RNA适体与代谢小分子相互作用的研究

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核酸适体(Nucleic acid aptamer)是一类经指数富集配体系统进化技术SELEX(Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment)从体外人工合成的单链核酸文库中筛选出的核酸小分子,分为DNA适体和RNA适体。其中RNA适体因其二级结构的多样性而具有靶分子广、亲和力高、特异性强等特点,而且易改造修饰、制备方便,在基础研究、临床诊断、药物研制等方面展现了广阔的应用前景。本论文以精氨酸为研究对象通过SELEX筛选技术获得了特异性结合精氨酸的RNA适体,并对其生物活性进行了评价。本实验中,我们通过体外合成的方式构建了单链DNA文库,总长度100个核苷酸,由两端37个固定接头序列和中间63个随机序列构成;利用PCR技术对DNA文库进行双链扩增,再通过体外转录的方式获得筛选的起始材料——单链RNA文库。RNA文库中含有63个随机排布的核苷酸,4种碱基分布均匀,几乎囊括了所有随机组合的可能性。我们选择代谢小分子精氨酸作为研究对象,利用共价耦联琼脂糖珠子的精氨酸作为固定相,对单链RNA文库进行体外筛选;对筛选获得的RNA序列进行反转录、体外扩增和转录,形成次一级核酸文库,利用生成的次一级核酸文库重复筛选过程;直到获得与靶分子精氨酸亲和力较高的RNA适体。在筛选过程中,通过调节PCR循环数提高了生成目标产物的效率;通过在T7启动子前添加一段调节序列,解决了随机文库转录效率低的困难。经过了22轮的体外筛选,我们获得了在测序过程中出现频率最高的一段RNA序列(命名为22-7),该序列在100个测序的克隆中重复出现了6次,在第20轮测序中的100个克隆中重复出现了5次。体外转录合成了该序列并利用ITC分析,发现该序利与游离的精氨酸有较高的亲和力。为了研究该适体是否能够在原核生物体内发挥功能,我们首先利用BLAST分析了22-7与大肠杆菌RNA的序列同源性,结果表明同源性不存在,然后我们将RNA适体22-7通过添加内源小RNA的转录元件,构建了其在大肠杆菌中的过表达体系。选取大肠杆菌精氨酸分解代谢AST途径中的两个基因——精氨酸琥珀酰转移酶(astA)和琥珀酰鸟氨酸转氨酶(astC)为研究对象,对RNA适体体内生物活性进行评价。实验证明,RNA适体22-7过表达之后,astA和astC表达水平明显受到抑制。由此说明,RNA适体22-7在大肠杆菌体内诱导表达后,对精氨酸代谢相关基因起到了调控的作用。细菌小RNA(sRNA)是一类长度在50~500nt的调控RNA,它能通过与靶标mRNA以不完全配对方式结合来发挥调控作用,那么sRNA是否具有适体结合代谢小分子的功能呢?通过比较我们选取了与糖代谢相关的SgrS进行验证,SgrS是葡萄糖压力相关的sRNA,当葡萄糖压力增大时,SgrS能阻止葡萄糖分子的跨膜运输。我们首先构建了SgrS过表达体系,检测在有或无葡萄糖刺激的情况下,其靶基因ptsG的表达水平是否发生变化。实验结果证明,SgrS对其靶基因ptsG表达水平的影响不依赖于葡萄糖。综上所述,我们利用SELEX筛选技术获得了能够和精氨酸特异性结合的RNA适体,构建了其在大肠杆菌体内的过表达体系,初步评价了其在大肠肝菌内的生物功能,并且验证了细菌sRNA——SgrS是否具有结合代谢小分子的功能。本论文通过探索RNA适体与代谢小分子的相互作用,为原核生物非编码小RNA调控基因表达提供了新思路。
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