当前,数字技术和数据资源正在推动制造业产业模式和企业形态发生根本性变革。构建数字创新生态系统成为推动制造业创新发展的重要路径。创新主体间的共生机制是推动制造业数字创新生态系统运转的基础。如何设计高效的共生机制,以促进制造业数字创新生态系统的高质量发展,是在建设制造强国和数字中国背景下需要深入研究的问题。本文从系统结构、系统功能和系统治理的视角,把制造业数字创新生态系统中的共生机制划分为共生演化机制、价值共生机制和共生治理机制,并对三类机制进行了详细研究。在共生演化机制方面,本文从个体的视角通过模拟仿真分析了创新主体间共生网络的演化机制,从群体的视角基于改进的Logistic模型分析了创新种群的共生演化机制。在价值共生机制方面,本文基于创新主体视角,通过实例分析提炼了制造业数字创新生态系统中创新主体的价值共生机制和知识协同机制;基于系统整体的视角,使用模糊集定性比较分析法（fs QCA）探索了系统价值共生效益的影响机制。在共生治理机制方面,本文构建了制造业数字创新生态系统共生治理的三层次五维度模型,阐述了治理理念,并针对创新主体治理和共生环境治理提出了相应的治理机制。研究结果表明:（1）在内源动力机制和外源动力机制的共同作用下,制造业数字创新生态系统中的创新主体相互联结构成共生网络。创新主体在不同时期基于自身的禀赋、需求以及环境的影响来选择合适的伙伴建立共生关系,从而推动共生网络的整体演化。共生网络的演化过程是受自组织和他组织共同推动的过程。（2）创新种群的共生演化轨迹受到种群的初始规模、环境最大承载量、自然增长率、资源获取阻尼系数、共生作用系数等多个因素的共同影响。互惠共生模式是制造业数字创新生态系统中创新种群演化的最佳模式。（3）制造业数字创新生态系统中创新主体的价值共生遵循“价值共识——价值共创——价值共享”的逻辑,数字化平台在价值共生的过程中起到赋能作用。（4）制造业数字创新生态系统中的创新主体在知识协同的过程中可以发展出“联结——联动——联体”的关系。（5）制造业数字创新生态系统的价值共生效益受到共生单元、共生基质、共生流量、共生环境等维度的变量及其交互作用的共同影响。（6）制造业数字创新生态系统的共生治理应遵循数据驱动、多元共治、技管结合等原则,并从创新主体行为、共生关系、数字创新规则、数字基础设施等维度进行。本研究拓展了制造业数字创新生态系统中共生的内涵与外延,拓宽了数字创新生态系统研究的理论视角,丰富了数字创新情境下的共生理论和价值共创理论,提出了制造业数字创新生态系统共生治理的思路,能够为促进制造企业数字创新活动的开展、推动制造业的高质量发展提供理论支持和实践参考。