学术权力与行政权利的关系一直是某些行业特别是教育界有争论的话题。如何把握学术权力与行政权力关系，基于我国一些单位内部的管理体制现状的透视，我们应从一个全新的角度先来认识两者之间的关系。
　　学术权力与行政权利是一种既相对独立、又相互统一关系。
　　学术权力的主体主要是学术人员和学术组织，其客体主要是学术事务。学术权力不是外部赋予的，而是内在逻辑的客观要求，运行方式是自下而上的。行政权力的主体主要是行政机构以及行政人员，其客体是行政事务，主要通过法律、政策、指示等自上而下贯彻执行，具有一定的强制性。其次，学术权力与行政权力在价值取向上存在偏差。学术权力追求的是保证学术标准得以贯彻，学者所从事的学科得以发展，学术人员的学术权力得以保障；而行政权力的价值定位是保障组织目标的实现，保证教育方针和办学思想得以落实。所以两者有时是一种相对独立的。
　　对于作为权力结构的两个方面，二者不是相互背离的。行使行政权力的目的在于使学校办得更好、更有特色，实力更强。要达到这一目标，恰恰需要强化学术，尊重学术权力的存在，确立学术权力的地位。行政因素不能不从学术角度加以考虑，不能不包含学术因素。而学术权力也不能脱离行政权力单独行使，变成学术霸权。这两种权力既不能相互取代，也不能相互泛化。我们既不能离开行政权力谈学术权力，也不能离开学术权力谈行政权力。因此，两者有时又是统一的。
　　把握好学术权力和行政权力关系对开展教育工作将是一个大的促进。
　　首先，摆正学术权力与行政权力的位置与关系。行政权力的作用在于使内部各部门相互联系，成为不可分割的一个整体；学术权力的作用在于提升学术品位，赢得良好的学术声誉。二者如果能够和谐一致、共同发挥作用，便不会产生权力失衡、偏向现象，如此发展机制就会顺畅。所以，力求在二者之间建立一种协调发展的关系是必要的，而且是有利于教育事业的健康发展的。
　　其次，学术权力与行政权力要协调发展。我国现行的权力结构是行政权力模式。权力中心上移。我们有必要借鉴一下外国高等学校的管理经验。很多国家都存在学术权力与行政权力两元结构，同时很重视学术权力与行政权力的协调，学术评议会注意吸收行政人员，行政机构注意吸收教授的参加。另外，重视权力关系的动态发展，根据社会和高校发展的需要不断地调适其管理权力，使其权力模式更加有利于高校的发展与创新。
　　第一，要建立起学术权力与行政权力分工明确、相互协调发展的机制
　　全面履行我国法律规定的高校学术权力和行政权力的具体职责。在当前高校内部的改革中，应根据二者的具体职责，建立起学术权力与行政权力分工明确、相互协调和制衡的管理机制，在体制上为学术权力参与管理定位。这种机制既要树立学术组织作为学术管理主体的权威，并对行政权力泛化起到制衡和约束作用，防止和纠正以行政权威压制学术权威、以行政权力代替学术权力、以行政管理代替学术管理等行政专制的倾向，又要维护行政组织的行政权威，并通过行政权力预防和制约难以容忍不同学术观点的学术霸气，特别是要制约集学术权力与行政权力于一身的权力借用和学术专制现象，从而进一步树立起“知识就是生产力”的观念。
　　第二，推进人事制度改革，建立新的用人机制
　　机构臃肿、机关干部人满为患是许多单位的一个通病。有机构就要有权力，有权力就要有岗位，有岗位就要有人员，有人员就要行使这些权力。于是，有些个别部门，不顾实际需要，频繁地举办各种流于形式的工作等，引起了职工的反感，因为流于形式，难以收到预期的效果。出现这些问题的根源在于机构及其岗位的设置出现了不当，多余的机构或岗位，必然导致多余的管理。因此，人事制度要进行改革，建立全新的用人机制。合理配置职能部门和岗位。以人才培养、科学创新和社会服务职能为参照系，以更好地发挥学术权力的作用为基础，根据实际情况，尽量减少管理层次，合理配置职能部门。
　　第三，充分发挥协调学术权力和行政权力过程中的领导作用
　　我国大学实行的是党委领导下的校长负责制。校长的人选或者由上级主管部门直接任命，或者是由学校内部通过一定范围的民主选举产生，经主管部门考察和委任。校长作为强有力的行政长官，代表上级主管部门来行使权力；同时，他不仅仅是学校行政权力的最高代表，他还是学术权力的核心。这种双重角色实际上十分有利于校长充当校行政权力系统和教授团体之间联系的桥梁，从而也就十分有利于平衡和协调学术权力和行政权力的关系，进一步发挥教授的参政、议政、决政的作用。因此，在高校内部管理体制的改革中，我们应充分发挥校长这种平衡和协调的作用，强调行政权力注重校长负责，决不能排斥学术权力；强调学术权力注重教授治校，也不能排斥行政权力，以使我国的高等教育健康地发展。
　　为了适应我国社会经济迅速发展，协调好学术权力与行政权力之间的关系，进而建立一个良好的运行机制对每个学术部门、科研组织或是教育机构都是至关重要的。