酵母基因内含子中转录正调控位点的统计性质

来源 :云南大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:guofeng1988
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真核基因转录调控的过程中转录因子是一个关键因素,转录因子要充分发挥作用有赖于基因中的顺式作用元件.实验研究结果显示顺式作用元件不仅存在于基因的5′上游,某些内含子序列也起着启动子(promoter)和增强子(enhancer)的作用.对酵母基因组中转录效率较高和转录效率较低的基因内含子序列的理论研究表明一些寡核苷酸在这两组转录效率不同的基因内含子中出现的频率有显著差异,而且高效转录基囚内含子中含有较多潜在的转录囚子结合位点.为了进一步获得加快或抑制酵母基因转录效率的内含子序列信息,该文采用多种统计方法探测了酵母基囚内含子中潜在的转录囚子结合位点,并对其分布情况进行了统计分析.首先以酵母基因组非编码区中寡核苷酸的出现频率为基础,使用期望频率法分析转录频率较高的酵母基因内含子序列的寡核苷酸使用情况,抽提出一批过表达的寡核苷酸.对抽取出的寡核苷酸和它们在每个高效转录基囚内含子序列中重叠、连接后形成的长寡核苷酸序列片段进行分析,并与其它方法获得的结果相比较.其次观察实验获得的转录调控位点,发现许多调控位点不是连续的寡核苷酸,而是由一对保守寡核苷酸构成,这对寡核苷酸被一段长度固定的非保守区域间隔开.于是对此形式的二聚体寡核苷酸(dyad)在高效和低效内含子序列中出现的频率进行统计比较分析,抽提出在高效内含子组出现的频率显著高于在低效内含子组出现频率的二聚体寡核苷酸,同时分析这些二聚体寡核苷酸在两组内含子序列中的分布情况.对比实验获得的转录因子结合位点和其它方法的结果,抽提到的寡核苷酸和二聚体寡核苷酸可能与基因转录的正调控有关,是潜在的转录因子结合位点.最后将提取的五核苷酸分成 三类后,分别采用R-scan分析法分析这些五核苷酸在高效转录内含子组所包含的68个核糖体蛋白基因内含子序列中和低效转录内含子序列中的分布特征,结果表明在两组序列中提取的五核苷酸的分布存在差异,在核糖体蛋白基囚内含子序列中探测到了较多的显著聚类,而在低效转录内含子序列中仅发现两个显著聚类.这些差异似乎也提示抽取的潜在转录因子结合位点在核糖体蛋白基因内含子序列中呈现出较多显著聚类分布的现象可能与转录因子的协同作用有关.当然要证实这些推测还需要生物实验的进一步验证.
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