2021年6月22日,国务院总理李克强组织召开了国务院常务委员会议,研究部署在“十四五”时期深化促进大众创业万众创新的重大举措以更大程度激发市场动力,越来越多的企业凭借着高质量的产品和卓越的创新精神异军突起,发生了翻天覆地的变化,从创新发展角度讲,我国许多企业的产业水平由过去的“跟跑”状态转变为与发达国家“并跑”,甚至在某些领域“领跑”,走在世界的前列。这些企业的成功往往都离不开资本的支持,而这些资本在一定程度上对控制权的配置产生影响,在此过程中,企业的股权结构可能会不断发生改变,从而进一步影响公司治理和企业的经济效果。股权结构的设计与控制权的配置对许多公司来说是始终绕不开的议题。股权结构的变动往往伴随着控制权争端问题的发生,比如曾轰动一时的“宝万股权之争”事件、上海地王案等,令万科、复星公司等著名企业深陷控制权争夺战。阿里巴巴股权结构设计上的创新成功的解决了控制权的配置问题,有效的防范了恶意收购和控制权争夺事件的发生。本文以企业在多级股权结构下控制权的配置选择和经济后果研究为主题,从企业控制权的选择角度分析了多级控股结构在企业股权结构上的运用。首先,本文会对中外多层股权结构以及控制权的相关文献进行综述与总结,然后再对理论框架加以进一步研究阐述。接着,就传统的单一股权结构和双重股权结构之间的控制权配置的特点和多层股权结构进行对比分析,以及各自产生的经济效果,最后详细介绍阿里巴巴股权构架安排形式和选择逻辑及其特点,并分析其采取的多层股权结构设置——“有限合伙制度”对控制权配置问题的处理,此外还将探讨阿里巴巴应用此种股权结构所带来的公司治理的影响以及其经济后果。最后,本文将结合案例分析结果,得出相关结论与启示,提出不足与展望。多层股权结构制度是一个新型的股权制度,相对于传统股权结构在控制权配置上的特点和实现方法,在公司控制上存在法律风险与隐患,此种股权结构给公司治理带来挑战,也给相关的研究提供了机会,是一个值得思考和探讨的问题。其研究意义主要在于给我国创新型企业股权结构设计与控制权配置问题以及深化我国资本市场改革提出建议。