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目的研究海南岛中部山区鼠类肠道菌群结构的多样性。方法采用高通量测序技术分析野生鼠类肠道粪便样本菌群的结构组成并进行多样性分析。结果从20只鼠类粪便样本中共获得1 569 543条有效序列,操作分类单元范围为540~1 274。门分类水平上厚壁菌门所占比例最高(55.83%),拟杆菌门为第二大优势菌门(27.74%)。属分类水平位于前10位的是螺杆菌属、乳杆菌属、梭菌属、大肠埃希菌-志贺菌属、链球菌属、毛螺菌属、粪杆菌属、梭杆菌属、支原体和Romboutsia。结论高通量测序分析发现海南岛中部山区鼠类肠道菌群结构复杂,菌种丰富,个体间存在较大差异,有6个样本螺杆菌属相对丰度最高,有进一步研究的意义和价值。