2013年2月，党的十八届二中全会审议通过《国务院机构改革和职能转变方案》；同年3月，新的《国务院机构改革和职能转变方案》通过十二届全国人大一次会议审议并对外公布，社会各界再次迅速聚焦我国政府的大部门制改革。在改革开放的现代社会中，政府提供公共服务的能力尤为关键，如何为公众提供质量更高、品质更好、服务更到位的公共产品，让人民群众不断增长的新需求和新期待得到充分满足，已成为各级政府职能转变的攻坚任务和首要任务，也是各级政府机构改革的终极目的。当前社会各种利益诉求交织冲突、社会需求复杂多变，政府如何通过大部制改革后以更加畅顺的运行机制不断满足人民群众日益增长的多元化需求变得越来越迫切。回溯中央和地方政府大部制改革的历史轨迹，不难发现，不论是中央层面还是地方层面，其大部制改革实践中的突出问题很大程度上是运行机制问题。为此，探索大部制改革的运行机制就成为当务之急。以深圳市为例，作为观察当代中国的“重要窗口”、改革开放的前沿阵地，深圳市大部制改革的力度相当大，但目前改革后存在政府职能转变有待进一步落实、政府工作部门设置有待进一步优化、部门间和市区间事权关系有待进一步理顺、部门领导职数配备难以满足政府管理和服务需要等运行机制方面的种种问题，亟待研究解决。为此，本论文拟基于作者多年党委政府综合服务部门的工作实践，通过调研分析并运用公共管理理论，力图提供一个解决问题的新思路，以期抛砖引玉。　　本研究分为六个部分：第一章介绍了研究背景、研究目的及意义，并对比国内外研究现状。第二章是理论分析章，理论性地分析大部制运行机制构成、原则和条件保障。第三章是比较分析章，从国内外大部制改革特别是其运行机制的对比分析中，得出运行机制的条件、国外的经验、国内的不足。其中国外包括英国、新加坡，国内包括香港、洋浦、顺德等地方政府的大部制改革情况。第四章结合深圳个案，重点分析深圳市大部制运行机制存在的问题。第五章，在第二章的原则、条件和第三章综合国内外比较的借鉴、国外的经验，以及第四章的“问题剖析”基础上，有针对性提出完善深圳大部制改革运行机制的对策。第六章提出了结论与展望。