基于生物信息学途径研究结直肠癌中CXCL的表达及其对预后的影响

来源 :大连医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:forevil666
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研究背景结直肠癌(CRC)在全球范围内存在高发病率和高死亡率。随着肿瘤免疫治疗成为现如今治疗的研究热点,趋化因子在肿瘤中发挥的作用也日益受到重视。CXC趋化因子是功能性趋化肽的一个亚家族,CXCL作为CXC趋化因子的配体部分,在多种恶性肿瘤中参与肿瘤细胞的发生、发展和转移,并且CXCL与结直肠癌间的关系通过实验也得到了部分研究。但CXCL与结直肠癌的具体关系尚未全部研究清楚。生信数据库作为一种收集数据信息的工具,伴随着大数据时代的到来,得到了快速的发展。通过对各种生信数据库信息的挖掘,我们能快速获得需要的结果,并且这些结果准确性极高。目的本研究通过深入挖掘Oncomine、GEPIA、c Bio Portal、Gene MANIA、STRING、DAVID 6.8和Timer等各种生信数据库中的信息,研究CXCL与结直肠癌间的关系(包括表达水平、分期、预后、基因改变、互相作用、功能预测及免疫浸润等),系统且全面地阐明了CXCL在结直肠癌中的生物学功能和临床意义。方法使用Oncomine数据库,分析结直肠癌患者CXCL m RNA表达水平。使用GEPIA数据库,研究结直肠癌患者CXCL m RNA表达水平、与病理分期间的关系,进行CXCL与KRAS、NRAS和BRAF之间共表达的相关性分析以及与预后相关性分析。使用c Bio Portal数据库,研究CXCL在结直肠癌患者中的基因改变情况。使用Gene MANIA和STRING数据库,分别在基因和蛋白水平,分析结直肠癌患者中CXCL间互相作用的关系。使用DAVID 6.8数据库,进行与结直肠癌相关的CXCL基因功能注释和富集途径分析。使用Timer数据库,评价在结直肠癌患者中与预后相关的CXCL的免疫功能。结果1.Oncomine结果显示,CXCL1/2/3/4/5/6/7/8/9/10/11/16/17在结直肠癌患者中的转录水平明显上调;而GEPIA数据库中结直肠癌相关结果显示,CXCL1/2/3/4/5/8/9/10/11/13/14/16的转录水平显著高于正常组织。2.CXCL1/2/3/9/10/11的表达与结直肠癌的病理分期密切相关。共表达分析显示,CXCL16与KRAS、NRAS和BRAF存在共表达关系。另外,生存分析提示CXCL3/8/10/11/14高表达与结直肠癌患者的临床预后相关。3.结直肠癌患者中,CXCL1/2/3/4/5/6/7/8/9/10/11/12/13/14/16/17的基因突变率分别是:0.3%、0.5%、0.6%、0.6%、1%、0.5%、0.6%、0.5%、0.6%、0.3%、0.6%、0.3%、0.3%、0.5%、1.1%和0.6%。4.CXCL间互相作用包括:共定位、共表达和遗传等。CXCL形成的PPI网络包括了103条边和16个节点的相互关系。5.关于结直肠癌患者CXCL的功能预测,结果显示GO项包含CC(3项)、MF(5项)和BP(26项),另KEGG途径(9项)。6.免疫浸润分析提示,CXCL3/8/10/11/14的表达与不同免疫细胞浸润相关。结论对结直肠癌患者而言,CXCL不仅可以作为合适的预后生物标志物,还可能成为准确的免疫治疗靶点。
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