1967年，正当李先念在周恩来的支持下，艰难地支撑着国家经济危局时，突然发生了一件事，使他卷入了一场“揪叛徒”的风波。
　　起因是：4月29日，全国总工会的造反派给中央写了一个报告，说从陈少敏保存的一些材料中发现了陈少敏、郑位三于1957年5月29日给中央组织部写的一个报告，内容是1946年中原突围时，允许党的干部向敌人自首的问题。李先念审阅时批道：当时忙于军队工作，这件事情我完全记不得了。批示转到康生那里。被借机利用，妄图整倒一大批干部。5月6日，康生专门到中央组织部讲：现在发现了一个文件，1946年中原突围时，陈少敏、郑位三允许自首。组织部要收集材料，批判。康生的话很快就在造反派中间传开了。
　　李先念、郑位三、陈少敏是老战友，同为鄂豫边区抗日民主根据地的创始人，同为(前)中原军区的领导人。财贸口的造反派们认为可以借机打倒李先念，于是他们派人去揪斗陈少敏、郑位三，逼迫他们说“自首决定”是李先念批准的，李先念是叛徒头子。同时，派人到处去收集李先念的黑材料，声称：要在天安门广场召开打倒李先念的动员大会。周恩来得知这一情况后，立即派人前去制止，但造反派们不听，还是在5月31日在天安门广场召开了“打倒大叛徒李先念”的誓师大会。康生认为，整倒李先念的时机成熟了，他把造反派们搞的整李先念的黑材料送给毛泽东，期望一向憎恨叛徒的毛泽东有个批示，拿着这个批示，把李先念彻底搞垮。
　　事态到了这样严重的程度，周恩来、李先念都不能不认真对待了。周恩来把李先念找到办公室，共同回忆当时的情况。因为中原突围前夕，周恩来曾亲赴宣化店，和李先念一起同国民党谈判，周恩来的回忆十分重要。周恩来证实李先念当时正忙于军队，根本没有顾及地方工作。这和李先念的回忆正好一致。为了更慎重些，周恩来还派人查阅了当时的报纸和档案。李先念还找了(前)中原军区副司令员王震、王树声等一起回忆此事。经过老同志们回忆和查证后搞清：中原突围时，李先念忙于军事上突围的准备工作，地方工作由陈少敏、郑位三二人负责，陈、郑二人出于保护革命力量的考虑，可能口头商量后，在小范围交待过：为使我党的干部不被敌人杀害，当被俘时，在不暴露党员身份的前提下，以农会会员或新四军战士的面目向敌人自首，不以自首论。当搞清这个历史问题之后，李先念明确表示：虽然这件事情我不知道，但当时陈、郑二人这样做，目的是为了保存革命力量，不是错误。
　　大家商量，由李先念出面给毛主席、党中央写个报告，讲明白这件事。6月19日，李先念在给毛泽东的报告中，详细讲明了事情的原委。
　　毛泽东看了李先念的报告后，知道了事情的真相，便把康生送来的造反派们搞的整李先念的黑材料压了下来。隔了几天，毛泽东特意让秘书打电话，说是毛主席请先念同志一起去看戏。在剧院，李先念见到毛泽东后，毛泽东特意让李先念坐在自己身边，头一句话就说：“大叛徒”头子来了，今天我要和“大叛徒”坐在一起看戏。毛泽东的这句玩笑话，实际上表示了对李先念的信任。