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高校是科技创新体系的核心组成部分,是知识创新和原始创新的主力军。运用DEA的分析方法测算了江西省代表性高校2012-2017年科技创新效率,发现大部分高校的科技创新投入、产出效率都不高,存在投入冗余或产出不足。通过和中东部同类高校的比较进一步发现,江西省高校突出的问题表现为科技创新研发人员投入和政府资金投入不足,以及鉴定成果数和产学研实际收入较低。基于实证分析提出了相应的对策建议。