某三甲医院2019-2021年CRE的碳青霉烯酶检测和同源性分析

来源 :遵义医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xubin761
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目的:1、通过研究该院2019年6月至2021年6月的无菌体液标本中检出的耐碳青霉烯类肠杆菌科细菌(Carbapenem-Resistant Enterobacterales,CRE)携带的碳青霉烯酶及其耐药情况,分析其同源性,为该院感防控及临床合理用药提供参考依据,预防及减少CRE的产生。2、以聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)测序为标准,比较碳青霉烯酶抑制剂增强试验和胶体金免疫层析试验的符合率,为实验室选择检测碳青霉烯酶的方法提供参考依据。3、比较多位点序列分型(Mμltilocus Sequence Typing,MLST)和全基因组多位点序列分型(whole genome Mμltilocus Sequence Typing,wg MLST)两种方法的差异,为实验室选择分析细菌同源性方法提供参考依据。方法:1、收集2019年6月至2021年6月该院门诊及住院患者无菌体液中的CRE菌株。2、使用VITEK-2全自动细菌鉴定药敏仪进行细菌鉴定及药敏试验,micro Typer MS质谱仪进行细菌鉴定复核,K-B法或MIC法复核药敏结果。3、碳青霉烯酶抑制剂增强试验检测CRE携带碳青霉烯酶表型、胶体金免疫层析法和PCR测序方法检测CRE携带碳青霉烯酶基因型。4、脉冲场凝胶电泳(Pμlsed Field Gel Electrophoresis,PFGE)、多位点序列分型(MLST)、全基因组多位点序列分型(wg MLST)检测CRKP的同源性。结果:1、菌株分布:2019年6月至2021年6月无菌体液标本中收集CRE菌株共111株;检出最多的是CRKP(91株,82.0%),其次为CREC(12株,10.8%);CRE的总体检出率为(111/19724,0.56%),其中检出率最高的为腹水(29/2379,1.22%),检出最低的为脑脊液(4/2147,0.19%);CRE检出率最高的科室为ICU(24/712,3.37%),最低的为儿内科(1/2341,0.04%)。2、药敏结果:CRE对临床常用抗生素普遍耐药,对头孢他啶和哌拉西林/他唑巴坦的耐药率甚至高达100%。CRKP对复方新诺明、米诺环素的耐药率相对较低,分别为75.8%、83.5%;耐碳青霉烯类大肠埃希菌(Carbapenem-Resistant Escherichia coli,CREC)对阿米卡星、妥布霉素、米诺环素、氨曲南耐药率相对较低,分别为8.3%、41.7%、58.3%、83.3%。所有菌株都对替加环素敏感,仅有4株(4.4%)CRKP对多粘菌素耐药,其余CRE菌株尚未发现对多粘菌素耐药。3、碳青霉烯抑制剂增强试验结果:94株(84.7%)CRE菌株携带丝氨酸酶,14株(12.6%)携带金属酶,同时产丝氨酸酶和金属酶的有2株,既不产丝氨酸酶也不产金属酶有1株。4、胶体金免疫层析试验结果:94株(84.7%)CRE携带KPC碳青霉烯酶,12株(10.8%)携带NDM碳青霉烯酶,1株携带IMP碳青霉烯酶,1株同时携带IMP和NDM碳青霉烯酶,3株为阴性。5、碳青霉烯酶基因PCR扩增测序结果:110株(99.1%)CRE携带碳青霉烯酶,其中94株(84.7%)携带KPC碳青霉烯酶,13株(11.7%)携带NDM碳青霉烯酶,同时携带KPC和NDM碳青霉烯酶的有3株(2.7%),阴性菌株1株(0.9%)。6、碳青霉烯酶抑制剂增强试验、胶体金免疫层析试验和PCR测序结果对比:碳青霉烯酶抑制剂增强试验与PCR测序结果对比:携带丝氨酸酶的菌株的符合率为(93/94,98.9%),携带金属酶的菌株符合率为(13/14,92.9%),携带丝氨酸酶和金属酶两种酶的菌株,符合率为(2/2,100%),总体符合率为(108/111,97.3%)。胶体金免疫层析试验与PCR测序结果对比:携带KPC的菌株的符合率为(93/94,100%),携带NDM的菌株符合率为(12/12,100%),携带KPC和NDM双酶的菌株符合率为(0/3,0%),总体符合率为(105/111,94.6%)。7、脉冲场凝胶电泳(PFGE):91株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌可分为A-O 15个型,其中A型菌株最多,为2019年到2021整个研究阶段在绝大多数科室流行的菌株;B型次之,为2020年11月到2021年1月在部分科室短暂流行的型别。部分不同科室不同患者检测出相似度为100%的同种菌株。8、多位点序列分型(MLST)结果:91株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)共有6个ST型,分别为ST11、ST15、ST37、ST340、ST437、ST668,其中以ST11型为主(92.3%)。9、全基因组多位点序列分型(wg MLST)结果:wg MLST结果和MLST结果完全一致。结论:1、以PCR结果为准,本次研究111例CRE菌株中99.1%(110/111株)携带碳青霉烯酶,其中CRKP主要携带KPC碳青霉烯酶,CREC主要携带NDM碳青霉烯酶。91株CRKP分型以ST11型为主,菌株间同源性较高,存在克隆性传播,应注意院感防控。2、碳青霉烯酶抑制剂增强试验和胶体金免疫层析试验与PCR的符合率均较高。临床可以使用碳青霉烯酶抑制剂增强试验联合胶体金试验检测碳青霉烯酶。3、MLST方法和wg MLST方法结果完全一致。两种方法均适用,实验室可根据自身情况选择。
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