目的：应用飞行时间质谱技术(SELDI-TOF-MS surfac eenhanced laser desorption/ionization time-of-flight massspectrometry 即表面增强激光解析及电离飞行时间质谱)检测肝癌患者血清中不同质荷比蛋白质的相对含量，同时建立血清蛋白质组质谱图，并与肝硬化患者，肝炎患者，及正常人血清蛋白质质谱图比较，筛选有价值的特异性肿瘤标志物，探讨其临床应用价值。 方法：采用美国Ciphergen公司IMAC3(Immobilized MetalAffinity Capture，金属亲和表面)芯片和飞行时间质谱仪，检测40例肝癌患者，45例肝硬化患者，75例肝炎患者，和120例正常人血清中的蛋白质相对含量。采用PBS Ⅱ型蛋白质芯片阅读仪对所有样本飞行结果进行阅读并建立数据库，同时转化为波谱的形式表示。将四组血清检测得到的蛋白质波谱按：1、肝癌和正常人；2、肝癌和肝硬化；3、肝癌和肝炎；4、肝癌、肝炎和正常人等分为四种不同的对比组合。然后采用BiomarkerWizard统计软件对其进行方差分析，将分析所得到的含量有显著性差异(P<0.0 5)的蛋白质建立数据库，导入BiomarkerPattern智能统计分析软件，选择相应条件，对其进行分组统计挖掘，从而得到能够正确分组的特异性蛋白标志物并构建肝癌诊断模型。另外采用放射免疫定量法随机检测部分血清标本中的CA19-9、FE蛋白及AFP的含量，按其临床通用标准进行筛检判定，并和芯片检测结果进行对比。 结果：①在肝癌和正常人对比中，我们共发现47个含量有差异的蛋白，其中6个蛋白的相对含量在肝癌中明显上调，44个明显下调。用Biomarker Pattern软件进行统计分析，建立的诊断模型诊断准确度为100﹪(150/150)，敏感性为100﹪(36/36)，特异性为100﹪(114/114)。②在肝癌和肝炎组对比中，我们共发现23个含量有差异的蛋白，其中2个蛋白的相对含量在肝癌中明显上调，21个明显下调。用Biomarker Pattern软件进行统计分析，建立的诊断模型诊断准确度为94.44﹪(102/108)，敏感性为100﹪(36/36)，特异性为91.67﹪(66/72)。③在肝癌和肝硬化组对比中，我们共发现15个含量有差异的蛋白，其中7个蛋白的相对含量在肝癌中明显上调，8个明显下调。用Biomarker Pattern软件进行统计分析，建立的诊断模型诊断准确度为94.94﹪(75/79)，敏感性为100﹪(36/36)，特异性为90.70﹪(39/43)④在肝癌和肝炎以及正常人组对比中，我们共发现19个含量有差异的蛋白。用BiomarkerPattern软件进行统计分析，建立的诊断模型诊断准确度为98.65﹪(219/222)，敏感性为100﹪(36/36)，特异性为98.39﹪(183/186)。⑤对照应用CA19-9、FE蛋白及AFP等单一肿瘤标志物对部分样本随机进行试验诊断，发现SELDI-TOF-MS有更好的诊断效力。 结论：蛋白芯片飞行时间质谱仪联合检测多肿瘤标志物与传统AFP等单指标肿瘤抗原检测相比，具有操作简便、速度快、灵敏度高、特异性强等特点，临床应用前景广阔。