鸽痘病毒的分离鉴定及其全基因组分析

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鸽痘是由鸽痘病毒(Pigeonpox virus,PGPV)引起的一种具有较强传染性的病毒性疾病,发病症状为体表皮肤、眼睑边缘、口腔黏膜、脚爪等部位出现痘疹。2020年7月下旬,本实验室对陕西西安地区的赛鸽公棚开展了流行病学调查,发现各个赛鸽公棚均存在疑似感染PGPV的鸽子,造成了严重的经济损失。本研究从陕西省西安市某赛鸽公棚采集疑似感染PGPV鸽子的体表皮肤病变组织,通过接种11日龄SPF鸡胚绒毛尿囊膜分离病毒,并通过动物致病性试验、病理组织学观察、病毒液电镜观察、血凝试验一系列鉴定方法进行了验证,结果均符合PGPV生物学特性。运用PCR技术扩增该PGPV分离株的P4b基因,经测序验证后进行遗传进化分析,结果显示该PGPV分离株属于A2亚群,命名为PGPV/SX-20。通过接种鸡胚测得PGPV/SX-20分离株鸡胚半数感染量(EID50)为10-5.5/0.2 m L;通过接种鸽子测得PGPV/SX-20分离株最小感染量为10-3.5/0.2 m L;通过动物致病性试验发现,PGPV/SX-20分离株接种鸽子后最早1周开始发病,眼睑出现痘疹,接种雏鸡后持续观察30天未见明显临床症状。通过高通量Illumina测序技术获得了PGPV/SX-20的基因组序列,全长282182 bp,GC含量为29.5%。将PGPV/SX-20基因组序列与六种禽痘病毒基因组序列比较,发现其与南非PGPV毒株Fe P2基因组序列相似性最高。根据PGPV/SX-20基因组序列与virus-NT数据库进行BLAST(V2.10.0+)比对,确定进化关系最近的候选参考序列,结合候选序列,使用Prokka(V1.14.5)配套软件进行基因功能注释,识别了268个基因,预测编码268个蛋白,根据这些预测的编码蛋白特点对其相对应的基因进行功能分析。通过将PGPV/SX-20基因组序列与REV(NC_006934.1)基因组进行核苷酸序列一致性比较,发现PGPV/SX-20基因组未整合有REV基因组片段。综上所述,本研究通过对西安某赛鸽公棚PGPV发病鸽进行PGPV的分离与鉴定、全基因组测序,为PGPV相关的流行病学调查、弱毒疫苗研发、抗原性分析、活病毒载体的开发等研究提供了相应的科学依据。
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