学生的心理健康教育工作在各级教育行政部门的要求督促和社会各界的高度关注下，越来越受到学校、家庭的重视。有的学校则把学生的心理健康教育工作纳入重要的议事日程，设置健康教育课程，培训师资，加强管理考核，使这项工作正逐步走向规范科学的发展轨道。但是，由于我国心理健康教育起步较晚，随着这项工作在各地的深入发展，出现的问题越来越多，所面临的困难也越来越突出。失误、迷惑、被人误解……，可以说学生心理健康教育的现状仍然不容乐观，存在着下面几个问题。
　　一、师资培训问题
　　教师是实施学生心理健康教育的责任主体。在心理健康教育实施的首要部分是要解决教育战线上教师自身的心理问题。如教师的情绪化教育，在当前的心理健康教育实践中容易体现出来。教师对自己的行为的正确审视和调整，会给教学带来正面的影响，严重者会成为心理健康教育的导火线。
　　我国的大部分教师在这方面起码存在三个问题：一是缺少心理教育方面的理论储备和实践经验；二是缺少心理教育方面的专业培训和专家指导；三是教师教学工作量太重，没有充足的时间和精力来关注和开展学生心理健康教育。新课程改革实施以来，教师接受了大量的新课程培训和学科专业培训，零散地接受了少量的心理教育培训，但不成系统，且具体要求也不够明确。现实中，教师“穿新鞋、走老路”的现象比比皆是，教师开展学生心理健康教育的现状没有得到根本改观。同时，学生心理健康教育必须由心理健康的教师来实施，而教师的心理健康现状也令人忧虑，这就更难保证教师可以科学地开展这项工作了。
　　二、社会环境问题
　　学生生活在社会中，社会环境问题必然对学生的心理成长产生积极或消极的影响。当前社会问题比较多，有些消极的因素对学生的人生观、价值观产生了不良影响，应该引起我们的特别关注。例如，社会贫富差距的拉大使一部分学生长期生活在心理压抑之中；单亲家庭越来越多，导致这些家庭的学生得不到完整的家庭关爱，严重的已造成学生的心理扭曲；社会的主流人才观与新课程理念相悖，一部分学生在社会评价中屡遭挫折，其心理自信及成功期望不能正常建立；等等。现在，进城务工的人越来越多，由此产生的社会问题和教育问题也日益突出。比如“留守孩子”的问题就是一个特殊的例证。
　　三、学校教育问题
　　学校是实施学生心理健康教育的主阵地。但就目前而言，学校心理健康教育的机制还不健全，远不能适应学生心理教育的严峻现实，还不能有效地实施学生心理健康教育。事实上，学校的管理重心在智育而不在德育。受长期应试教育的影响，学校向来不敢在教育质量上有丝毫马虎。尽管素质教育的呼声一浪高过一浪，但总是雷声大，雨点小，说得多，做得少。学校在重视智育的同时未能有效地实施德育，使管理重心向教学倾斜，忽视了德育，尤其是对学生的心理问题疏于指导、研究和教育。这样，学校就没有一个明确的工作的理念、一个科学的管理机制、一个得力的人员保障来对学生的心理健康问题进行观察、分析，并实施有体系的心理健康教育工作。
　　学校心理健康教育主要是针对个别孩子开展的教育活动。也许个别孩子在心理健康发展方面需要得到特别的教育和帮助，例如父母一方的突然离婚、离世、家变都有可能导致学生的心理问题。作为一线的学校、教师不管是教的是什么学科都需要教师的正确的指点和关爱。心理健康应是是全员性的问题，是每一个孩子在成长与发展中都必然会面临的挑战。但是包括在教师看来是“好”孩子，那些学习成绩优秀的孩子也同样需要心理健康教育。因为，往往由于学习成绩好，这些“好”孩子心理發展中不健康的一面就常常被忽视，得不到教师和家长重视和及时的心理指导导致现在孩子们的心里脆弱之处。近年在新闻报道上会经常听得到某某学校学生自杀、某某学生毕业后不适应这个节奏快的社会的步伐，三十多岁了还是从未就业过等。可见，心理健康教育应成为我们学校教育的重要任务，心理健康教育是面向全体学生的重要课题，并非只是个别学生教育的需要。
　　四、家庭环境问题
　　家庭教育环境和生活环境是影响学生心理健康的重要因素，学生中许多积淀已久的心理问题追根溯源大多都能找到家庭的原因。家中大人会时有因为意见不同而拌嘴，态度粗暴恶劣，其会给子女性格等人格形成很可能受到影响。作为父母，在日常生活中，关心子女的成绩或功课是自然的，但不能把关心完全只在考试分数上，甚至就是一半的关心也是不可取的。而假如这种所谓“关心”以唠叨、责问、打骂等形式表现出来，那么这样的“关心”将不仅是子女反感、还可能是某些悲剧的导火索。事实上，孩子的情感更需要悉心呵护，比起关心成绩，关心冷暖饥饱，关心孩子身边有没有好朋友更为重要。比如，一见到孩子放学回家，“今天心情好不好”，“认识了哪些好朋友？”比起“功课做好没有”效果好百倍。很多家长对子女学习上、生活上的关照，远远超过对子女心理上的关照和理解，缺乏交流而形成隔膜，使孩子不愿意跟家长沟通，不愿意说出自己的心里话，直接导致教育艰难甚至失败。总的来的说，在许多家庭环境中至少存在三个不利于学生心理成长的问题：首先是家长的文化素质、道德素质偏低，教育的理念和方法缺乏科学指导；其次是学生与家长沟通不够，学生与家长之间的心理距离随着年龄的增长一天天加大，极不利于学生的心理健康成长；再次是家庭受社会方方面面的冲击，单亲家庭、问题家庭、特殊家庭、留守家庭等数量增大，受害学生的数量也在增大。