众所周知，许多农产品与食品相关。而当今社会，人们对食品安全问题的重视程度越来越高，并且对农产品新、特、绿色安全提出了更高的要求，将更多的目光转向与食品相关的农产品生产源头。这些要求与现今农产品生产的分散经营，生产者各自为政的局面势必产生矛盾。因此，建立完善的农产品供应链势在必行。这就要求链条内各参与者进行有效的协作。而许多学者和消费者认为农产品供应链的建立和完善要么是生产者推动，要么是市场需求拉动。因此，当前关注比较多的是农户、农产品超市，并对此做出了大量的研究和探索。政府和农产品超市也在积极进行相关的实践。然而，完善的农产品供应链内各参与者的协作，其主体不仅仅是农户与消费终端。更重要的是包括大量的农产品加工企业。农产品加工企业是农产品供应链中十分重要的主体，它与上下游企业之间的协作对农产品供应链的建立和完善将起到决定性的作用。 本文以供应链管理理论、交易成本理论及组织理论等理论为依据，采用定性分析与定量分析(主要运用多重反应分析法、多项Logistic模型及因子分析法)、问卷调查与资料分析相结合，以四川省十七市县的90个农产品加工企业为样本，进行农产品供应链垂直协作关系的研究。本文主要从农产品加工企业的角度，分别考查农产品加工企业与供应商的关系、与销售商的关系及其垂直协作方式的选择等几个方面。通过多项Logit模型研究了农产品供应链垂直协作关系的影响因素及其机制。在此基础上，提出相关建议和对策。 本文的主要研究结论如下： (1)通过农产品加工企业与供应商的关系分析，发现农产品加工企业采用的垂直协作方式多为现货交易方式和合同方式。加工企业建立种养场的目的主要是保障原料品质、保障原料来源。在与供应商的交易中，签订了合同的加工企业最担心的是供应商产品质量不能保证，不能及时交货与足量交货。 (2)与销售商的关系中，加工企业主要是通过批发商这一销售渠道销售产品，在销售方式上，主要采用的是合同销售和市场销售方式。在与销售商合作时，加工企业的主要困难在于：货款不能及时收到、产品价格波动、运输困难。 (3)通过多项logit模型分析表明，农产品种类、企业固定资产、原料收购时间、信息交流频率、违约惩罚、信息共享程度、利益分配认知、投资合作态度等因素对农产品加工企业不同垂直协作方式的选择影响较为显著，而有无长期合作关系等因素影响不显著。粮食类产品的加工企业更倾向于选择现货交易方式和合同方式而非垂直一体化。而固定资产对现货交易方式成负影响，对合同方式和垂直一体方式的影响差异并不显著。在合同方式中信息共享程度高于现货交易方式。与上下游间均有投资合作意愿对垂直协作方式的选择成正相关。 (4)通过对农产品供应链垂直协作运行机制的考察发现，农产品加工企业主要受到组织、信誉、订单等因素激励。与其它产业相比而言，基于食品安全角度考虑，价格激励并不是明显的激励因素。在农产品供应链中，不同的垂直协作方式，其约束机制有一定差异。现货交易方式主要靠市场机制来约束。而更紧密的垂直协作方式主要是成员之间通过相互监督、严格的准入制度及一定的违约惩罚措施来实现约束。