从《中国制造2025》提出以来,国家对创新的重视日益凸显,对创新支持力度也不断提高。企业作为社会创新活动主体力量,如何更好地推动企业参与社会创新具有重大战略意义。股权激励作为一种长期激励手段,可以有效的将企业与员工的利益绑定,促进企业长期稳定发展。国家层面也出台了一系列股权激励相关的优惠政策,鼓励企业通过实施股权激励提升自身创新能力。目前已有学者从高管层面探讨股权激励对创新的影响,但完整的委托代理链条包括股东—高管—员工,尤其是核心员工对企业创新产出发挥关键作用,在创新活动中扮演不可替代的角色。基于此,本文基于委托代理理论、激励理论与创新理论,选取对人力资本更为依赖的深市创业板公司为样本,通过数据包络分析法（DEA）测算出创新效率作为被解释变量,分析员工股权激励与企业创新效率的关系。并进一步区分激励模式,探讨不同模式下的契约要素设计对创新效率的影响。最后结合股权结构特征,探索在不同股权结构下,实施员工股权激励对创新效率的不同效果。通过实证分析,本文得出以下结论:（1）员工股权激励比例正向影响企业创新效率,且授予比例越高,促进作用越强,在政策放宽创业板公司股权激励授予比例的情境下,该结论具有一定的现实意义;（2）区分激励模式后发现,有效期在两种模式下均正向调节员工股权激励对企业创新效率的促进作用;在限制性股票模式下,行权业绩考核倒“U”型调节员工股权激励与企业创新效率的关系,而在股票期权模式下则不存在这种作用,这可能是因为这部分公司存在较为严重的“搭便车”现象;（3）结合股权结构特征进一步研究发现,在较高股权集中度或较高机构投资者持股比例公司中,员工股权激励对企业创新效率的正向作用更显著,两职合一的公司更有助于员工股权激励对企业创新效率的促进作用。基于以上结论,本文为创业板公司提升创新效率提出如下管理建议:一是应加大对员工股权激励的力度。目前创业板公司的员工股权激励授予比例均值仅2%不到,激励强度还有较大提升空间。二是在契约要素设计上,适当延长股权激励有效期,实施限制性股票的公司应将业绩考核条件控制在一定范围内,既要有一定难度,但也不能脱离实际水平。而在股权特征设计上,适当提高股权集中度或机构投资者持股有助于提高企业创新效率。此外,建议政府应考虑加大对企业尤其是创业板企业创新的扶持力度,进一步放宽对股权激励的限制条件,为企业创新提供更好的政策环境。