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回顾科学史在上个世纪的发展历程，人们首先就会想起两个人：乔治·萨顿和亚历山大·柯瓦雷。正是乔治·萨顿在学科建设上的不懈努力，促使科学史成为一门独立的学科，而亚历山大·柯瓦雷则为这门新兴的学科开创了一个卓有成效的研究传统——科学思想史的传统。可以说，正是科学思想史的研究使科学史走向了成熟，为它在人文学科的殿堂中赢得了一席之地。
亚历山大·柯瓦雷于1892年8月29日出生在俄罗斯的塔冈罗格，1964年4月28日病逝于法国巴黎。他先是在哥廷根学习数学和哲学，受教于希尔伯特和胡塞尔；而后又去了巴黎，随柏格森和布伦希维奇等人研究哲学。自1922年，他任教于法国的高等研究实用学院，并于1930年出任研究主任，直到逝世。他博闻强记，谙熟于原始文献。据听过他课的学生回忆，上课时他常常凭记忆大段引用原始文献，给人感觉真是信手拈来。
柯瓦雷的研究对象最初是宗教思想史，随后转向哲学思想史，最后落脚于科学思想史。从他的研究伊始，他便相信人类思想的统一性，认为哲学思想和宗教思想总是相互渗透，不可分离；而后在19世纪30年代初，在他研究16、17世纪哲学史的过程中，他开始考虑哥白尼的《天球运行论》对当时的哲学和宗教的影响，认识到要深入理解中世纪和近代思想，对科学思想的考察是不可或缺的，从此转向了科学思想史的研究。
柯瓦雷研究工作的中心是17世纪的科学革命。他把所研究的著作置于当时的思想和精神氛围之中，考察其作者为什么会这样想，以及这样想是否有它自身的合理性，而不是用现代科学的标准来简单地划出对错，以求把握住科学思想发展的原貌。在他看来，17世纪科学革命的关键是宇宙的解体和空间的几何化。人们不再把世界看作一个有限的、封闭的和等级有序的整体，而同时，空间却被等同于欧几里得几何的空间，在各个方向上都是无限的空间观念正在兴起，并为人们逐渐接受。这场革命意义深远，它不仅动摇了人们思想的内容，而且还改变了人们的思想框架。柯瓦雷的四部主要著作，《伽利略研究》（1939年）、《从封闭世界到无限宇宙》（1957年）、《天文学革命》（1961年）和《牛顿研究》（1965年）都是关于17世纪科学革命的历史叙事，它们从不同的层次和角度共同描绘了17世纪科学革命的全貌。
其中《从封闭世界到无限宇宙》尤为精炼，它着重勾勒出了17世纪科学革命的主线，即天球的破碎和宇宙无限化的过程。在这一过程中，起初的由天球层层相套构成的宇宙（cosmos），也就是有限的、封闭的和等级有序的宇宙整体被打碎，而被代之以一个无限的、各向同性的和几何化的宇宙(universe)。在由天球构成的宇宙中，价值的等级决定了存在的秩序和结构，比如从不完美的地球到更完美的星辰，再到神圣的天球的不断上升的结构，这样的思想中暗涵了对价值的判断；而在一个无限的、几何化宇宙中，有着某些普遍的基本规律，在它之中的存在者都受这些规律的约束，没有了等级的区分，这就意味着在科学思想中放弃了基于价值观念的考虑，比如完美与和谐、意义和目的等，最终会导致价值世界与事实世界相分离，使存在与价值变得毫无关系。
柯瓦雷认为，在价值和事实分离的过程中，问题的关键是上帝的角色发生了转变。在当时一个类似于机械钟的世界中，存在着两位可能的上帝的角色，一位是工作日的上帝，另一位是安息日的上帝。所谓工作日的上帝，既牛顿描绘的上帝，他需要不断地修理和启动世界这个大钟，防止它陷入混乱或者停摆。因为世界并不是一架完美的机械装置，只要依靠自己固有的法则就可以永恒地运转，而不再需要上帝的干预；恰恰相反，上帝是这个世界的最高统治者，他可以随心所欲地颁布和修改法令，规定和干预这个世界的运转，甚至于创造出完全不同的世界来。上帝是自由的，他可以做任何他想做的事情，比如创造奇迹。上帝通过他的工作在这个世界上显示自己，警醒世人，并赐福给他们。
而安息日的上帝，也就是莱布尼茨描绘的上帝，则是在完成了创世的工作之后，就不再干预世界，让世界自己运行下去。因为莱布尼茨的世界是一架完美的机械钟，被赋予了恒定的能量，它一旦被创造出来，就可以自己永恒地运行下去。莱布尼茨对上帝的描绘与他所提出的充足理由律有着直接的关系。依照其充足理由律，所有发生的事实都有一个为什么是这样而不是那样的理由，当然这些理由常常不能被人所知晓，但为全智的上帝所知晓。莱布尼茨由充足理由律出发，认定现存的世界是全善的上帝所可能创造的世界中最好的一个，所以上帝在创造之后就不再干预世界。而且，上帝就是充足理由律的人格化，他是最高的理性存在，不会做任何没有理由的事情。他一开始就制定了最好的法则，连他自己也不会违反。
在柯瓦雷看来，到了18世纪末，牛顿科学就已经全面获胜，不过在这场关于上帝的争论中，却是莱布尼茨的上帝慢慢地占了上风。随着牛顿科学的进展，世界之钟不再需要启动，也不再需要维护，按照必然的规律永恒地运转着，牛顿的上帝变得无所事事。以至于到了拉普拉斯所描绘的宇宙中，已经不再需要上帝这个假设了。然而上帝的无所事事，并没有像莱布尼茨所设想的那样，表明了上帝的全智和全善，体现了绝对的目的性，恰恰相反，正如牛顿的辩护士，萨缪尔·克拉克所担忧的那样，由于承认世界是一个不需要上帝干预的完美机制，上帝被排除于世界之外，剥夺了他对世界的统治；再进一步，人们就会假定没有最初的造物主，而只有永恒的自然。随着上帝的退场和缺席，目的性没有了真正的保證，完美与和谐、意义和目的等价值也随之消亡。
上帝的退场和缺席，对于整个西方世界而言，其影响是全面而深远的。就如尼采所忧心的那样，“随着对基督教上帝的信仰已被摧毁，那么，以这种信仰为基础并赖以存在和发展的那些东西也要随之坍塌，例如全部欧洲人的道德，这引起了巨大的、连续性的崩溃、毁灭和倾覆，推倒了我们面前所矗立的一切”。尼采体会着在天球破碎、宇宙无限和上帝缺席后人的处境，哀叹地球在无边无际的虚空中不知飘向何处，没有了作为“看护者”的上帝，人已经成为风中飘零的一叶；爱已经死亡，而世界一如既往无声无息地运行着，只用它那甚至更加闪烁、寒冷和无情的星星看着人。尼采假托“狂人”之口责问：“上帝死了！上帝真的死了！是我们杀害了他，……你和我，我们都是凶手！……我们是如何犯下这件案子的呢？”
对于上帝之死这一案件，柯瓦雷的思想史分析已经理清了最主要的线索，阐明了观念变革的结点，然而像这样一个涉及范围宽广的跨国谋杀案，由于历史状况在不同国家有较大的区别，其犯罪手法和活动方式也大不一样，那么对此要作更深入的调查就不得不考虑各国具体的社会、经济和政治状况。当然，柯瓦雷本人可能会认为已经可以结案了。在他看来，科学史的调查应该关注于观念的内在更替，而避免对科学发展作文化和社会的解释。他认为后者并不重要。不过，科学和宗教是否可以被看作独立的思想实体，可以从人类的社会处境中抽取出来，只考察它们之间观念性的关系，而不考虑它们在不同社会中的使用，实在是值得怀疑的做法。
在欧洲大陆，尤其在法国，柯瓦雷所描述的演变过程来得迅疾而又猛烈。这一方面是因为笛卡儿和莱布尼茨在欧洲大陆的哲学影响根深蒂固，另一方面则由于法国的启蒙运动首先是以宗教为敌手的。在18世纪的法国，教权主义与封建君主制相互帮衬，教士阶层帮助君主巩固政权和统治，而君主又通过他的政治专制给教会以特权。在这里，没有对宗教信仰的宽容，而更多的是罗马天主教对其他信仰的压迫。启蒙哲学家，比如像伏尔泰，都热衷于普及牛顿科学，把科学作为一种可以与宗教相抗衡的思想力量，分别给科学和宗教贴上“理性”与“迷信”的标签，让它们对立起来，相互斗争。牛顿科学成为对社会政治状况极为不满的启蒙思想家反教会的一件利器，但是，牛顿的上帝却没有被他们所接受，因为他们实在很厌恶上帝对这个世界的干预，及其背后所隐含的社会意义。伏尔泰就选择了莱布尼茨的上帝，认为上帝只是宇宙的第一推动者和自然规律的制定者，在创世之后，就不再干预。伏尔泰做了一位理神论者，而狄德罗则走得更远，他干脆抛弃了对上帝存在的设计论证明，成了一位彻底的无神论者。
自启蒙运动以来，理神论、无神论、决定论、进步观等种种思潮纷至沓来，而大革命则更是给了教会的统治和权威致命一擊。上帝的退场有着社会思潮和变革的种种助力，已是大势所趋。所以当拿破仑问拉普拉斯，上帝在他所著的《宇宙体系论》中的作用，他敢直截了当地回答说：“陛下，我不需要这种假设。”其实，在大革命之后，法国科学家若支持自然神学的论证，很难不会被人怀疑是旧制度的支持者，那才会有更严重的后果。
然而在英国，情况却大不相同。早在1688年的光荣革命，就消灭了专制的王权，奠定了君主立宪制的基础，从此国王必须通过议会来实施统治。1689年颁布的“宽容法案”，则保障了一个比较宽松的宗教环境，虽然非国教徒仍然受到歧视，但他们已经有了信仰的自由。此后，英国知识界中的大部分人对社会的整体状况还是比较满意的，他们并不认为有推翻宗教的必要，反而认为宗教对保持社会的稳定与和谐至关重要。圣公会依旧保持着在思想界的统治地位，并且在世俗事务上有着巨大的影响力。而且，许多科学家都以牧师作为职业，在他们看来科学并不与宗教相冲突，恰恰相反，科学可以被作为神学教导的手段，用它发现自然中的证据从而证明上帝的全智全能。牛顿的科学和哲学在英格兰的普及在一定程度上就要归功于这些国教会牧师的布道。英国国教接受了牛顿的上帝，而科学也在自然神学中找到了自身的位置。
从牛顿开始，依赖经验的自然神学就在英国得到了充分的发展，而科学也是在自然神学的温床中成长，因此在整个18世纪，一直到19世纪中叶，在英国人的世界里牛顿的上帝一直存在着，并不时地显现和发挥作用。当拉普拉斯宣告不再需要上帝的时候，英国人才刚刚把他们传统的自然神学发挥到极致。1802年，圣公会的牧师威廉·佩利发表了《自然神学》一书，全面总结了18世纪以来设计论的证明。其核心意思是讲，科学发现宇宙是如此精妙地组合起来的结构，比如像钟表和眼睛，那么它一定只能是某个神圣的设计师有意做成的，这个神圣的设计师就是上帝。上帝设计和安排了宇宙中的一切，并时时刻刻、在每一个细节上使之按照自己的目的运转着。例如，人的眼睛是如此的精巧，它必然是上帝为了人的视觉而设计出来的。
在这段时期里，英国人的世界也并不是柯瓦雷所描绘的那种无限宇宙，永恒的物质在永恒的空间中按照永恒的、必然的规律永不停息地、无目的地运动着；而是物质微粒在无限的空间中按照某种经验规则的方式运动，这种运动是由上帝发动的，依照上帝安排的某种规则的方式，这其中总隐藏着上帝的意旨。科学发现了自然中有条不紊的秩序，证明了创造这种奇迹的造物主的存在；同样，社会也是上帝的杰作，在社会中所有等级的人都应该安分守己，和谐共存，在理性的驾驭下生活，听从上帝的安排。尤其在法国大革命爆发后，接踵而来的革命暴力和拿破仑专权击碎了那些企求变革的英国知识分子的梦幻，而被吓坏了的英国统治阶级则更是变本加厉，采取高压手段，压制自由思想和舆论，一时间，保守势力纷纷回潮，宗教思想则更受青睐和倚重，自然神学被用于论证当前社会秩序的合理性，说它既符合自然秩序，也符合上帝的道德法则。当时的知识界就像哈代后来所讽刺的那样，“为别人谋求幸福而进教会，为个人争取地位而求知识”。
正是由于英国人秉承牛顿的上帝观，其科学也一直在自然神学的背景中发展，所以在英国人的科学思想中对上帝的考虑在持续地发挥着作用，并且在科学争论中具有一定的说服力。只有到了19世纪30年代，工业革命基本完成，中产阶级初步赢得政治权力，成为社会的中坚力量，开始通过职业科学家与国教教士争夺文化霸权，自然神学才日渐式微。等到1859年达尔文发表《物种起源》，原来的上帝观念最终彻底被打破，上帝从整个自然中被驱逐出去，代之以永恒的、必然的规律。可以说，从封闭世界到无限宇宙的历史过程，在英国并不是当牛顿科学全面获胜时就完成了，而是在达尔文革命成功的时候，才得以完成。
这一次上帝被彻底放逐了，存在与价值终于变得毫无关系。正如陀思妥耶夫斯基所说：“世间的科学集结成一股巨大的力量,特别是在最后的一个世纪里,把圣经里给我们遗留下来的一切天国的事物分析得清清楚楚,经过这个世界的学者残酷的分析以后,以前一切神圣的东西全部一扫而光了。”随之而来的价值虚无主义，让陀思妥耶夫斯基焦虑不安，他惊呼：“假如没有了上帝，还有什么事情不能做呢！”然而上帝已经死了，诗人可以悲叹世界不再是上帝看护下的人的舞台，人沦为茫茫宇宙之间的过客，但是，人却还必须得活下去，积极寻求生活的意义和价值。为此，也许我们有必要回到历史研究中去，因为只有理解了过去，才能真正地展望未来。
亚历山大·柯瓦雷于1892年8月29日出生在俄罗斯的塔冈罗格，1964年4月28日病逝于法国巴黎。他先是在哥廷根学习数学和哲学，受教于希尔伯特和胡塞尔；而后又去了巴黎，随柏格森和布伦希维奇等人研究哲学。自1922年，他任教于法国的高等研究实用学院，并于1930年出任研究主任，直到逝世。他博闻强记，谙熟于原始文献。据听过他课的学生回忆，上课时他常常凭记忆大段引用原始文献，给人感觉真是信手拈来。
柯瓦雷的研究对象最初是宗教思想史，随后转向哲学思想史，最后落脚于科学思想史。从他的研究伊始，他便相信人类思想的统一性，认为哲学思想和宗教思想总是相互渗透，不可分离；而后在19世纪30年代初，在他研究16、17世纪哲学史的过程中，他开始考虑哥白尼的《天球运行论》对当时的哲学和宗教的影响，认识到要深入理解中世纪和近代思想，对科学思想的考察是不可或缺的，从此转向了科学思想史的研究。
柯瓦雷研究工作的中心是17世纪的科学革命。他把所研究的著作置于当时的思想和精神氛围之中，考察其作者为什么会这样想，以及这样想是否有它自身的合理性，而不是用现代科学的标准来简单地划出对错，以求把握住科学思想发展的原貌。在他看来，17世纪科学革命的关键是宇宙的解体和空间的几何化。人们不再把世界看作一个有限的、封闭的和等级有序的整体，而同时，空间却被等同于欧几里得几何的空间，在各个方向上都是无限的空间观念正在兴起，并为人们逐渐接受。这场革命意义深远，它不仅动摇了人们思想的内容，而且还改变了人们的思想框架。柯瓦雷的四部主要著作，《伽利略研究》（1939年）、《从封闭世界到无限宇宙》（1957年）、《天文学革命》（1961年）和《牛顿研究》（1965年）都是关于17世纪科学革命的历史叙事，它们从不同的层次和角度共同描绘了17世纪科学革命的全貌。
其中《从封闭世界到无限宇宙》尤为精炼，它着重勾勒出了17世纪科学革命的主线，即天球的破碎和宇宙无限化的过程。在这一过程中，起初的由天球层层相套构成的宇宙（cosmos），也就是有限的、封闭的和等级有序的宇宙整体被打碎，而被代之以一个无限的、各向同性的和几何化的宇宙(universe)。在由天球构成的宇宙中，价值的等级决定了存在的秩序和结构，比如从不完美的地球到更完美的星辰，再到神圣的天球的不断上升的结构，这样的思想中暗涵了对价值的判断；而在一个无限的、几何化宇宙中，有着某些普遍的基本规律，在它之中的存在者都受这些规律的约束，没有了等级的区分，这就意味着在科学思想中放弃了基于价值观念的考虑，比如完美与和谐、意义和目的等，最终会导致价值世界与事实世界相分离，使存在与价值变得毫无关系。
柯瓦雷认为，在价值和事实分离的过程中，问题的关键是上帝的角色发生了转变。在当时一个类似于机械钟的世界中，存在着两位可能的上帝的角色，一位是工作日的上帝，另一位是安息日的上帝。所谓工作日的上帝，既牛顿描绘的上帝，他需要不断地修理和启动世界这个大钟，防止它陷入混乱或者停摆。因为世界并不是一架完美的机械装置，只要依靠自己固有的法则就可以永恒地运转，而不再需要上帝的干预；恰恰相反，上帝是这个世界的最高统治者，他可以随心所欲地颁布和修改法令，规定和干预这个世界的运转，甚至于创造出完全不同的世界来。上帝是自由的，他可以做任何他想做的事情，比如创造奇迹。上帝通过他的工作在这个世界上显示自己，警醒世人，并赐福给他们。
而安息日的上帝，也就是莱布尼茨描绘的上帝，则是在完成了创世的工作之后，就不再干预世界，让世界自己运行下去。因为莱布尼茨的世界是一架完美的机械钟，被赋予了恒定的能量，它一旦被创造出来，就可以自己永恒地运行下去。莱布尼茨对上帝的描绘与他所提出的充足理由律有着直接的关系。依照其充足理由律，所有发生的事实都有一个为什么是这样而不是那样的理由，当然这些理由常常不能被人所知晓，但为全智的上帝所知晓。莱布尼茨由充足理由律出发，认定现存的世界是全善的上帝所可能创造的世界中最好的一个，所以上帝在创造之后就不再干预世界。而且，上帝就是充足理由律的人格化，他是最高的理性存在，不会做任何没有理由的事情。他一开始就制定了最好的法则，连他自己也不会违反。
在柯瓦雷看来，到了18世纪末，牛顿科学就已经全面获胜，不过在这场关于上帝的争论中，却是莱布尼茨的上帝慢慢地占了上风。随着牛顿科学的进展，世界之钟不再需要启动，也不再需要维护，按照必然的规律永恒地运转着，牛顿的上帝变得无所事事。以至于到了拉普拉斯所描绘的宇宙中，已经不再需要上帝这个假设了。然而上帝的无所事事，并没有像莱布尼茨所设想的那样，表明了上帝的全智和全善，体现了绝对的目的性，恰恰相反，正如牛顿的辩护士，萨缪尔·克拉克所担忧的那样，由于承认世界是一个不需要上帝干预的完美机制，上帝被排除于世界之外，剥夺了他对世界的统治；再进一步，人们就会假定没有最初的造物主，而只有永恒的自然。随着上帝的退场和缺席，目的性没有了真正的保證，完美与和谐、意义和目的等价值也随之消亡。
上帝的退场和缺席，对于整个西方世界而言，其影响是全面而深远的。就如尼采所忧心的那样，“随着对基督教上帝的信仰已被摧毁，那么，以这种信仰为基础并赖以存在和发展的那些东西也要随之坍塌，例如全部欧洲人的道德，这引起了巨大的、连续性的崩溃、毁灭和倾覆，推倒了我们面前所矗立的一切”。尼采体会着在天球破碎、宇宙无限和上帝缺席后人的处境，哀叹地球在无边无际的虚空中不知飘向何处，没有了作为“看护者”的上帝，人已经成为风中飘零的一叶；爱已经死亡，而世界一如既往无声无息地运行着，只用它那甚至更加闪烁、寒冷和无情的星星看着人。尼采假托“狂人”之口责问：“上帝死了！上帝真的死了！是我们杀害了他，……你和我，我们都是凶手！……我们是如何犯下这件案子的呢？”
对于上帝之死这一案件，柯瓦雷的思想史分析已经理清了最主要的线索，阐明了观念变革的结点，然而像这样一个涉及范围宽广的跨国谋杀案，由于历史状况在不同国家有较大的区别，其犯罪手法和活动方式也大不一样，那么对此要作更深入的调查就不得不考虑各国具体的社会、经济和政治状况。当然，柯瓦雷本人可能会认为已经可以结案了。在他看来，科学史的调查应该关注于观念的内在更替，而避免对科学发展作文化和社会的解释。他认为后者并不重要。不过，科学和宗教是否可以被看作独立的思想实体，可以从人类的社会处境中抽取出来，只考察它们之间观念性的关系，而不考虑它们在不同社会中的使用，实在是值得怀疑的做法。
在欧洲大陆，尤其在法国，柯瓦雷所描述的演变过程来得迅疾而又猛烈。这一方面是因为笛卡儿和莱布尼茨在欧洲大陆的哲学影响根深蒂固，另一方面则由于法国的启蒙运动首先是以宗教为敌手的。在18世纪的法国，教权主义与封建君主制相互帮衬，教士阶层帮助君主巩固政权和统治，而君主又通过他的政治专制给教会以特权。在这里，没有对宗教信仰的宽容，而更多的是罗马天主教对其他信仰的压迫。启蒙哲学家，比如像伏尔泰，都热衷于普及牛顿科学，把科学作为一种可以与宗教相抗衡的思想力量，分别给科学和宗教贴上“理性”与“迷信”的标签，让它们对立起来，相互斗争。牛顿科学成为对社会政治状况极为不满的启蒙思想家反教会的一件利器，但是，牛顿的上帝却没有被他们所接受，因为他们实在很厌恶上帝对这个世界的干预，及其背后所隐含的社会意义。伏尔泰就选择了莱布尼茨的上帝，认为上帝只是宇宙的第一推动者和自然规律的制定者，在创世之后，就不再干预。伏尔泰做了一位理神论者，而狄德罗则走得更远，他干脆抛弃了对上帝存在的设计论证明，成了一位彻底的无神论者。
自启蒙运动以来，理神论、无神论、决定论、进步观等种种思潮纷至沓来，而大革命则更是给了教会的统治和权威致命一擊。上帝的退场有着社会思潮和变革的种种助力，已是大势所趋。所以当拿破仑问拉普拉斯，上帝在他所著的《宇宙体系论》中的作用，他敢直截了当地回答说：“陛下，我不需要这种假设。”其实，在大革命之后，法国科学家若支持自然神学的论证，很难不会被人怀疑是旧制度的支持者，那才会有更严重的后果。
然而在英国，情况却大不相同。早在1688年的光荣革命，就消灭了专制的王权，奠定了君主立宪制的基础，从此国王必须通过议会来实施统治。1689年颁布的“宽容法案”，则保障了一个比较宽松的宗教环境，虽然非国教徒仍然受到歧视，但他们已经有了信仰的自由。此后，英国知识界中的大部分人对社会的整体状况还是比较满意的，他们并不认为有推翻宗教的必要，反而认为宗教对保持社会的稳定与和谐至关重要。圣公会依旧保持着在思想界的统治地位，并且在世俗事务上有着巨大的影响力。而且，许多科学家都以牧师作为职业，在他们看来科学并不与宗教相冲突，恰恰相反，科学可以被作为神学教导的手段，用它发现自然中的证据从而证明上帝的全智全能。牛顿的科学和哲学在英格兰的普及在一定程度上就要归功于这些国教会牧师的布道。英国国教接受了牛顿的上帝，而科学也在自然神学中找到了自身的位置。
从牛顿开始，依赖经验的自然神学就在英国得到了充分的发展，而科学也是在自然神学的温床中成长，因此在整个18世纪，一直到19世纪中叶，在英国人的世界里牛顿的上帝一直存在着，并不时地显现和发挥作用。当拉普拉斯宣告不再需要上帝的时候，英国人才刚刚把他们传统的自然神学发挥到极致。1802年，圣公会的牧师威廉·佩利发表了《自然神学》一书，全面总结了18世纪以来设计论的证明。其核心意思是讲，科学发现宇宙是如此精妙地组合起来的结构，比如像钟表和眼睛，那么它一定只能是某个神圣的设计师有意做成的，这个神圣的设计师就是上帝。上帝设计和安排了宇宙中的一切，并时时刻刻、在每一个细节上使之按照自己的目的运转着。例如，人的眼睛是如此的精巧，它必然是上帝为了人的视觉而设计出来的。
在这段时期里，英国人的世界也并不是柯瓦雷所描绘的那种无限宇宙，永恒的物质在永恒的空间中按照永恒的、必然的规律永不停息地、无目的地运动着；而是物质微粒在无限的空间中按照某种经验规则的方式运动，这种运动是由上帝发动的，依照上帝安排的某种规则的方式，这其中总隐藏着上帝的意旨。科学发现了自然中有条不紊的秩序，证明了创造这种奇迹的造物主的存在；同样，社会也是上帝的杰作，在社会中所有等级的人都应该安分守己，和谐共存，在理性的驾驭下生活，听从上帝的安排。尤其在法国大革命爆发后，接踵而来的革命暴力和拿破仑专权击碎了那些企求变革的英国知识分子的梦幻，而被吓坏了的英国统治阶级则更是变本加厉，采取高压手段，压制自由思想和舆论，一时间，保守势力纷纷回潮，宗教思想则更受青睐和倚重，自然神学被用于论证当前社会秩序的合理性，说它既符合自然秩序，也符合上帝的道德法则。当时的知识界就像哈代后来所讽刺的那样，“为别人谋求幸福而进教会，为个人争取地位而求知识”。
正是由于英国人秉承牛顿的上帝观，其科学也一直在自然神学的背景中发展，所以在英国人的科学思想中对上帝的考虑在持续地发挥着作用，并且在科学争论中具有一定的说服力。只有到了19世纪30年代，工业革命基本完成，中产阶级初步赢得政治权力，成为社会的中坚力量，开始通过职业科学家与国教教士争夺文化霸权，自然神学才日渐式微。等到1859年达尔文发表《物种起源》，原来的上帝观念最终彻底被打破，上帝从整个自然中被驱逐出去，代之以永恒的、必然的规律。可以说，从封闭世界到无限宇宙的历史过程，在英国并不是当牛顿科学全面获胜时就完成了，而是在达尔文革命成功的时候，才得以完成。
这一次上帝被彻底放逐了，存在与价值终于变得毫无关系。正如陀思妥耶夫斯基所说：“世间的科学集结成一股巨大的力量,特别是在最后的一个世纪里,把圣经里给我们遗留下来的一切天国的事物分析得清清楚楚,经过这个世界的学者残酷的分析以后,以前一切神圣的东西全部一扫而光了。”随之而来的价值虚无主义，让陀思妥耶夫斯基焦虑不安，他惊呼：“假如没有了上帝，还有什么事情不能做呢！”然而上帝已经死了，诗人可以悲叹世界不再是上帝看护下的人的舞台，人沦为茫茫宇宙之间的过客，但是，人却还必须得活下去，积极寻求生活的意义和价值。为此，也许我们有必要回到历史研究中去，因为只有理解了过去，才能真正地展望未来。