【摘 要】
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摘要：通过对棉花转录组进行测序获得的57 695条Unigenes，利用MISA软件进行搜索，得出简单重复序列（simple sequence repeat，简称SSR）的分布情况，共挖掘检索得到1 886个SSR位点，SSR的出现频率为3.27%。所有SSR位点分布于1 759条Unigenes上，发生频率为3.05%，平均每20.8 kb会出现1个SSR位点。有117条Unigenes含有1个
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摘要：通过对棉花转录组进行测序获得的57 695条Unigenes，利用MISA软件进行搜索，得出简单重复序列（simple sequence repeat，简称SSR）的分布情况，共挖掘检索得到1 886个SSR位点，SSR的出现频率为3.27%。所有SSR位点分布于1 759条Unigenes上，发生频率为3.05%，平均每20.8 kb会出现1个SSR位点。有117条Unigenes含有1个以上SSR位点，含有复合型SSR的Unigenes数目为56条，其中三核苷酸基元类型分布最多，SSR数量为 1 582个，占挖掘出总SSR数量的83.88%，而单、二、四、五、六核苷酸重复类型所占的比例较小。最后通过Primer 3程序进行SSR引物设计，得到部分引物序列，可用于棉花遗传多样性分析、分子标记辅助育种以及种质资源的保存等。
关键词：棉花;转录组测序;SSR;分子标记;引物设计
中图分类号： S562.024
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