，0，2，4，6，8，10，12和36h菌株糖代谢途径中葡萄糖激酶（gk）和磷酸甘油激酶（pgk）基因表达的变化。结果表明，在发酵6h时两种酶基因的表达量最高，黄芪发酵6h之后葡萄糖代谢率呈下降趋势,而6h之前呈上升趋势。从转录水平揭示了不同的发酵阶段菌体的糖代谢水平的变化规律，为研究菌株发酵转化多糖的机理提供了依据。