鲤Cyprinus carpio是世界性的淡水养殖经济鱼类,除了本土鲤鱼的驯化和选育外,各国之间也常相互引种交流,从而形成了种类繁多的鲤养殖品种。从江稻田鲤驯养有上千年历史,是“全球重要农业文化遗产”中的一部分,经长期的稻田隔离饲养和驯化,已较好地适应稻田浅水环境,具有性情温顺、不爱跳跃、耐低氧等特性,同时兼具稻渔文化象征而备受关注。本团队前期基于形态学和线粒体基因的种质评价结果表明,从江稻田鲤有团圆型和长体型2种基本外形,混有少量西鲤（欧洲鲤）C.carpio carpio和远东鲤C.carpio haematopterus 2个亚种个体,优势的华南鲤亚种C.carpio rubrofuscus群体呈高单倍型低核苷酸多样性特点,当地自繁自养自留种的传统繁养体系,使其种质混杂和后代生产性能下降。为深入了解从江稻田鲤种质特性,本研究基于核基因（S7和RAG2）标记技术探讨其遗传结构及遗传多样性,运用转录组测序筛选生长相关的SSR分子标记,并对子一代（F1）的遗传多样性及其生长关联性进行分析,同时对F1代生长差异群体进行比较转录组分析。初步研究结果如下:1.对采自从江县12个乡镇的203尾稻田鲤群体的核基因（S7内含子1和RAG2）的遗传结构及其多样性进行分析。结果表明:从江稻田鲤是一个由西鲤、远东鲤和华南鲤组成的混杂群体,3个亚种间存在杂交渗析;稻田鲤中的华南鲤群体受到外来的西鲤和远东鲤驯养品种父系基因渗析的比例高达38.06%（59/155）。遗传多样性上,S7+RAG2基因总体呈高Hd（0.983）和低Pi（0.0021）的特征。3个亚种群体中以西鲤的多样性最低,远东鲤的多样性最高,亚种间无遗传分化,遗传变异主要来源于群体内个体间。2.随机挑选85尾从江县刚边乡平中村稻鱼鸭养殖专业合作社苗种繁育场的F1代稻田鲤进行mt DNA Cyt b和nu DNA（RAG2+S7）的遗传结构和遗传多样性检测。结果显示:F1代群体划分为华南鲤和远东鲤2个mt DNA谱系,其中11.76%（10/85）个体为远东鲤亚种;S7+RAG2联合基因检测到F1代华南鲤群体中有9.33%（7/75）个体受远东鲤的基因渗析,同时也检测到少量个体（6尾）与欧洲鲤（德国镜鲤）的亲缘关系十分接近,说明该苗种场繁育亲本仍是一个混杂的群体。F1代群体的遗传多样性十分丰富,mt DNA基因（Hd=0.769,Pi=0.0031）和nu DNA基因（Hd=0.987,Pi=0.0021）都呈高Hd和低Pi遗传模式,具有一定的选育潜力。3.利用高通量测序技术开发了33个稻田鲤高多态性SSR位点。使用这33个SSR位点对稻田鲤F1代群体进行遗传多样性检测和遗传结构分析,结果显示33个位点的等位基因数为4～9个,平均Ho为0.9600,平均He为0.7025,平均PIC为0.6573,多态信息含量丰富;F1群体中存在六种类群鲤鱼的基因,种质混杂。说明F1代群体遗传多样性水平高,具有较大的选育潜力。4.对33个SSR标记位点与从江稻田鲤F1群体的生长性状进行关联性分析。结果显示:33个SSR位点中,G21、G79、G240、G100、G167、G188、G74和G133等8个位点与生长性状显著相关。进一步对同一SSR位点不同基因型间进行多重比较,初步找到8个与从江稻田鲤生长相关的优势基因型,分别是位点G21中的BC基因型;位点G74中BF、AB和BD基因型;位点G79上CF和AC基因型;位点G133的BC基因型;位点G240的BF基因型。这些基因型为从江稻田鲤的分子标记辅助选育和重要生长性状QTL定位提供了一定的依据,可作为候选分子标记应用于从江稻田鲤的良种选育。5.在F1代群体中对两组生长规格差异显著的从江稻田鲤进行比较转录组分析,共有2562个差异表达基因,其中1504个基因上调,1058个基因下调。进一步深入研究发现,GH/IGF轴的下游基因IGF2a、IGF2b、IGF2c、IGFBP5a、IGFBP5b和IGFBP5c在生长规格较大的稻田鲤中都显著上调,这些基因的差异表达可能是稻田鲤生长规格差异巨大的原因之一。综上所述,本研究结果完善了从江稻田鲤群体的遗传资源库,阐明了稻田鲤群体的种质特性,开发了8个与F1代稻田鲤生长性状相关的SSR标记位点,找到了8个F1群体中与生长性状相关的优势基因型,探讨了在不同生长规格的F1代稻田鲤的差异表达基因,为稻田鲤品种的选育和遗传改良提供了理论依据。