南海地处我国一带一路的核心位置,沟通了太平洋和印度洋,是重要的海上航道,承担着大量的货物运输任务。中国、日本、韩国等东亚国家的原油和货物运输都要经过南海航道。因此,南海地区的和平稳定关系着世界航道的安全。然而,当前南海面临着一些非传统安全威胁,其中近年兴起的海上恐怖主义严重威胁着南海航道的安全。相比较陆上恐怖主义,海上恐怖主义显现出了一些新特点,这给南海反恐合作提出了很大挑战。南海沿岸国众多,地缘政治的复杂性给南海的反恐合作带来了一些阻碍,南海主权争端使得各国陷入了在南海的圈地运动。特殊的地理环境,南海沿岸国国内复杂的环境造成了南海恐怖主义威胁严重。海上恐怖主义定义不明导致的海上恐怖主义识别困难、沿海国的主权和主权权利维护与管辖权的困境、南海现有反恐合作与南海地区公海自由的冲突是南海反恐合作的三大困境。打击海上恐怖主义首先要准确识别海上恐怖主义,海上恐怖主义的定义不明直接导致了海上反恐合作的困难,当前关于恐怖主义的定义主要有列举式、直接界定式、列举式与直接界定式相结合三种方式,通过列举的方式界定海上恐怖主义是南海反恐中有效打击恐怖主义的前提。南海反恐合作主要涉及到管辖权问题,然而管辖权背后是国家主权权益问题。国家管辖原则有属地管辖原则、属人管辖原则、保护性管辖原则和普遍管辖原则,确立对海上恐怖主义的普遍管辖原则是最有利于打击海上恐怖主义的,然而确立某一犯罪的普遍管辖权需要得到国际社会的普遍认同。南海反恐合作中确立对海上恐怖主义的普遍管辖权短期内似乎不太可能。由于海域的特殊性,海域可划分为领海、毗连区、专属经济区和公海等不同的区域,沿海国在这些海域享有不同的管辖权。沿海国在内水和领海享有主权、在专属经济区享有主权权利、在公海享有六项自由,基于这些权利南海国家在不同海域享有不同的管辖权。在南海反恐合作中如何处理联合反恐与国家海上管辖权的关系将是一个重要问题,沿岸国愿意让渡管辖权的大小将会直接关系到南海反恐合作的广度与深度。反恐合作和海洋环境保护等一样,需要在公海海域对海上恐怖主义进行打击,对相关船舶进行检查,因此海上反恐执法与短期内保障公海自由存在一定冲突。然而,南海反恐对公海自由的影响是一把双刃剑,短期内影响到南海航道的通行效率和捕鱼自由,但是长期来看其保障南海安全的行为有利于世界各国对南海的利用。公海自由与公海自由原则也是存在区别的,公海自由是相对的,海上反恐对保障公海自由原则具有极大意义。南海地处一带一路核心位置,中国作为南海域内国家中的唯一大国,在未来的南海反恐合作中必然要发挥重要作用。提出南海反恐合作的中国方案对未来的南海反恐合作具有重要意义。习近平主席提出的海洋命运共同体理念与南海反恐合作的契合为南海反恐合作提供了新思路,基于海洋命运共同体理念打造南海反恐合作的共同体将会是海洋命运共同体的一次实践,对于南海反恐合作和海洋命运共同体的的实践都具有重要意义。