棘头梅童鱼是我国东海地区非常重要的经济鱼类。近几年来棘头梅童鱼的人工养殖正在国内逐步兴起,而到目前为止对于该物种的研究依然大多都在群体遗传方面,基因组学进化方面的研究还很少。本论文基于高通量DNA测序技术完成了对棘头梅童鱼的基因组测序、组装和注释,并选取了鲈形目的其他四个物种进行比较与进化分析,提取了棘头梅童鱼生长性状相关的基因,为棘头梅童鱼的人工育种提供新的思路。研究内容如下:1.棘头梅童鱼基因组组装注释本研究对来自东海的野生棘头梅童鱼样本进行了从头测序和组装,得到了大小为672Mb的基因组,Contig和Scaffold的N50分别为12kb和663kb。通过测序短序列回贴到基因组上检测组装质量,有98.59%的短序列片段可以回贴上去,用BUSCO评估基因组质量为90.9%。对基因组进行注释,重复序列注释可知棘头梅童鱼基因组中包含大约19.02%的重复序列。用基于从头预测和同源性预测的方法对棘头梅童鱼进行基因注释,共注释得到基因28601个,平均CDS长度为1371,BUSCO进行注释评估为85.3%。野生棘头梅童鱼中存在的高杂合度影响了基因组的组装及注释质量。2.进化分析对棘头梅童鱼、大黄鱼、小黄鱼、鮸鱼、欧洲鲈进行了基因家族聚类,共得到基因家族19471个,分析了棘头梅童鱼的基因家族扩张收缩情况,有88个基因家族显著扩张,219个基因家族显著收缩。从聚类得到的基因家族中鉴别出了直系同源基因家族7403个,用于对五个物种的系统发育分析和分歧时间计算。系统发育树符合目前分类学的情况,从分歧时间上看棘头梅童鱼和黄鱼属的共同祖先约于67百万年前到43百万年前分化出了黄鱼属的共同祖先和棘头梅童鱼的祖先。3.生长相关基因基于棘头梅童鱼功能注释找出单拷贝同源基因中和生长相关的243基因并进行聚类关系研究,找出其中可以将大鱼组和小鱼组区分开的6个基因,认为其与生长性状体型相关。这将有助于我们进一步研究棘头梅童鱼的生长性状相关基因。本研究完成了棘头梅童鱼的基因组组装注释,可为棘头梅童鱼的后续研究提供参考,研究了棘头梅童鱼在石首鱼科中特别是和黄鱼属的进化关系,并挖掘了生长性状相关基因可为未来棘头梅童鱼的基因工程育种提供可参考的候选基因。