中宣部科学处(1951-1966年)是建国初期中国共产党在其中央机构中设立的对自然科学进行意识形态治理的专门机构。中国科学当时各个方面几乎都留下了中宣部科学处影响的印记。本研究将科学处放在中国政治与社会的大环境下，以其历史作为线索，围绕“自然科学的意识形态治理”这一研究主题，对科学处行动进行刻画和分析，揭示马克思主义指导的中央集权体制下自然科学与意识形态的关系，展现国家、政党与科学共同体的互动.同时，总结建国初期中国共产党面对前所未有的任务--领导全国科学技术事业，在实际工作中的经验和教训，客观估价诸多政策和做法的利弊得失。
　　 本研究工作包括：(1)列出详细的科学处人员组成和情况表，详述其机构沿革，分析科学处在中国科学建制化变迁过程中的横向位置和纵向特征，展示其活动的中观和宏观历史背景；(2)呈现科学处从自然科学批判的倡导者和组织者，到控制者和监督者的角色转变，刻画不同阶段批判在选题方向、科学方法、科学内容、科学应用和哲学意识形态等方面的重点变换，指出前期的科学批判大多是由科学方法和内容批判而至哲学意识形态批判，后期则反之，前期多以个人撰文的形式进行，后期多以机构面目出现；(3)发掘科学处以马克思主义指导自然科学研究的理论纲领和现实举措，揭示用于指导科学的“马克思主义”从辩证唯物主义向毛泽东思想的蕴涵演化过程；(4)梳理科学处参与重大科技方针制定的过程，分析它在制定过程中的理念和实践，考察它将意识形态原则“政策化”的方式；(5)从建制化和自身研究两个方面，刻画科学处建立自然辩证法事业的经过，提出其动因是为意识形态治理提供学术支撑，讨论其对科技工作的影响；(6)揭示科学处对遗传学先后采取的“压制与扶持”、“调整与平衡”和“维护争鸣与自主探索”策略，剖析影响其策略选择的科学自身发展、自然科学阶级性、与农业关系、中苏关系和意识形态等因素，考察科学处在青岛遗传学座谈会上进行治理的微观过程和科学家群体对治理的反应，展现意识形态治理在科学共同体中的效果；(7)探讨科学处取消后意识形态治理如何被替代，刻画其历史发展阶段特征，与美苏的类似治理进行比较，分析科学处群体的颜面术特征，对其历史使命和行动后果进行评价。
　　 研究结果显示：中宣部科学处的核心任务是对自然科学进行意识形态治理，从而将维护执政党利益的行动理论化、合法化。其逻辑是：首先破除自然科学中旧有的“资本主义”意识形态，同时建立马克思主义在自然科学中的指导地位，并将与科学有关的意识形态通过研究、制定科技方针政策的形式“政策化”，发展自然辩证法研究作为以上三方面工作的理论基础。科学处处理遗传学事务是意识形态治理的集中体现，其过程不但涉及对西方遗传学的批判，也涉及中国新遗传学意识形态原则的建立，遗传学问题又与“双百”方针彼此作用，互为促进。青岛遗传学座谈会上，遗传学者对科学处的治理做出正面回应，实证结果表明意识形态治理影响到了具不同人类学特征的遗传学者群体的科学观点、政治态度和科学观。总体评价方面，科学处在不违背执政党意识形态目标的前提下，利用意识形态中有利于科学发展的内容，引导科学正常运行，这种努力对于五六十年代中国科学的发展，至关重要。